遊戲剛開始，玩家可以通過一篇很長的場景畫面了解事件事情的起因。
進入遊戲，在主角秦假仙的山洞裡，來的那個人其實就是一個賣藥的，可以不用理他的。在出洞的時候，不要忘了在自己的家中各個角落搜一搜，可有不少好東西的。在出山洞之後與一個人打了一架，贏的話可得到水藏劍法的秘籍，輸的話就被他搶走500兩銀子。趕到森竹森，見到了史菁菁，得知他的丈夫金太極重力，正當大家束手無策的時候，白骨靈車來了門外，告訴秦假仙說只有九層天通天柱的血肉根可以救金太極，但是通天柱十分難上，於是秦假仙便自告奮勇去三聖會找救兵。
到了三聖會，見到武尊誰知武尊並不肯出兵去搶血肉極，於是秦假仙便憤然回到紫竹林。誰知紫霹靂救父心切，自己一人上了通天柱，秦假仙和獨眼龍只有二人齊上通天柱去救紫霹靂了。
血肉根
在通天柱上遇見到鎮守通天柱的九眼如來，獨眼龍打敗他的手下的英勇氣概感動了他，他讓獨眼龍接他五掌就答應以血肉根相送，獨眼龍做到了，九眼如來給了獨眼龍一枝血肉根。馬上趕回紫竹林用血肉根救回金太極，但因為紫霹靂擅闖通天柱而死的事令到金太極十分的氣憤。此時白骨靈車過來說要他們找齊五寶就可以救紫霹靂，於是他們踏上了尋寶之路。
尋寶
第一站是上通天柱找九眼如來，因為他擁有絲毫能察之眼。在冷眼白狐的幫助下,秦假仙得到了絲毫能察這眼。第二站是去百孔狹道取恨天高的頃刻萬裡之足，在這之前必須先去盤絲窩將金蜘蛛捉到，然後讓它在洞口接絲，這樣就有機會捉到恨天高了。取到了頂刻萬裡之足，但是恨天高卻慘死在白骨靈車手下。
黑色十字會
回到翠竹林卻得知史菁菁被黑色十字會所捉，於是眾人又馬上趕往黑色十字會，打敗黑色十字會主義之後才發現原來他是「心海主宰靜流君」，於是他們又去了奇幻海，在奇幻海裡面才那個人原來是靜流君的弟弟，殺了他便可得到通靈知性之心。
百棺機密門
但是現在為了能保存好紫霹靂的屍體，必須將屍體放在百棺機密門裡面，但是進百棺機密門是需要口訣的，於是去三聖會找聞先生便可得知口訣，其實就是「百棺百棺、機密機密、百棺機密、閉門開門、開門閉門、百棺開門」。在埋下了紫霹靂後，在上方有一個棺木，裡面是警天子，於是秦假仙便找白骨靈車，在擎天品找到一塊金葉，上面寫著九死一生洞。於是他們決定去闖一闖。
素還真登場
在進入九死一生洞的時候一定要小心，因為隨時都有可能沒命的，在這裡建議玩家一定要將系統的自動存檔功能打開。
在通過了九死一生洞之後，就可以見到名震天下的素還真，他答應讓紫霹靂復活，但必須讓秦假仙他們去忘雲樓找樓主傳一句話，於是眾人又來到了忘雲樓。
忘雲樓
在忘雲樓門口，獨眼龍答應了花風雲的挑戰，於是二要相約在葬龍崗決戰。
找到樓主之後，樓主會讓秦他們先去休息，但秦假仙睡不著，出門和樓主對話，才知道原來樓主是與白骨靈車是有莫大的仇恨。天明之後，從樓主口中得知百年不死之腦是在陰司曹，而獨眼龍則去和花風雲決戰。
葬龍崗
進入陰司曹，與金太極合力打死蟒中龍和萬變魔女，取到百年不死之腦，來到葬龍崗，發現白骨靈車要取暗流君的性命，原來花風雲與獨眼龍決戰也是白骨靈車一手安排的，上到山來才發現獨眼龍的刀，正當眾人都以為獨眼龍已死的時候，武尊出來告訴金太極說原來史菁菁與獨眼龍私奔了。
等金太極到了草屋之後發現二人在一起，氣得口吐鮮因，憤然割炮斷義而去。而這一切都是武尊的陰謀。此時樓主出面請史菁菁去請劍藏玄去與花風雲決戰，而劍藏玄是在茅山。
當他們與劍藏玄對話之後，仙仔出現，他讓秦假仙去下戰書給白骨靈車，秦假仙於是火速
趕往奇幻海。向白骨靈車下了戰書之後秦假仙趕回翠環山，把事情告訴了素還真。
連場激戰
第二天，素還真與秦假仙下山的時候遇到了白骨靈車派來的兩隊人馬陰截，但素還真輕易就將他們技術性了，趕到了通天柱，見到金太極，發現他現在已經是亦正亦邪的人物了。上到通天柱，素還真揭發了白骨靈車的真實身份——單峰劍尊宇文天。宇文天走後碰到金太極，他打傷金太極後走掉，此時冷劍白狐告訴秦假仙說讓他去找樓主告之詳情，秦假仙趕到忘雲樓主處告訴了實情，樓主為之一震，讓秦假仙去勸他們二人，出門之後與花風雲講話，花風雲不信自己就是劍藏玄的兒子，跑到後山時遇到了冷劍白狐，在與之過招時死在冷劍白狐，的劍下，更慘的是自己的一隻操縱生死之手也被冷劍白狐取走。在出門之後聽到黑白郎君的聲音，趕去一看，發現黑白郎君已受重傷，於是將黑白郎君背去找素還真。但此時素還真卻告訴秦假說四大門派正在打翠環山，素還真不想生靈塗炭，於是想出一個方法，就是投票來決定生死，秦假仙此時成了關鍵人物。
投票決生死
在去公開亭投票的路上，秦假仙遇上不少的挫折，包括吞下了腦屍丸。在投票的時候，秦假仙投了敵人一票，救了素還真，之後趕到百棺機密門，將五寶和紫霹靂帶到翠環山，素還真說出了冷劍白狐的秘密。此時宇文天要殺冷劍白狐，素還真便讓秦假仙跟隨冷劍白狐來保護他。在樹林裡，二人先是連手滅掉了三聖會，霹靂門，打敗宇文天。在後來冷劍白狐與宇文天決戰的時候，冷劍白狐連斃宇文天手下兩員大將，但是卻不幸中陰招，就在宇文天要向冷劍白狐下重手的時候，宇文天被自己的一員手下打傷，冷劍白狐由此撿回一條性命。
獨眼龍的身世
秦假仙為找回冷劍白狐，來到史菁菁住處，才發現史菁菁要去削髮為尼，秦假趕到斷情庵，從史菁菁口中得知獨眼龍在素還真手上。趕上以環山才知道獨眼龍是在素不真小妹手上。二人一笑泯仇恨之後，素還真讓秦假仙前往聖刀巖，交給帝王刀管千嶽。在通往山上的路上少了幾把刀，可以將山下的五把刀拿起插在山腰上便可上山。在山上獨眼龍終於完全了解了自己的身世，他就是素還真妹妹的兒子。獨眼龍聞訊便要去為父母報仇，秦假仙正欲追上去時，一個老者說淡無欲要請他上山一聚。在山上，淡無欲向秦假仙打聽了近幾年的武林大事，並約秦假仙上公開亭，在上面秦假仙目睹了許多世上超一流高的。在分配天下第一刀和天下第一劍的時候出了小小的問題，同時是有兩個人說是天下第一九與天下第一劍，於是素還真便讓他們在狂沙坪決戰，秦假仙趕到獨沙坪，在上面目睹了幾個人的恩恩怨怨。在打完之後，素還真主秦假仙去翠環山幫他主持幾天大局，秦假仙自然是應允了。
翠環山
趕回翠環山，遇到魔火教的人來搶紫霹靂，秦假仙趕走敵人，回到客房休息，一覺醒來，趕到狂沙坪去看比武，此時淡無欲露出了他真正的惡人面目。少爺刀因此而死。
秦假仙在趕回翠環山的路上見到了冷劍白狐被人包圍，人們欲取其右眼，秦假仙將之救出，回到翠環山。
在翠環山的房間裡，冷劍白狐與獨眼龍相認，原來他們是請兄弟，兄弟二人發誓要為父報仇。與秦假仙攜手共上天雪尖去取金桑葉。取得金桑葉之後回到翠環山將其交給素還真，素還真告之霹靂門的秘密通道入口在陰司槽的裡面，來到墓門前，可將吸雷針插在墓門上面，將霹靂眼安在墓門上面，墓門便開，進入裡面，將八卦找齊，分別按方位放在各個卦裡面，便可進入秘道與霹靂公決戰。在殺了霹靂公之後，獨眼龍與冷劍白狐也與秦假仙分手。
跟班
戰勝霹靂公之後，素還真請他馬上回到翠環山。到了翠環山，素還真竟然用天下至寶——刀鎖來換秦假仙身上的一把普通的寶劍，這樣秦假仙十分不解。在去狂沙坪的路上，秦假仙遇到了魔火之主，與其戰鬥而勝之。得紫金臂，更收了一個撿垃圾的為跟班。
在狂沙坪上天下第一刀的決鬥中，忽然出現一個人，他在一招之內殺掉了帝王刀和少爺刀，並逼素還真吞下毒丹。秦假仙不放心素還真，急忙趕回翠環山。在翠環山，素還真讓秦假仙留意身跟班，並讓他去找淡無欲來辯認他的身份。在淡無欲處，淡無欲被人暗算，原來秦假仙的跟班是唐門三公子，唐門擁有天下最厲害的暗器。
解毒
趕回翠環山得知素還真的毒只有千燈石的慈郎可以解救，但是在找到慈郎之後他就只是說了一句「解鈴還需系鈴人」就走掉了，秦假仙不明白，又趕回翠環山問素還真，於是素還真請他去血林找沙人畏要解藥。見到沙人畏，他讓秦假仙選擇喝毒酒還是抓五毒，如果是喝酒的話，那么女兒紅將是好酒，其餘的是毒酒，不可喝。在喝下女兒紅之後便可得到解藥。要不就只有去將五毒找齊了。之後回到翠環山，將解藥交給素還真，素還真放下心中一塊大石。他請秦假仙到一起到公開亭去看新的名人榜。
真假素還真
在公開亭，眾人紛紛向秦假仙說素還真的惡毒，令秦假仙感到十分不解，於是便前去黃山尋找冷劍白狐和獨眼龍。在黃山上面得知如何找到紫龍天的消息後，他們三人就一起殺上黃山，找齊了七顆寶珠喚出了紫龍天，在殺死了紫龍天后才發現真正的紫龍天其實就是素還真。直進門去，在洞外發現有個人說在公開亭歐陽世家要揭開素還真的陰謀，秦假仙馬上趕去。到了之後發現素還真與淡無欲並沒有來，於是眾人便趕往翠環山。在翠環山上，素還真在與眾人一仗之後身負重傷，但是卻被黑白郎君救走。秦假仙來到翠環山的玉波池，見到一片金葉，上面寫著「綠峰連環洞」。趕到那個山洞，在裡面與素還真真心對話之後，秦假仙明白了一些東西。在出洞的時候得知上次從沙人畏那裡得到的解藥是假的，令到秦假仙十分氣憤，便趕往血林找沙人畏。
素還真命喪
找到沙人畏，拿到解藥，趕回綠峰連環洞將解藥交給素還真，但卻還要去找慈郎，秦假仙趕到千燈石，將慈郎帶到綠疑連環洞去見素還真。
慈郎救了素還真。此時素還真為表清白，一人前往公開亭與萬教見面。但是他將二人放在山洞中，洞口是用大石來封鎖的，秦假仙與黑白郎君一起打破了門口大石之後趕到公開亭。但是素還真還是命喪公開亭，黑白郎君十分懊惱，他一個人去挑戰天下各大門派為素還真報仇。秦假仙在下山的時候遇到冷劍白狐，愛他所託去斷情庵探望其母。在從史菁菁手中得到一幅圖之後，打敗少爺刀，從佛像處得到歐陽世家家譜上卷。剛要離去，剛才奪畫之人殺進，殺死了史菁菁。秦假仙無奈之下只好下山，在下山的時候碰到金少爺從山洞中走出，原來是金少爺將一個女子侮辱了。在下山的時候遇到唐門三公子，他也承認自己當時跟他在一起是別用意的，與之打一仗後，來到血狼喉取九孔神石，在九孔神石處殺死唐門三公子。出門時遇見金少爺殺死劍藏玄，同時還有很多人來奪取歐陽世家的家譜，秦假仙決心將家譜貼在公開亭，讓天下人都知道歐陽家的秘密。
骷髏堡
在公開亭與歐陽家的人大戰一場，了解了歐陽世家的情況。此時金少爺從他身邊走過，秦假仙便跟隨上去，在裡面看到金少爺大發脾氣之後,秦假仙發現地上有一個皇冠，於是戴上，但是便取不下來了，沒辦法只好去千燈石找慈郎，慈郎告訴他說冷劍白狐的母親現在被關在骷髏堡，秦假仙便馬上趕了過去。
在骷髏堡裡，秦假仙遲了一步，談笑眉已補沙人畏毒死。於是秦假仙和眾人一起趕到狂沙坪。在狂沙坪上秦假仙了解到素還真還沒有死，便立馬趕回到翠環山。
素還真的計劃
在翠環山上秦假仙得知素還真沒死，而且呆在百棺機密門，便和一線生一起趕到百棺機密門。在得知了素還真的計劃之後，秦假仙便趕往青霞派。
在得到青霞瓶之後趕回百棺機密門，將花瓶交給素還真，素還真將花瓶打碎後便得到歐陽世家的家譜的下部分。於是二人便一起到公開亭，素還真將歐陽世家的下半卷家譜公開。而歐陽上智的身份也公開了。
原來以前江湖上的很多事情都是歐陽上智和素還真相鬥的結果，但是現在素還真是真心的認輸了。歐陽上智成為了新一代的武林至尊。他命令素還真和淡無欲去殺照世明燈。在正要殺慈郎的時候傳來了歐陽上智猝死的消息，於是素還真和秦假仙火速趕到無極殿。
決戰三惡靈
在無極殿裡，素還真和秦假仙得知了歐陽上智被人害死，現在歐陽世家包括整個武林現在都是群龍無首，而歐陽上智的眾位義子都想坐上武林至尊的寶座則心有各自的計劃。
在和大家分手後，素還真和秦假仙回到了翠環山，在那裡紫霹靂已經改造好了，但是三魔靈也如期而至，他們的目標就是殺死素還真，於是素還真回到山洞裡面，將紫霹靂喚醒，三人對撼三魔靈。三魔靈的功力十分高強，與他打的時候要十分小心。
打敗了三惡靈，但紫霹靂為了徹底的消滅他們，與他們一起跳進了玉波池。就這樣霹靂奇俠傳結束了，素還真當上了武林至尊。而各人的結局都也將向各位玩家呈現出來。在下面都還有很多的事情沒有交代清楚，但是遊戲就說明了是要出第二部的，玩家們就只有等了。
心得
因為這個遊戲的劇情是十分吸引人的，所以我還是忍著痛苦將這個遊戲玩完的，為什麼呢？因為這個遊戲的人物造型實在較難接受，另外還有一點就是它是臺語來配音的，如果要是不看下面的字幕就根本不知道它是說什麼。
但是它也有好的方面的，因為這個遊戲是從劇情方面來吸引玩家來玩的，所以它在迷宮方面就十分的簡單，簡直就可以說是沒有迷宮，筆者也比較輕鬆，這次不用畫地圖。還有就是它與其他的RPG不同的是，在每次任務完成的時候，都會有下次需要進行的任務的交代，包括是在什麼地方來完成。
就是在系統地圖的方面也是十分為玩家著想的，當玩家接到新的任務的時候系統地圖才會出現一個新的地點，那麼這個新的地點就是新任務地點了。
總括來說，這個遊戲還是值得去玩一玩的，特別是在每一段重大的事情發生的時候就都會有一段布袋戲的畫面看的，而且這些布袋戲不是一些不重要的，而是整個遊戲的進度之一。