地道有遷移，人道有興衰，天道有運移。三元九運是對時空的一種劃分，玄空風水應用時空劃分給宅運增加了「活"的因素，從而運用陽宅布局空間，達到趨吉避兇的目的。
風水中的巒頭學是和形象學緊密結合的，以山水形態、環境形勢，以其外在善美惡醜、強弱來斷吉兇，相對而講並不帶有時間性。理氣風水是時間、空間、方位學，不同的時空在同一方位則有不同的吉兇效果，這就是時間與空間在玄空風水中區別其它派別的靈活性。
宇宙間事物在時時變化，而其變化是無限有序循環的。《易·繫辭傳》云：「天往不復，天地際也」。反覆其道為宇宙萬物變化的一大規律，又云：「復，其見天地之心乎」。萬物時時反覆變化就隱含時間的變化，時間的變化是循環的周期的概念，玄空風水術自源起就納入了時變與循環周期理論觀念的構架。風水術的形式是靜態的，在施術過程中以形察氣，氣在周流變化因時而流轉，這就形成元運概念：元有循環之意，運有旺衰之別。
其實，三元九運是宇宙中太陽系星球運轉的產物。
茫茫宇宙中的萬物都是在有序、有規律地運動著，時間就是宇宙中星球的有規則、有序運行而產生。地球自轉一周是一日，月球繞地球公轉一周是一個月，地球繞太陽公轉一周是一年，這是我們平常很熟悉的常識，這便是時間概念的形成。
中國古代人們對十二生肖產生接受，也是有來歷根據的。太陽系最大的星球是木星，木星每十二年繞太陽公轉一周。木星每年所轉到的方位就是其中一個"生肖"所臨位置，這十二個"生肖」便稱為"歲星"。地球、木星都是圍繞太陽公轉的，所以木星公轉時對地球產生能量，而木星這種能量對地球有很大的影響，這時在地球上對木星所轉到的方位修建，就是人們所說的"太歲頭上動土"，難免就有兇禍降臨，吉兇難測。
另一個圍繞太陽轉的土星，繞太陽公轉一周是三十年。土星在公轉運行中，二十年和木星相會一次。木星、土星這兩大行星的會合，對地球有非常巨大的影響。古人對這兩大行星不斷地會合而對地球所產生的影響，而洞徹天機，掌握了天體運行規律，便以土星、木星二十年會合一次為一運，以九大行星配九運。根據天體運行規律還測定，以木星公轉十二年和土星公轉三十年的最小公倍數六十年為一個甲子，定為一個元。
元、運、年、月、日都是宇宙中星球運行形成的時間概念。《靈城精義》講到："宇宙，有大關合，氣運為主；山川有真性情，氣勢為先。地運有推移而天氣從之，天運有轉變而地氣應之」。《紫白訣》云："三元九運，判盛衰興廢之時。總以氣運為之君，而吉兇隨之變化」。《天元五歌》曰："三元興衰是真宗，運遇遷流宅氣改」。這種時間概念就是玄空風水學的重要理論依據，研究分析陰陽宅的風水，首先要清楚元、運和年份，不然就無法來起星盤，無法論吉兇，更無法調整布局、趨吉避兇。
古代紀年是用幹支來進行的。相傳在公元前2697年，黃帝推天象演曆法，定為黃帝元年，甲子為始元。六十年為一個循環周期，俗稱"六十花甲子」為一元。三元：即為三個花甲，共180年，一個花甲為上元，二個花甲個花甲為下元，,三元也稱為一個正元。
九運：依次為一白水運、二黑土運、三碧木運、四綠木運、五黃土運、六白金運、七赤金運、八白土運、九紫火運。