食蜂操祈和御坂美琴的關係一直都不太好，別看她們喜歡同一個男人，其他方面可是一點都合不來。《科學超電磁炮》動畫版，第3季，第14集，經過木原幻生的事，御坂美琴開始憧憬與食蜂操祈互相認可的未來，似乎她們的關係會逐漸好轉。
說起這事，御坂美琴對食蜂操祈的看法變化還挺大的。一開始，御坂美琴不知道木原幻生要在大霸星祭搞事情，還以為食蜂操祈又在搞派系鬥爭，只想找食蜂操祈打架。
這也是食蜂操祈自己製造的誤會，她不想讓御坂美琴摻和進木原幻生的事裡，只想自己解決木原幻生，等一切都處理完，再告訴御坂美琴真相。
為了不讓御坂美琴參與，食蜂操祈篡改了白井黑子、初春飾利和佐天淚子的記憶，讓她們失去關於御坂美琴的美好回憶，阻斷御坂美琴的求助渠道。
食蜂操祈也篡改了常盤臺中學老師的記憶，老師讓食蜂派系看住御坂美琴，不讓她到處亂跑。這確實在一段時間內限制了御坂美琴的行動，也讓御坂美琴相信，食蜂操祈在利用能力做壞事。
後來御坂美琴才知道，食蜂操祈保護了御坂妹妹，獨自對付老奸巨猾的木原幻生，為了戰勝木原幻生，食蜂操祈付出了很多。
御坂美琴還無法贊同食蜂操祈的所有做法，也不喜歡她操縱人心的能力，但是，既然食蜂操祈也有自己堅持的正義，說不定有一天，她們可以互相理解。
木原幻生的事情解決之後，食蜂操祈要再篡改一次參與者的記憶，白井黑子、佐天淚子和初春飾利的記憶都要修正。
最後木原幻生的事情，變成一次針對學園都市的恐怖襲擊，白井黑子身為風紀委員，參與抓捕恐怖分子，這件事與御坂美琴沒有任何關係。
本來這件事是木原幻生利用外裝代腦，讓御坂美琴在一瞬間進化成絕對能力者，然後拉著整個學園都市一起陪葬。
雖然御坂美琴知道隱藏自己的部分，不是因為食蜂操祈為自己著想，但這樣修改也確實給自己省了很多麻煩。不過，御坂美琴不知道，食蜂操祈是如何修改關於御坂美琴的部分的。
大霸星祭期間，學生都要參加比賽的，御坂美琴被迫進化成絕對能力者，折騰了一天都沒參加比賽，如果直接剔除御坂美琴的部分，一定會出現矛盾。
食蜂操祈再次給白井黑子她們修改記憶，內容是御坂美琴在小攤子上亂吃東西，結果吃壞了肚子，在廁所裡關了一天。食蜂派系的人去接御坂美琴，她還兇她們，就是死守著廁所不出去。
御坂美琴晚上跟朋友們匯合，聽她們說起這件事，御坂美琴對食蜂操祈新生出的那一點點好感，瞬間煙消雲散。御坂美琴在食蜂操祈新修改的這段記憶中，感受到了食蜂操祈對自己的強烈惡意。
御坂美琴是都市傳說級的存在，非常有名，更是常盤臺中學最強的超能力者，關於御坂美琴吃太多導致壞肚子，死賴在廁所裡不去比賽的話題，瞬間散播開來。
還想著也許能與食蜂操祈互相認同的御坂美琴，只想宰了食蜂操祈。
由於某些不可抗力的原因，《科學超電磁炮》第三季動畫的播放過程非常坎坷，從1月播到5月才終於播完了大霸星祭篇。不過，御坂美琴和食蜂操祈的故事還遠遠沒有結束，最近越來越喜歡看炮姐和女王鬥嘴了，希望新篇章播放順利，御坂美琴和食蜂操祈的日常對手戲更多點。