繼續推進《戰神2》劇情，隨著在命運之島上的探索一路深入的奎託斯碰到了同樣在尋找命運三女神的英雄珀耳修斯。這位英雄希望通過命運三女神的力量能讓已經前往冥界的愛人重回自己的身邊。他將遇見已經不再是戰神的奎託斯視作女神給予自己的有一個試煉，只有將奎託斯擊敗他才能繼續前進並實現自己的願望。珀耳修斯於是將奎託斯視作敵人，兩人經過一番搏鬥後，珀耳修斯被奎託斯擊殺。
珀耳修斯是宙斯與凡人公主達娜厄之間生下的兒子，擁有半神血統。這位英雄最著名的兩項功績應該就是斬殺沙發女妖美杜莎和營救公主安德羅墨達。
達娜厄是阿戈斯國王阿克裡西奧斯的女兒，由於預言所示達娜厄生下的兒子將殺死阿克裡西奧斯並奪取他的王位，為此感到懼怕的國王將達娜厄囚禁在銅塔中，不讓她與任何人見面。神王宙斯化成金雨沿著房簷滲入塔中與達娜厄幽會，珀耳修斯因此誕生。當阿克裡西奧斯知道達娜厄懷孕產子後，他將這對母子裝在箱子裡扔進了大海。宙斯用神力引導這隻箱子穿過風浪，讓這對漂流到塞裡福斯島的母子被人救起和收留。
救起達娜厄和珀耳修斯的兄弟是島上的統治者，其中的哥哥波呂得克忒斯愛上了達娜厄，珀耳修斯在他看來就成了多餘的存在。達娜厄以要撫養珀耳修斯成人為由一直拒絕波呂得克忒斯的追求。在一次宮廷宴會上，已經長大成人的珀耳修斯也被邀請參加。波呂得克忒斯以他沒帶任何禮物為由奚落這位年輕人。借著這個機會，陰險的波呂得克忒斯提出要蛇髮女妖美杜莎的頭顱作為禮物。年輕好勝的珀耳修斯一口答應了這個要求，開始了自己的冒險。
珀耳修斯此時得到了來自神明的幫助，赫爾墨斯會飛的涼鞋，冥王哈迪斯的隱形頭盔，雅典娜的鏡面盾牌，火神赫菲斯託斯的鑽石寶劍。這些神器都能為珀耳修斯斬殺美杜莎提供必要的幫助。為了找到戈耳工三姐妹的所在，珀耳修斯先是去尋找格賴埃。格賴埃三姐妹是「海之憤怒」福耳庫斯與「海之危險」刻託的孩子，與戈耳工三姐妹是親姐妹的關係。她們生來就是滿頭白髮的老婦人，姐妹三人共用一隻眼睛和一顆牙齒。為了迫使她們說出戈耳工三姐妹的所在，珀耳修斯奪走了她們唯一的眼睛和牙齒。無奈之下，格賴埃告訴了珀耳修斯美杜莎和她兩個姐姐的所在之處。
在戈耳工三姐妹的巢穴，珀耳修斯運用眾神贈予的寶具，趁著美杜莎睡著的時候，利用鏡盾，精準的砍下了女妖布滿蛇發的頭顱。三姐妹中只有美杜莎是凡身可以被殺死，她的兩個姐姐是魔身，具有不老不死的能力。死去美杜莎脖子中噴湧而出的血液裡，誕生了擁有雙翼的飛馬佩加索斯和巨人克律薩俄耳。珀耳修斯為了躲避剩下兩位戈耳工姐妹的追擊，戴上隱形頭盔騎上天馬佩加索斯成功離開。
在返回的途中，珀耳修斯途徑擎天泰坦阿特拉斯的所在之處。巨神希望能從背負天空的折磨中得到解脫，希望珀耳修斯用美杜莎的頭顱將他變成石頭。珀耳修斯滿足了阿特拉斯的願望，巨神從此化為阿特拉斯山。
經過衣索比亞的海邊時，珀耳修斯發現一塊礁石上有位極為美麗的年輕少女被鎖鏈捆綁著正在哭泣。原來這位少女是衣索比亞國王刻甫斯的女兒安德羅墨達。由於自己的母親身為衣索比亞王后的卡西奧佩婭吹噓安德羅墨達的美貌比海仙女們更美，這惹怒了海後安菲特裡忒，惱恨的海後懇求自己的丈夫海王波塞冬降下懲罰。波塞冬隨即派出「海之危險」海怪刻託侵擾衣索比亞整個國家，神諭顯示只有將安德羅墨達獻出才能平復神明的憤怒拯救國家。聽完了緣由的珀耳修斯向國王刻甫斯提出要求，只要國王願意把安德羅墨達嫁給他，他就會救回公主並殺死海怪。刻甫斯立即答應了英雄的要求。此時海怪剛好出現，珀耳修斯用劍刺傷了它並用美杜莎的頭顱將刻託變成了石頭。
救回公主安德羅墨達的英雄珀耳修斯在王宮中受到了熱情的款待。此時安德羅墨達本來的婚約者菲紐斯率領軍隊來搗亂，他想殺死珀耳修斯搶走安德羅墨達。珀耳修斯再次拿出美杜莎的頭顱將面前所有的敵人變成了石頭。
在這之後，順利與安德羅墨達結為夫妻的珀耳修斯帶著新婚的妻子回到了母親達娜厄所在的塞裡福斯島。抵達後不久珀耳修斯得知母親達娜厄由于堅決不答應波呂得克忒斯的逼婚被囚禁了起來。他立刻來到了王宮，見到珀耳修斯還活著的波呂得克忒斯滿臉驚訝，他不相信珀耳修斯殺死了美杜莎。英雄隨即取出了美杜莎的頭顱高舉在波呂得克忒斯的眼前，在場嘲諷珀耳修斯的所有人都隨之化成了石頭。
救回母親的珀耳修斯帶著達娜厄和安德羅墨達回到了自己出生的故鄉阿戈斯。他的外祖父也聽聞了英雄的事跡，由於懼怕珀耳修斯會對自己不利，阿克裡西奧斯逃離了阿戈斯躲在領國塞薩利。珀耳修斯乘坐的船因為狂風偏離了航行同樣來到了塞薩利，當地正好在巨型大型競技會，興致勃勃的珀耳修斯也參加了這場盛會。在擲鐵餅的時候，他因為太大力，鐵餅擲歪落在了觀眾席上砸死了一位老人。這個人正是珀耳修斯的外公阿戈斯國王阿克裡西奧斯，他最終果然死在了自己孫子的手上，神諭因此而應驗。悲痛的珀耳修斯繼承了阿戈斯的王位，從此與安德羅墨達過上了幸福的生活。成功後的珀爾修斯將所有神器換給了眾神，美杜莎的頭顱則被雅典娜女神鑲嵌在了自己的盾牌上。
這對被命運之神祝福的幸福夫妻共有六個健壯的兒子和兩個美麗的女兒。大兒子繼承了衣索比亞的王位後來成為了波斯人的祖先；二兒子建立了自己的王國邁錫尼；三兒子則創建了尼邁亞城；幼子繼承了珀耳修斯在阿戈斯的王位；其餘的兩個兒子也各自建立了自己的城邦。珀耳修斯去世後被譽為最偉大的英雄和最有權勢的國王，他被升上天空成為「英仙座」。妻子安德羅墨達是「仙女座」，安德羅墨達的父親刻甫斯和母親卡西奧佩婭則分別是「仙王座」和「仙后座」
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