巴士單機之前分享了口袋妖怪紅藍寶石復刻版一周目攻略，今天繼續帶來口袋妖怪紅藍寶石重製版二周目劇情圖文攻略。一周目我們打道館、四天王和冠軍，而二周目是以劇情為主，像看電影一樣，神秘女子曼珠Zinnia 的出現讓情節更複雜。
在二周目的劇情中，主角會抓到神獸裂空坐（人稱綠毛蟲）以及代歐奇希斯。
一周目結束後，綠嶺市的綠嶺宇宙中心（Mossdeep Space Center）出現在畫面上，職員們在嚷嚷著出大事了，位置在琉璃市西南方，131號道路的小島上。隨後畫面出現一個女孩望著天。
再次回到主角的家，父親交給主角一對門票，說是兩張綠嶺宇宙中心流星秀的票，沒空和媽媽去看，讓主角找勁敵一起去看（粑粑你怎麼能這樣）。出門後主角第一次遇到之前出現的女孩，名叫Zinna，她隨便說了幾句話就走了。
去了勁敵家，才知道他的Key stone被搶了，給出的信息是「橙華市」。
來到橙華市，看到Wally被火巖隊成員搶劫，逼迫交出Key Stone進化鑰石，上前打敗她，她嘀嘀咕咕來了句「Meteor Fall……key stone」就走了。Wally告訴你她的進化鑰石也被偷走了。
此時，大吾打來電話（通訊系統內置在Pokenav plus裡面），他通知主角快去卡那茲市的德文公司（一周目的時候在那裡見過他們老總），有話要當面和你說。到了德文公司門口，大吾在那等你，帶你進去和他父親，就是公司老大談話。他和你講了德文公司為什麼會成立，如果利用「無窮大的力量」來給人類和Pokemon帶來方便。
說道現在最大的災難將要到來，一個直徑超過6英裡的小行星要撞擊我們的星球，他們德文公司在綠嶺宇宙中心研究怎麼防止災難，他們需要隕石碎片Meteorite Shard，讓主角去幫他去找，要前往武鬥鎮附近的石之洞窟Granite Cave，而小吾則前往綠嶺宇宙中心，一旦有消息會立刻聯繫主角。
飛到武鬥鎮，向左走到石之洞窟，進入一周目時第一次遇到大吾的房間，又遇到了那個女孩，她叫曼珠Zinnia，會與主角對戰，贏了之後會給你隕石碎片，並暗示主角將一周目煙突山從火巖隊手裡拿來的隕石和它放在一起。
隨後通訊工具響起，大吾讓主角前往綠嶺宇宙中心，將隕石碎片交給大吾。
到了之後大吾和中心的博士和主角介紹他們公司做的項目，此時曼珠再次出現，闖入綠嶺宇宙中心。跟大家講了一堆，指責他們做的事是錯的。隨後衝了出去。大吾讓主角先去流星瀑布找另一塊隕石碎片。
來到流星瀑布深處，遇到大吾和一個婆婆， 獲得流星碎片，婆婆跟你們講述了以前的事。曼珠的身份漸漸揭開。
然後再回到卡那茲市的德文公司，剛到門口，就看到德文公司職員說他們的設備被火巖隊偷走了。此時火巖隊成員正好追出來，請求主角救他，上前打敗三個火巖隊成員。
隨後主角需前往綠嶺宇宙中心。
到那裡看到都是火巖隊成員，對戰了兩個回合，準備把空間移動裝置(Dimensional Shifter)交給主角，突然曼珠衝了出來把裝置搶走，又搶走了火巖隊的key stone，然後走了。
大吾推測她一定前往火巖隊秘密基地。
立刻去水靜市右方的秘密基地。這時裡面的成員小精靈等級比之前高了不少，都在五十級左右。