9月3日 國臺辦新聞發言人就陳水扁公然聲稱所謂「中華民國國號的最好簡稱就是臺灣」表示，這再次暴露了他企圖製造「臺獨」分裂的本質，說明他在「5·20」講話中關於「修憲」問題作出的承諾，完全是虛偽的，兩岸同胞對此必須保持高度警惕。
陳水扁在貝里斯聲稱，「中華民國最好、最貼近、最真實的簡稱就是臺灣」；並誣稱大陸「研擬推動統一法，是企圖用軍事、武力破壞臺海和平現狀。統一法的真正意涵是以軍事武力併吞臺灣。」
9月5日 臺「新聞局長」林佳龍宣稱，臺灣「國號」的英語簡稱對外統一定調為「Taiwan與R·O·C交互使用」的模式，與非「邦交國」將直接採用Taiwan。
臺聯黨「主委」候選人黃適卓宣稱，臺灣「正名、改國號」應從街道「正名」開始，凡是帶有「中國標記」命名的臺北市街道名稱都應全面撤除。
9月6日 陳水扁首度在正式場合中以「臺灣隊」稱呼臺灣的體育團隊，鼓吹以後將「中華臺北隊」正名為「臺灣代表隊」。
9月7日 臺「外交部長」陳唐山稱，今後的「外交」將儘可能地使用「臺灣」代表「國號」。但「國防部政戰局局長」程邦治宣稱，「國號現在就是『中華民國』，軍隊不會將『國號』簡稱為『臺灣』」。
9月9日 陳水扁會見義大利國會議員時首度正式使用「臺灣總統」之稱，並稱要為臺灣「拼一張國際認同身份證」。
9月11日 「南社」等島內「臺獨」團體提出所謂「脫離中國殖民教育，建構臺灣本體教育」的聲明，鼓吹「本國史就是臺灣史，本國文學就是臺灣文學，本國地理就是臺灣地理，臺灣母語應列為國語」等「臺獨」主張。
9月12日 陳水扁之妻吳淑珍以所謂「團長」身份帶領臺帕運代表團赴雅典參加運動會。國際帕運會發言人威爾肯對外表示，臺灣代表團團長已確定是臺灣殘障體育運動總會會長陳李綢，而非吳淑珍。但臺當局仍堅持讓吳在雅典活動。
9月15日 中國常駐聯合國代表團發言人表示，陳水扁借在紐約搞視頻採訪，大肆鼓吹臺灣「參與」聯合國問題，是在聯合國內製造「兩個中國」、「一中一臺」，為其分裂中國的目的服務。
臺第12次加入聯合國的圖謀失敗。第59屆聯大總務委員會決定，拒絕將少數國家提出的所謂「2300萬臺灣人民在聯合國代表權問題」提案列入本屆聯大議程。
聯合國秘書長安南指出，如果讓臺灣的代表出現在聯合國，將有悖於聯大通過的有關「一個中國」決議。
陳水扁越洋在紐約召開視訊記者會，鼓吹「臺灣是一個國家」，聯大第2758號決議「並未賦予中華人民共和國在聯合國及相關組織代表臺灣人民的權利」，「如果聯合國能接納臺灣，必定能夠替未來兩岸和平穩定發展架構提供最有效的國際監督機制」。
9月16日 臺聯黨公布「兩岸政策萬言書」，要求落實「暫緩開放，積極管理」的兩岸財經政策，控制兩岸文教交流，反對增設臺商子弟學校，軍事上採取「有效嚇阻、積極防禦」。
9月19日 中共第十六屆四中全會公報指出，解決臺灣問題、實現祖國的完全統一是黨肩負的神聖使命。要貫徹「和平統一、一國兩制」的基本方針和現階段發展兩岸關係、推進祖國和平統一進程的八項主張，推進祖國統一大業。堅決反對和遏制「臺獨」分裂勢力，堅定不移地捍衛國家主權和領土完整。
陳水扁在「2004青年國是會議」上稱，「臺灣正名最好就用簡稱叫臺灣」，「未來一定會在2008年制訂出一部適合現在臺灣的新憲法」。
9月20日 中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤在中央軍委擴大會議上指出，當前最重要、最現實、最緊迫的戰略任務，就是要抓緊做好軍事鬥爭準備。
原中央軍委主席江澤民在會上講話指出，解決臺灣問題，我們要以最大的誠意、盡最大的努力實現和平統一，但決不能承諾放棄武力，這是一項重大政治原則。軍隊必須抓緊做好軍事鬥爭準備。軍事鬥爭準備做得越好，就越有可能爭取和平統一的前景。
9月23日 反軍購聯盟由150位退役將領發表連署申明書，強調軍火採購將引發軍備競賽，使兩岸危機持續升高，給臺灣人民帶來潛在危險。
9月24日 臺「行政院長」遊錫堃稱，未來所有的公文、文書將一律稱呼大陸為中華人民共和國，即中國。遊錫堃還挑釁說，「大陸有能力毀滅我，臺灣也有能力毀滅大陸。大陸打臺北和高雄，臺灣就打上海，只要有反制能力，臺灣就安全」。
9月25日 國民黨召開第十六屆四中全會，選舉新一屆中常委，連戰提出兩岸和平架構：一是「堅守中華民國的現狀，反對一國兩制，堅持中華民國憲法」；二是「兩岸儘快對等協商，積極推動實現直航」；三是「兩岸籤訂綜合協議，建立一個可以穩定30年的基本架構」。
9月27日 中共中央政治局常委、全國政協主席、中國和平統一促進會第七屆理事會會長賈慶林表示，我們將認真貫徹「和平統一、一國兩制」基本方針、江澤民同志關於現階段發展兩岸關係、推進祖國和平統一進程的八項主張和胡錦濤同志關於對臺工作的四點意見，毫不動搖地堅持一個中國原則，盡最大努力爭取和平統一。
9月29日 中共中央政治局常委、國家副主席曾慶紅在國務院僑辦、港澳辦、臺辦聯合舉行的國慶招待會上表示，「臺獨」分裂勢力的活動，危害國家主權和領土完整，危害臺海地區的和平穩定，危害包括臺灣同胞在內的全體中華兒女的根本利益，全體中華兒女都應堅決反對「臺獨」分裂勢力。
美國國會研究處年度報告指出，過去8年臺軍購費用達190億美金，獨佔全球發展中國家和地區軍購總額的10.3%，僅次於沙烏地阿拉伯居全球第2位。
9月30日 國務院總理溫家寶在國慶55周年招待會上指出，我們將繼續貫徹「和平統一、一國兩制」的基本方針和「八項主張」，堅決反對和遏制「臺獨」分裂勢力，堅定不移地捍衛國家主權和領土完整。
陳水扁會見蒙古共和國官員時稱，臺灣將仿效蒙古，推動臺灣「公投獨立」。
美國國務卿鮑威爾會見到訪的外交部長李肇星後指出，美國不支持臺灣的獨立運動，支持「臺獨」與美國的一個中國政策的承諾和義務並不相符。
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