由於苔蘚也是植物，所以它在附著房頂的過程中，會侵蝕房頂的材料、撐大房頂材料之間的縫隙，如果聽之任之不理，那麼房頂將會產生材料脫落、漏水、及大面積的損壞，這時候再想起清理罪魁禍首「小小的苔蘚」卻是為時已晚，房主將為這不起眼的問題付出慘痛的代價。
不要小看苔蘚小小的一片片，如果您親手嘗試清理它您會發現，苔蘚在屋頂上附著的非常牢固，拿個小刷子什麼的根本就無法徹底清除它們；而苔蘚的繁殖力很強，如果只是隨便的剝離它們而不「斬草除根」，那麼不久的將來絕對「春風吹又生」。
有些朋友想到，用高壓水槍噴出的高速水流來擊打苔蘚讓其脫落，這種操作確實可以將苔蘚清除得很乾淨，但是水難免會因為強大的壓力從房頂材料的縫隙中透過去，造成苔蘚尚未清除屋中已然漏水的事件。
所以，通常我們使用化學製劑來清除屋頂的苔蘚，這些藥水往往都以「濃縮藥水」的形式在DIY商店中出售，價格不算太貴，通常清除一遍房頂只需要40-80元左右的濃縮藥水。它們的名稱各異，但是Moss Removal的字樣肯定是少不了的，因為這是它們的主要功能所在。有些藥水的濃度比較高，寫著30秒青苔消失的字樣，它的效果不錯，但也絕對到不了30秒鐘就能把苔蘚搞定的程度。
這些藥水使用方法都很簡單，只需要按照說明書，將一定比例的水和藥水混合在一起，使用低壓力的噴壺或是能夠將其水霧化的噴頭，均勻的噴灑在屋頂上即可，苔蘚多的地方可以多噴一點。如果在噴灑藥水之前，能夠用水先將屋頂噴一遍，則效果會更好。當然，下雨天不建議您登上房頂操作，雨水會降低藥水的藥效，另外雨天、屋頂上的苔蘚沾上雨水後會變得很滑，容易產生意外跌落房頂的事故。
噴灑藥水完畢後，建議讓藥水停留幾個小時的時間（幾天也是沒問題的），您會發現屋頂的苔蘚吸收了藥水後，會從綠色變得灰色、黃色或是蒼白色，實際上這時候藥水已經把苔蘚殺死了，它們的根部已經失去了活力，無法牢牢的抓住房頂材料了。這時候不妨登上房頂(安全第一)，用硬毛刷子將苔蘚刷去；如果您比較懶，那麼用低壓力的水流（自來水管壓力），將房頂從上向下噴一遍也是可以的，您會發現死去的苔蘚隨著水流的衝刷不斷的向下跌落；如果您特別懶，那麼等待幾場自然的降水，也能把苔蘚衝掉七七八八，不過這樣等待的時間會比較長。
若是您的屋頂上青苔真的很嚴重，那麼可能需要在第一次使用藥水的一個月或是幾個月後，再使用同樣的流程和藥水，做一遍清除工作。當您房頂的所有苔蘚都清除乾淨後，不妨使用一些屋頂專用的塗料，將您的房頂塗抹（Coating）一遍，這些房頂塗料會讓您的房頂光潔如新，另外本身塗料也有抗青苔的作用，會延長您下一次清理青苔的期限。
至於說，有沒有什麼牌子的藥水可以推薦？要跟您說，效果真的都差不多，因為其主要成分都差不多；30一瓶和60一瓶的，可能區別就在於價格了。當然，清理房頂是一項比較危險的工作，如果您希望自己動手，一定要準備好安全措施，梯子、手套、防滑的靴子，以及順手的水槍、噴壺都必不可少；如果您「恐高」那麼請專業的房頂清潔公司來做這項事情比較好。