一、形上學（metaphysics）
我們先從形上學開始，不過在這之前，我必須要把眾多中國人在哲學上接受的對形上學的錯誤觀點進行揭露和糾正：我們中凡是對「形上學」這一概念還有印象的人，大致都會說它「是片面的、孤立的、機械的」，說要「堅持唯物辯證法，反對形上學」。這種說辯證法一定對、形上學一定錯的「一邊倒」觀點不知令多少中國人蒙在鼓裡。那麼形上學本身究竟研究什麼呢？它其實是「研究超感覺的、經驗以外對象的哲學」。它講求的是一個純粹思辨的研究。它的理論，都是絕對抽象的，是既不能證實也不能證偽的。我們之所以會對形上學有那樣的錯誤認識，都是由於我國的思想政治教科書中的錯誤觀點；而我國思想政治教科書中的錯誤觀點，實際上源於上個世紀蘇聯官方對其他奉行社會主義意識形態的國家的僵化宣傳，但蘇聯解體後，我國也並未對其進行修改。
形上學是排斥感覺和經驗的，所以它在哲學史上就催生了「靈魂」這一概念。「靈魂」與現在我們所說的「意識」相似，但又有不同 —— 「它實質上指的是一種生命能力。感覺、知覺和思考能力都是這種生命能力的體現。」「靈魂」的概念，源自古希臘，但直到今天它甚至都在被全人類所認識和思考。幾千年以來，它也幾乎一直都是形上學研究的重要課題之一。在《魔法少女小圓》中，它是被一再強調的重要概念，所以這也是我針對這部動畫，在形上學領域裡唯一要闡述的概念。在動畫中，人的靈魂能被「提取」出來，被「鎖」在寶石中，而人的肉體只不過是一副軀殼。動畫中鹿目圓把美樹沙耶香的靈魂寶石用力一拋，導致後者失去知覺、癱倒在地。
她的這一狀態，正如柏拉圖（Plato）筆下的蘇格拉底（Socrates）所描述的那樣，與死亡無異 —— 「死就是靈魂脫離肉體，死的狀態就是肉體脫離靈魂單獨存在的狀態，以及靈魂脫離肉體單獨存在的狀態」。而另一方面，在得知了魔法少女的真相後，美樹沙耶香開始自暴自棄，不願再用悲嘆之種淨化靈魂，最終由於靈魂過度汙濁而變成了魔女。我認為這很明顯是魯莽的表現。按照柏拉圖的靈魂理論，一個人的靈魂由三部分組成：理性、激情和欲望；而只有當「理性居於主導地位，統帥激情，控制欲望」，這個人的靈魂才是完善的。所以美樹沙耶香的魯莽性情，根據這個套路來分析則可以說是理性沒有統帥住激情。激情之中有理性，就是勇敢；沒有理性，則是莽撞，是意氣用事了。而至於她「應該如何」，這實際上就成為了一個價值取向的問題。這個問題，我將在後面的「價值論」中具體分析。
二、認識論（epistemology）
所謂「認識論」，就是研究生命一切認知方式、思維方式，研究知識和真理的性質的哲學。《魔法少女小圓》之所以會引起觀眾的廣泛思考，從認識論的意義上說，我認為它實際上是引起了人們在這類哲學下兩個子學科領域內的思考，即精神哲學（philosophy of mind）和人性（philosophy of human nature）哲學。
一方面，在精神哲學領域，令觀眾們普遍思考的就是丘比與魔法少女們對同一個問題在理解上的差異，或者說是二者對「成為魔法少女，打擊魔女，最終逆轉宇宙熵值的增加」這一系列問題的理解差異。我想說的是，即使我們承認差異的存在，我們也不要以為它可以被縮小哪怕一絲一毫，因為這個問題實際上是根本性的差異，這可以由伊曼努爾·康德（Immanuel Kant）的認識論思想來解釋。根據康德的理論，生命所認識到的，實際上全都是事物所呈現給其的「表象」而並非事物本身，表象背後的那個所謂「物自體」（thing in itself），是無法被認知的。
「換句話說，判斷的對和錯不取決於人」；「我們完全不知道自在的對象，而凡是被我們稱之為外部對象的，無非是我們感覺的單純表象而已」。所以說在動畫中，丘比與魔法少女們在認知上實際存在著根本的差異，其原因就是魔法少女的思維是人類的思維，而丘比是一個非人類的生物，這也許會使得他們所認識到的表象甚至連一點交集都沒有，片中也明確提到了丘比是沒有感情的。為何會差異到這種程度呢？這就要從認識的基礎要素上來看。康德認為，我們自主思考的能力以及推理的能力，即知性和理性，都要以接受表象的能力，即感性為基礎。
人類所能接受的一切表象中，純粹先天的、不帶有任何後天感覺性質的就只有時間和空間了。這就是說，我們的一切認知，都要以對時間和空間的認知為基礎。但是丘比不是人類，也許它最基礎的認知要素本就不是時間和空間。所以，如果丘比及其種族的行為導致了全人類的毀滅，而它對此仍不以為意，我們也不能責備說它是「自私」的，因為兩個不同的物種在認知上是不一樣甚至完全不一樣的；所以說觀眾也就不應該單純站在人類的立場上看待丘比的行為了。
需要額外指出的是，康德的精神哲學，屬於近代歐洲大陸十分流行的「理性主義」派別。這一派因主張人擁有先天的認知，也就是不來自於後天經驗的認知，故也被稱為「先驗主義」。這樣來看，康德的精神哲學，又是形而上的。因此可以說康德主義精神哲學既是一種認識論，又是一種形上學。
而另一方面，在人性哲學領域，我認為《魔法少女小圓》所展現的最突出問題，就是少女們為何不肯接受丘比那被它自己視為「宏偉」的目標。事情很清楚：少女們成為魔法少女，將自己的感情轉化為能量，這樣可以逆轉宇宙熵值的單向增加，從而逆轉宇宙運行的無序性，但是魔法少女最終會犧牲。撇開前面所講的認知差異，要分析解釋這一問題，就要對人性中利己情感的一面進行洞察。針對這個問題，大衛·休謨（David Hume）揭露出了人性的利己性：「人如果寧願毀滅全世界而不肯傷害自己一個指頭，那並不是違反理性」；
「心靈借著一種原始的本能傾向於趨福避禍，即使這些禍福只被認為是存在於觀念之中，並且被認為是只存在於任何將來的時期」。人的這種為當前的、自身的利益而捨棄長遠的、共同的利益究竟能否被認為是「自私」，學術界尚有爭議。但總而言之，根據休謨的理論，按照像丘比所說的那樣來行為是違背人的自然理性的。更何況丘比的目標給人的是一種那樣虛無縹緲、遙不可及的感覺（不論是給觀眾還是給劇中人物），這就更使人不能接受了。就像鹿目圓說的那樣：「就為那種莫名其妙的事。」這實質上和我國在上世紀中葉為「實現共產主義」而開展一系列政治運動是一樣的。對利益受損的人群來說，這是他們出於天性而不能、不願接受的。
三、價值論（axiology）[或更精確稱倫理學（ethics）]
本文的最後一個部分，我想真正就「對與錯」、「好與壞」、「德與惡」來對《魔法少女小圓》進行一番闡述，這就是與價值取向息息相關的「價值論」。由於本動畫所表現的皆為普通人的情感糾葛（在社會關係的層面上她們依然是普通的），所以對其在價值論領域內的分析，集中劃歸至道德哲學即倫理學這一子領域的分析即可。下面我將闡述動畫中的三個重要概念：許諾、正義和道德、對善的追求。
首先，在很多藝術作品中，作者可能會將許諾作為表達情感、凸顯價值追求的一項重要手段，但像《魔法少女小圓》中曉美焰對鹿目圓的這樣別出心裁的許諾我的確是第一次見。一方面，曉美焰的許諾產生的特定環境背景以及許諾派生出的行為的確另觀眾耳目一新；但另一方面，我們也要看到此許諾本身跟我們日常生活中再平常不過的許諾相比起來，並沒有任何本質區別。關於許諾，休謨是這麼說的：「投入許諾並產生其義務的那種心理活動，既然不是要作一個特殊行為的決心、欲望或意願，它必然是對由於許諾而發生的那種義務的一種意願。」有許諾則必有義務，這至少是一個道德上的義務。這就是為什麼曉美焰在答應了小圓的請求後不遺餘力地想要消滅丘比。而在最後一集，當鹿目圓說不用再麻煩小焰時，這種道德義務也就隨之解除了。當然，作為一種行為，許諾是那樣普遍的行為，我在這裡也只是將本動畫中的這一許諾視為一個個例，闡明一下關於許諾的普遍原理罷了。
其次，《魔法少女小圓》中最令人印象深刻的一句話，恐怕就是「和我籤訂契約成為魔法少女吧」。這就牽扯到了「契約」的概念。這一概念，在西方也已經被思考了兩千多年。但是，思想家們表面上所講是「契約」這一單一的概念，實際上是為了闡述他們更抽象、更系統的理論體系，這就是「正義」；契約只不過是正義的一種實現形式。本動畫中關於正義的思考確發人深省，而我則要在本段重點分析正義問題。我在「認識論」那一部分中說，不應只站在人類的立場上看待丘比的行為，但是我認為，另一方面當然還是要站在人類的角度對丘比進行公正的批判。很明顯，從動畫的劇情中我們可以得知，丘比一開始並未透露說魔法少女最終會變成魔女，並未傳達完整的信息，就誘勸少女們與其籤訂契約，從而產生了使少女們無法預料和承擔的後果。
我認為它實際上已經違反了人類文明中契約的最基本精神。而丘比隱瞞信息的行為，實際上當然也是在為其最終目的服務的。在它看來，魔法少女只不過是其實現目的的工具，她們的生死與丘比無關。站在人類的立場上，則完全可以說丘比是在踐踏人類尊嚴。這首先違反了康德的義務論倫理思想（當然同樣是形而上的） —— 「不要把他人貶低為僅僅是達成我的目的的手段（不要求他人為了醉心於我的目的而放棄自己）。」這就是批判丘比的必要性：不批判丘比，不足以捍衛人類尊嚴！此外，針對丘比為逆轉宇宙的發展無序性而葬送生命這件事，我們能說它一定符合人類文明中的正義和道德嗎？「德的本質就在於產生快樂，而惡的本質就在於給人痛苦。
」然而，「唯有快樂和免除痛苦是值得欲求的目的」，所以這就一目了然了。我認為即使丘比對實情毫無隱瞞，而且人們也都自願從容赴死（雖然這是反人性的），這件事至少也將會有爭議：生命消逝，本質上是受到了傷害，然而我們都知道，「去進行傷害也不是善或好的作用，而是與善或好相反的東西的作用」。另外還有一個小問題，就是呼應我在前面「形上學」末尾處關於美樹沙耶香的問題。我之前說過，在她的靈魂中，理性沒能控制住激情：很簡單，這實際上就是一種個人意義上的不正義；她不顧別人感受一心尋死，因此這至少也是一種不道德。
最後，我要分析的就是《魔法少女小圓》中最終極的價值取向和價值追求，這就是鹿目圓對「至善」的追求。在非革命英雄主義題材的藝術作品中，這種大愛無私的人物的確是很少見的。雖然根據我之前「認識論」中對人性哲學的闡述，鹿目圓的這種行為是違背理性的。但她的確實現了令他人免受痛苦的「至善」，所以我們說小圓成為了「神」。正如柏拉圖筆下的蘇格拉底所言，善「正是所有靈魂都追求的東西，而且靈魂進行的一切活動都是為了它」。
我認為自由的理念是鹿目圓行為的內在要素，鹿目圓實質上是把少女們免於淪為他人工具的自由，進而把她們的人格尊嚴還原給了她們。對此，黑格爾（Georg Wilhelm Friedrich Hegel）指出「善就是被實現了的自由，世界的絕對最終目的」。鹿目圓的這一活動進行得最徹底，所以她成為了「神」，變成了「概念」，內化於每個人的心中（由於這是超越感覺的，所以就又與康德的先驗主義不謀而合了）。最終，我認為可以說鹿目圓「獲得了來自正義的獎賞」，她的精神，不僅感染著片中的每一個人，也感染著看過《魔法少女小圓》的每一位觀眾。
四、邏輯學（logic）
實際上，只有邏輯學才是最能從根源上揭示出《魔法少女小圓》中最主要矛盾的一門科學，因為只有它才能對片中的因果關係進行分析。
讓我們大致梳理一下整個「少女成為魔法少女打擊魔女」的事件：丘比說服少女成為魔法少女→魔法少女打擊魔女→魔法少女因其靈魂的淨化的進度趕不上獲得悲嘆之種的進度而變成魔女→丘比再尋找新的少女來打擊魔女。
一方面，這一事件的整個流程其實並不很嚴密。問題就在於，丘比發展魔法少女，目的在打擊魔女，而魔女又是魔法少女變成的，所以當我們捋著時間往前看時，我們就會發現丘比與第一個少女籤訂的契約是不可想像的，片中也的確沒有交代其原因。換句話說，只要魔女存在，丘比就要發展魔法少女，所以這就不能作為丘比發展第一個魔法少女的原因。這也是本動畫理念中最不嚴謹之處。
而另一方面，我們若以辯證的思維方法來看待這件事，就會發現在「丘比發展魔法少女」的意義上，這是一個輪迴。在因果關係中，這是一整個從原因到結果再回到原因的辯證發展過程。所以這裡事情與事情互為因果 —— 「只要我們執著於因果間的區別，則原因的作用，或原因所設定的後果，同時也就是原因的前提。」這一輪迴之所以最終會被打破，原因有兩點：第一，丘比遇上了鹿目圓和曉美焰這樣一對朋友；第二，曉美焰對鹿目圓情真意切，無數次穿梭時空回去救她，使得鹿目圓身上積攢了巨大的能量，足以扭轉丘比所謂「因果律」。這裡，遇見這兩人乃是丘比活動中的偶然性（或稱可能性），但兩人所具有的性格的實存性（或稱現實性），又使這一輪迴必然地被顛覆。這樣看來，對這一輪迴的否定就是偶然性與實存性的統一。正如康德所說：「必然性只不過是由可能性給予出來的實存性。」又如黑格爾所言：「必然性誠然可以正確地界說為可能性與現實性的統一。」
以上就是我對《魔法少女小圓》的四個方面的哲學反思分析。我並未自己創造出任何哲學理論甚至詞句，我只是儘量在哲學思想史中尋找與本部動畫的思想理念相一致的內容，僅此而已。