第二章-等級12：艾雅(主線)
註：此任務是「第二章-等級10：艾雅」的後續任務，不過這個任務需要在「第二章-等級11：治安官傑納迪歐斯」和「第二章-等級12：聖蛇之終結」完成後才能進行。
因此可以視為兩個不同的任務。
劇情：在潘神殿，巴耶克將已經殺死了治安官傑納迪歐斯和聖蛇的好消息告訴給妻子聽，他們兩人隨後喜悅擁吻。
(回到現在)蕾拉被迪安娜從animus中拖出來，因為迪安娜發現蕾拉的腎上腺素和血鴉都升高，影響到她的心率與荷爾蒙數值。蕾拉並沒有直面回到迪安娜對數據的疑惑，她根據夫妻合葬的習俗，推測出艾雅也也應該處於這個墓穴之中。
迪安娜起初認為蕾拉除了巴耶克的記憶以外，也能感受到他的情緒，從而感應到艾雅的存在，其實不然，這一點也許可以推測出蕾拉不具備刺客的血統，而如今的animus系統已經可以普及到所有人都可以使用(《黑旗》中面向大眾的animus，只不過是播放視頻而已，不能讓老百姓真正進入到刺客祖先的記憶之中)。
step1.蕾拉沿著洞窟往下層走去，經過巴耶克的石棺後以「信仰之躍」跳入水中。
潛入水底就可以找到艾雅的石棺，蕾拉從艾雅的屍體中取出了袖中劍的利刃以及艾雅的殘骸(DNA)。
蕾拉打算利用艾雅的DNA讀取艾雅的記憶，迪安娜提醒她，需要時間來定序，蕾拉是無法立刻與艾雅的記憶同步，可是蕾拉還是執意為之。
劇情：animus還未完全解釋艾雅的DNA，因此蕾拉只能回到巴耶克的記憶之中。
(回到西元前48年)巴耶克推測聖蛇並不是一個人，而是一個組織，為了說服丈夫，艾雅建議巴耶克去見阿波羅多羅斯，因為他是無所不知的。
如今阿波羅多羅斯在克麗奧佩託拉(埃及豔后)身邊。