《魔法禁書目錄》中的一方通行，並不是主角，卻擁有著極高的人氣，而這一次一方通行作為絕對的主角回歸了，那個學園都市的最強者，他回來了。
《科學的一方通行》的故事從一方通行還在住院期間開始講起，對於沒怎麼看過《魔法禁書目錄》的萌新來說也是非常友好，完全可以當做一部新番來看。
一方通行的過去也通過他和醫生的對話解釋清楚了，他是學院都市能力等級5中排名第一位的超能力者，有「學園都市最強」的稱號。參加了「絕對能力者進化計劃」的實驗，因為救最後之作而頭部受傷，現在只能靠項圈型電極配合御坂網絡的運算支援，才能支持他日常的行動以及使用超能力。
這次面對的敵人，難得的並不是想要抓最後之作，而是為了一方通行而來。他們想盡辦法去偷走了專門研製來對付一方通行的武器，大張旗鼓的來醫院尋找一方通行。
其實面對這些針對他自己的敵人，一方通行並不放在心上，甚至在聽到有人要找他打架時，一方通行還有點小興奮。
這個武器雖然是針對一方通行開發的，在對付其他人時，的確是非常的厲害，但是真的面對一方通行，還是完全打不到他。
不過正在這些人引起了一方通行的興趣，想要好好對付他們時，最後之作卻出現了，為了保護最後之作，一方通行頭上的傷口再次崩開，血滴在了最後之作想要送給一方通行的禮物袋子上。
而這次這幾個人來找一方通行，就是想要得到他的基因序列，可以賣很多錢，看到一方通行的血，他們就把袋子搶走了。
一方通行面對最後之作這個小蘿莉時，態度總是和別人不同，雖然似乎一直在嫌棄這她，可實際上對她還是很好的，最後之作可以說是一方通行最大的弱點了。看到最後之作失望的樣子，一方通行雖然沒說什麼，但是也決定出發去把這個袋子搶回來。
一方通行最強的武器其實就是他的運算能力，他原本就是學霸，很快他就找到了這幾個人的所在地，也想明白了這個所謂針對他開發的武器的原理。這幾個炮灰完全不是他的對手，很快就被憤怒的一方通行打廢了。最後之作的禮物，也被好好的拿了回來。
一方通行對於最後之作雖然表現的那麼嫌棄，但是看到小蘿莉特意製作的小蛋糕，還是很開心的，只是不好意思表現出來而已。一方通行還是那個脾氣傲嬌的大爺，而他家小蘿莉從各個方面來說，始終是他的弱點。