故事發展到這裡，組織基本上已經完全由阿曼達掌控了，阿曼達掌握組織，還將帕西給軟禁了起來，她對Alex的言語洗腦加上利益交易使得Alex與尼基塔對立，昔日隊友還是無法在一起。
尼基塔在組織時曾有一個關係不錯的搭檔叫凱莉，現在被關在一所監獄裡，尼基塔得知凱莉還活著，決定將凱莉救出來，阿曼達當然不會放過這個機會，她派出了Alex和羅恩去追蹤凱莉，等著尼基塔自己送上門來。
說到這個羅恩，那可真是全劇數一數二的厲害特工，羅恩是清除者，一般來說組織裡像歐文這樣的守護者是非常厲害的，但清除者被訓練來專門對付守護者和清除特工，可想而知他的手段毒辣，身法敏捷，一對一近身搏鬥根本沒幾個人是他的對手，尼基塔在他手上吃過不少虧。
邁克早些年在組織有過一項任務，那就是勾引雙面間諜卡珊德拉。卡珊德拉對邁克動了真情，還生下了一個兒子，但卡珊德拉明白邁克並不愛自己，他接近自己只是為了達到組織目的。卡珊德拉沒有把兒子的事情告訴邁克，因為邁克是個很有責任感的人，如果知道了，他一定會陷入深深的自責，還會對尼基塔和邁克的關係造成打擊。
卡珊德拉遇到了危險，邁克提議去營救她，這讓尼基塔感到很奇怪，她覺得卡珊德拉的身份並沒有那麼簡單，邁克與卡珊德拉的關係也有隱情。
邁克發現卡珊德拉帶著一個小男孩，猜出小男孩的真實年紀後，邁克很震驚，質問卡珊德拉小男孩是不是他的兒子，卡珊德拉否認了。尼基塔卻不相信，她單獨找到卡珊德拉，兩人談了很久，卡珊德拉道出不告訴邁克真相的原因，希望尼基塔幫她保守秘密，但邁克有個令他有負罪感的舊情人和一個兒子，這讓尼基塔很受打擊。
另一邊，組織裡，肖恩發現自己身處阿曼達的騙局之中，開始懷疑組織的真正目的，而被軟禁起來的帕西時不時的找Alex「談心」，Alex也樂於和帕西交談，因為她能從帕西這裡得到一些阿曼達的事情，有時Alex對自己產生了懷疑，也會來諮詢帕西。
這天帕西告訴Alex，黑盒子有她父親烏迪諾夫被殺害的真相，這無疑又是讓Alex與尼基塔對著幹的一大陷阱，Alex能如願從尼基塔手裡奪得黑盒，成功報仇嗎？