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如果說《進擊的巨人》第二季的等待是望眼欲穿，那麼對於第三季的等待簡直就是喜從天降。
第二季的到來比第一季過了一個四年，世界盃都重來一次了，而且四年的等待只有12集；而第三季和第二季只有一年多時間，讓人驚喜的是這次有24集。
要知道，第二季結尾部分，巨人的劇情才真正展開，那麼第三季將是一段熱血的高潮！漫畫黨應該對劇情了如指掌，第二季結尾到漫畫第51話，而以此類推，第三季大概要到80話左右，而第52話到第80話，是劇情最精彩，也是解密最多的一段，可以說是在揭露世界格局真相之前的高潮。
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在第二季的結尾，調查兵團全員出動，憲兵團和駐紮兵團輔助，終於奪回艾倫，艾倫小宇宙爆發，展示了體內的始祖巨人之力，也就是坐標之力。尤彌爾救了瀕危的萊納和貝爾託特，三人脫險；調查兵團損失巨大，埃爾文斷了一條手臂。而且，在這一季最重要的一條線索已經探明：巨人是由人類轉變而來！
接下來的劇情發展如下：
知道牆壁秘密的尼克神父被殺，嫌疑犯鎖定憲兵團人員，韓吉懷疑最大的敵人在牆內，而不是外面的巨人。調查得知，尼克神父是受到第一憲兵團的拷問然後被殺害。所以，調查兵團開始把第一敵人由巨人轉向第一憲兵團。
然後重中之重，克裡斯塔的真實身份解密，她真正的名字是「西斯託利亞」，父親是雷伊斯，母親是雷伊斯家的僕人，因為她的出生，母親被殺死；自己改名換姓，才得以活了下來！
調查兵團在秘密基地活動，韓吉對艾倫進行實驗，測試艾倫的硬質化能力能否堵上瑪利亞之牆，而艾倫腦海中突然浮現了不屬於他的記憶；而不遠處，憲兵團的人正在尋找艾倫的所在，對調查兵團秘密監視。
大街上，克裡斯塔和艾倫被抓走；此時的埃爾文團長已經達到王都。而被抓走的其實是讓和阿爾敏假扮的，兵長和三笠趁機出手，捕獲了利布斯商會會長及兩名憲兵團的人。
利威爾與利布斯商會會長達成合作協議，約法三章。
而此時，埃爾文團長正在密謀一件大事：通過革命手段，扳倒王政，合作對象是希緒弗斯司令！
韓吉正在對兩名憲兵團的特務進行審訊，審訊過程異常殘酷，手指甲、牙齒被一個個拔掉，在審問中發現，這個特務就是埃爾文的殺父仇人，也是殺害阿爾敏父母的人。
在經歷了一系列非正當手段之後，拷問結果出人意料：雷伊斯家族才是真正的王族！
在向調查兵團隊員公布了這個秘密之後，利威爾向眾人闡述了下一部的計劃，革命之後讓西斯託利亞繼位，成為新的女王。西斯託利亞無法接受，利威爾毫不留情地對這個柔弱的女生動粗。克裡斯塔最終答應了！
政變第一步：把艾倫和克裡斯塔交到憲兵團手中，沒想到來接人的是一個了不得的人物，利威爾的師父——割喉者凱尼！凱尼殺死了商會會長，並成功奪走了艾倫和克裡斯塔。這完全是和利威爾的計劃背道而馳。
利布斯商會會長被殺被憲兵團栽贓給調查兵團，調查兵團瞬間成為眾矢之的，被全員通緝。割喉者凱尼和利威爾師徒正面對決！
利威爾第一次如此狼狽，而且對手還是人類！調查兵團追蹤押送艾倫和克裡斯塔的馬車，沒想到這一切都是憲兵團的陷阱，想藉此機會徹底剷除調查兵團！
艾倫和西斯託利亞被押送到真正的王——羅伊斯的住所！一場蓄謀已久的巨人奪取計劃開始了！
空前絕後的地下大戰揭開帷幕！利威爾和恩師凱尼的對決正式開始！關乎王族的命運和牆內的命運，西斯託利亞的艱難抉擇！