可可託海在相當長的一段時間內默默奉獻著自己，不為人知。因為保密政策的執行而在民間顯得神秘，於是在民間流傳著關於可可託海的種種傳說。這些傳說真真假假、虛虛實實，不少是把可可託海吹得神乎其神的「當代神話」。有兩件事情，被可可託海的相關專家們認為是無聊的玩笑。
其一，便是關於可可託海寶藏的發現，有人認為蘇聯人在額爾齊斯河下遊發現了稀有金屬礦石，因而推斷上遊有稀有金屬礦產，於是溯流而上，在額爾齊斯河的源頭可可託海找到了礦藏。
其二，便是被部分人稱為「鎮館之寶」的收藏於可可託海地質陳列館的額爾齊斯石，因為不具有具體用途，沒有實際價值。至少目前是這樣。圍繞以上兩件事情的爭議還在繼續，也許永遠不會有定論。在這裡列出來，是因為可可託海很多專家都持否定態度。除此之外，還有許許多多的需要糾正的說法。
有一種說法，在可可託海3號礦坑發現了7種新元素。事實上，稍微有點化學知識的人都知道，人類從自然界發現的最後一種化學元素是錸，是諾達克等三位科學家於1926年發現的，此後雖然有新元素出現，但是都是從實驗室合成的，被稱為人造元素。而可可託海最早被發現有稀有金屬（寶石）是1931年，距離在自然界發現最後一種元素已經5年了。
確實，可可託海稀有金屬豐富，3號礦坑被譽為「稀有金屬博物館」，但是並沒有發現新元素，一切元素都是在其他地方發現過的。其中的額爾齊斯石也並不是新元素，而是已知元素的未知化合物，或者已知化合物的未知結晶方式。如果一個礦坑裡能發現7種新元素，大幅度改寫現有元素存在狀況，那絕對是驚天動地的，可可託海也會因此名滿世界。但是科學就是科學，不應該因為可可託海的旅遊前景、世界知名度而編造事件。可可託海發現過新物種（額爾齊斯石），但是未曾發現過新元素。
還有一種說法，因為可可託海3號礦坑所產的稀有元素的輻射，致使可可託海很多工人患了癌症。正因為這種說法，很多遊客在遊覽的時候都不願意進阿依果孜礦洞。這種傳言其實也是缺乏基本常識的。可可託海的稀有金屬主要是鋰、鈹、鉭鈮、銫、銣等，這些元素均不具有放射性；3號礦坑的86種礦物質中，並沒有具有較強放射性的礦物。在3號礦坑7礦帶中含有極少量的細晶石，具有一定輻射，但是因為含量極低，而且輻射很低，不會造成傷害性。
所以，把輻射造成的癌症作為可可託海職業病是無稽之談。癌症也並非可可託海的主要病種。可可託海真正的職業病是風溼和矽肺病。風溼的來源是可可託海很多年份冬天並未停工，工人經常在冬天極低溫度下工作，很多人都在沒有暖氣的野外工作，冰寒侵蝕造成的。
當然，3號礦坑有一段時間是地下開採，礦洞陰冷，長年累月的礦洞工作也是風溼病頻發的原因。矽肺病則是因為工作場所塵沙重，而塵沙則是由生產造成的。採礦的時候很多地方需要鑽炮眼，使用的是風機動力鑽（當然在極為偏遠的地方也有少部分完全依靠鑿子人工鑽眼的），3號礦坑用電風機，新三礦、四礦在電力還沒有到位的時候使用的是柴油機風機。
鑽炮眼的時候，在水源還沒有到位的情況下利用幹鑽開鑿巖石，塵沙飛舞，石英石、雲母等被吸入肺部，具有致病作用。早期追求產量，勞動防護意識不高，防護措施不嚴格。井下開採的時候，在排風不良的情況下，在粉塵飛舞的洞窟進行作業；室外選礦時，在礦物粉碎的過程中沒有專門的通風設備，手選場地塵沙飛舞。所有這些工作，一開始連口罩都沒有，工人工作一天下來，粉塵凝結在口鼻邊，堅硬如石，而被長年累月吸入的粉塵，則成為了矽肺病的罪魁禍首。這些都和輻射沒有任何關係。
不過，在上世紀60年代，可可託海正在開採的時候，就一直有可可託海礦產具有放射性的謠言。其中有一個例子，是在可可託海飛機場的工作人員如果不是必須都不去碰鉭鈮礦、綠柱石，怕被輻射。因此這不算當代人的造謠。關於這個謠言的最初來歷不得而知。
關於可可託海鈹的儲量的問題，本文之前引用新聞數據認為，目前已探明而且尚未開採的鈹礦儲量1585萬噸，這個數據來源是否有根據不得而知。但是這個數據也是有疑問的。根據《中國有色金屬網》報導：
位於新疆西北部的和布克賽爾蒙古自治縣自2008 年大規模開展找礦勘查以來，中國核工業二一六大隊在該縣白楊河礦區累計投入鑽探工作量 19 萬米，已探明鈹礦資源儲量5.2萬噸，目前勘探工作已接近尾聲。2012年12月底，該礦已累計發現鈹礦資源的儲量是4.7萬噸，2013年新增5000噸。據悉，白楊河鈹礦礦區面積為13km，為亞洲最大的羥矽鈹石型鈹礦床，礦床平均品位0.1391%，平均厚度為4.58m，資源量已獲中國國土資源部備案，氧化鈹礦體連續性好，工業礦帶延伸穩定。
和布克賽爾「特大型」鈹礦總量僅5.2萬噸，上述新聞裡可可託海儲量是和布克賽爾的300多倍。從情理分析，可能性不大。和布克賽爾的鈹礦類型為羥矽鈹石，氧化鈹品位為0.1391%，而可可託海主要是綠柱石，氧化鈹的平均品位為0.055%左右，也就是同單位重量的羥矽鈹石氧化鈹的含量是綠柱石的2.5倍，那麼，依據上述新聞的數據，可可託海已探明但尚未開採儲量中的氧化鈹也達到了和布克賽爾鈹礦含量的100多倍，這個數據也相當驚人。
根據可可託海專家肖柏陽等人所言，鈹屬於國家戰略物資，儲量是保密的，民間基本只能靠猜測。在網上還有可可託海礦產可以提煉300萬噸氧化鈹的說法，專家們也認為完全沒有可能性，甚至全球所有氧化鈹鈹存量加起來也沒有那麼高。
所以，可可託海的確還存在鈹礦，而且已經探明數量，但是具體數目無從知曉。
網上曾經有過一篇文章，名叫《當新疆富蘊縣「三號坑」的真相大白天下的時候，所有人都被驚呆了！》（在不同的網站題目有所變動，但是內容沒有變），至今在一些網上還能見到。上面的錯誤觀點、錯誤知識中的部分就出於這一篇文章。這篇文章誇大之處甚多，除了上面提出來的之外，比如李四光、錢學森親自到過可可託海，比如可可託海冬天零下57.5度等，文章被可可託海的退休職工見到以後，他們便組織了有色公司老年科協進行分析，並且寫作了相關文章，一一指出其中的謬誤。
老職工們對可可託海飽含深情，但是他們也容不得任何超出實際的誇張。他們的實事求是的精神也是可可託海精神的一部分，在浮躁、急速、網絡化的今天，對於廣大黨員幹部尤其具有警示作用。可可託海的豐功偉績，是建立在一個又一個實事求是的臺階上，並且級級升高的。在可可託海今後的發展中，實事求是精神也將是重要指導精神之一。
實事求是是中國共產黨的共性，因此沒有列入可可託海精神內涵。但是，沒有實事求是這個基礎，是不可能有可可託海精神的。這值得讀者們深思。
事實上這些活動都在可可託海職工內部。雖然可可託海為國家立下了不世功勳，但是到目前為止，外界對可可託海的了解依然很少。可可託海不僅僅是旅遊景區，而是稀有金屬礦廠。這些稀有金屬幹什麼用的？中國的核工業、航天航空工業的發展，離不開這個小鎮。