主人公春樹是一個內向不與人交流的高中生，在一次生病醫院掛號排隊時，撿到了同班同學櫻良的日記本《與病共存》，兩個性格完全相反的人從此有了交集。
櫻良因為《與病共存》踏入了春樹的生活，而春樹因為《與病共存》的櫻良改變了自己，從一個毫不在乎的人變成自己轉折中最重要的人。
櫻良對於知道自己的病的人，還能敞開心扉的交談，對於櫻良來說已經是很開心的事了，正因為如此春樹的內心情感幾乎是沒有的，整天就是呆在圖書館和家裡看書，櫻良也藉此機會拉著春樹去做自己想做的事情，度過這短暫美好的人生。
一起去了吃了烤胰臟、唱K、旅遊、海邊、看煙花、逐漸春樹也就對櫻良有了好感，也開始擔心櫻良病情。
人永遠無法預知明天發生的事，春樹開始改變時，而櫻良出現在電視畫面裡，以另外的方式離開了人世，而那條簡訊「我想吃掉你的胰臟」再也無法傳達了。
櫻良的離去對春樹打擊太大，從而又變的孤僻，與至於櫻良的葬禮都沒有去參加，在第十天平復心情春樹去拜訪了櫻良家，櫻良的母親也將唯一知道《與病共存》日記交給了春樹，這也是櫻良最後的禮物了，也作為催淚炸彈被打開，最後結尾彩蛋春樹來到櫻良墓前，應櫻良的要求和她閨蜜成為朋友。