關於神奇寶貝的起源眾說紛紜，而主流的說法基本上就是參考神奇寶貝圖鑑的記載，畢竟這是大木博士等眾多專家，集體騙小孩子訓練家，哦不……是智慧的結晶。其中提到有六隻被稱為神奇寶貝祖先，它們都誕生自幾億年前，在當時的大地上叱吒風雲，接下來就一起盤點一下吧！
化石盔
甲蟹類神奇寶貝及烏龜神奇寶貝的祖先，關於這個解釋，是在神奇寶貝的動畫中提及的，化石盔的造型非常類似於遠古時期的一種動物hou「鱟」，兩者均誕生自3億年前，化石盔能夠進化成非常有實力的鐮刀盔，雙手上尖銳的雙刀能夠輕鬆切開獵物的身體，戰鬥時可攻可防，將敵人抗拒在一定範圍之外，再使用水系絕招將敵人擊倒。
原蓋海龜
另一種龜神奇寶貝的祖先，至於傑尼龜到底是化石盔衍化的，還是原蓋海龜衍化的就不知道了，原蓋海龜和它的進化形態肋骨海龜都是以驚人的防禦力著稱的，堅硬的甲殼讓敵人奈何不得，而原蓋海龜能活動的範圍非常廣，可以下潛到1000米以下的深海，還能在陸地上利用尖牙去捕食。
始祖小鳥
就連名字上都帶了始祖兩個字，它是鳥神奇寶貝祖先，但實際上始祖小鳥根本不會飛行，只能在樹枝上跳來跳去，直到進化成始祖大鳥之後才能在天空中翱翔，而且還要在一段超長助跑後才能飛得起來，它本身的造型有融合一部分恐龍的形態，色彩鮮豔程度讓敵人很容易發現，只能憑藉很強的攻擊性才能很好地保護自己。
太古盔甲
蟲系神奇寶貝祖先，它有著一副強壯的身體，與對手近距離戰鬥的時候只會讓對方受到更重的傷害，看樣子赫拉克羅斯強大的防禦力便繼承自這個祖先，它和它的初始形態太古羽蟲個頭上和力量上有著天差地別的變化，初始形態只能在海裡捕捉一些小獵物作為食物，慢慢積蓄經驗進化。
阿爾宙斯
全部神奇寶貝乃至整個世界的創造者，它誕生自天地未開之時，它將鴻蒙世界創造了出來，而在它所開闢出的宇宙中，這才誕生了大千世界及眾多神奇寶貝，沒有人知道阿爾宙斯究竟存在了多久，也沒有人知道它傾盡全力的一擊到底有多可怕，卻有無知的人類敢覬覦阿爾宙斯的實力。
夢幻
被稱為神奇寶貝的始祖，它擁有著所有神奇寶貝的基因，能夠學習所有招式，它的存在正如其名一般，當真是如夢如幻，僅僅憑藉一根睫毛就創造出了超夢這樣無解的存在，而夢幻究竟誕生在阿爾宙斯之前還是之後就很難說了，只能認為兩者都是神奇寶貝的始祖。