「近來小學館方面在接受雜誌採訪時曾表示，打算預定在今年內結束名偵探柯南」。——青山剛昌
「根據小學館傳來的證詞，雖然名偵探取得了前所未有的成功，但是考慮到目前劇情已經進入白熱化的階段，再拖延下去只會降低故事的觀賞性，因此雖然有些遺憾，也只能保證劇情為優先」 。
「而對於大家最關心的結局問題，作者青山岡昌沒有過多透露，只是表示會是出乎所有人預料的，同時動畫會先於漫畫結束，而最後的全部劇情將在漫畫內得到徹底解答，至於在柯南完結之後是否會繼續創作基德的故事，青山則表示：『還沒考慮太多，不過如果讀者喜歡的話也沒什麼不可以』。
官方消息稱，關於哀的問題，青山老師給出了最後的答案，哀在最後的幾集中，被組織以極隱秘的方式所槍殺，目前青山老師的這部分的漫畫已經畫完。具青山老師說，在哀生命即將結束的時候，與柯南的對話很經典，她就這樣退出了這段本不屬於她的感情。而小蘭被組織綁架了，柯南開始跟組織進行最後的對決。至於結局，大家不要想得很樂觀，青山老師說會出呼所有人的意料！
至於阿笠博士的真面目：黑衣人的真正的首腦，就是一直隱藏在他們身邊的阿笠博士DOC LEE。 事情是這樣的，工藤優作原先就懷疑並且偵察黑衣組織。以小說家的身份為掩護，秘密調查。發現一些線索後特意搬到黑衣組織首腦阿笠家的隔壁住，並且從小培養新一，並派新一和阿笠混熟想藉此偵察一些情報。
當阿笠開始懷疑工藤父子的時候，想出一條毒計，他派GIN和沃克跟蹤出去約會的小蘭和新一，大家都看過第一集，其實交易是幌子，真正的目的是跟蹤，於是新一也就被他們變成了柯南。之後，阿笠順理成章地成為了新一的同伴與監護人，並且柯南實際上成了阿笠手中的人質，當時新一的父母第一次出現的那一集，實際是和阿笠談判的，最終的結果是阿笠以柯南要挾他們兩個人流放到瑞士。
而優作因為不能和新一說明真相，從而讓新一感到受騙，受到傷害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你們看優作只有103集的時候回過日本，還是變裝的，不能讓阿笠發現。其實APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母聯合開發的，而成功後哀的父母意外身亡。
阿笠留著柯南不死只不過想觀察**還有沒有其他的副作用。但是突然有一天，優作和有紀子突然潛回日本，和柯南（103-104集）秘密接觸，讓他感受到了威脅，於是安排一個間諜時刻跟隨在柯南的身邊，那就是灰原哀。哀其實是APTX-4689的第一個實驗品，本來藥的目的是永葆青春，沒想到竟然適得其反產生副作用，造成了身體變小。
而柯南事件發生後，哀就成了在柯南身邊臥底的最好人選。為什麼柯南從來沒有被騷擾過就是因為柯南其實一直在黑衣組織最厲害的老大的監視下。毛利小五郎也是因為追查阿笠才從警界退出的，當時槍擊非英裡事件只是藉口，所以後來暮木說毛利總是把他們引向歧途。
青山剛昌已經給大家提示了，不過因為太晦澀所以沒幾個人看得出來。其實阿笠這兩個字，如果拆解成阿竹立用日文反過來拼寫就是拉丁文裡面的莫裡亞帝。所以阿笠博士其實應該叫莫裡亞帝教授——福爾摩斯裡的罪惡的教授。