《數碼寶貝馴獸師之王》是數碼寶貝系列第三部作品，作品中首次將數碼寶貝的人類搭檔定義為馴獸師，其中作為主角的是松田啟人、李建良、牧野留姬三位馴獸師，以及他們的搭檔數碼寶貝基爾獸、大耳獸、妖狐獸。
數碼寶貝3與前作一樣，最終數碼寶貝們也進化為究極體，但是卻被觀眾吐槽的痛點是，數碼寶貝需要和馴獸師一起合體進行網路進化，失去像第一部那樣的本身進化的能力。儘管如此，劇中跟前兩部作品對比，更多的是除了三位主角的數碼寶貝進化為究極體外，其餘的馴獸師們的數碼寶貝也有進化為究極體的。
那麼，除了啟人和基爾獸進化為紅蓮騎士獸，建良和大耳獸進化為撒多格杜獸，留姬和妖狐獸進化為沙古牙獸外，還有哪些馴獸師的數碼寶貝進化為究極體呢？
秋山遼和科學飛龍獸
秋山遼是在數碼寶貝馴獸師之王中途加入的馴獸師，他是在數碼寶貝卡片大賽中打敗了牧野留姬的男人，被留姬成為豪爽的男人。他在數碼寶貝2中也有登場，並且和一乘寺賢搭檔過並拯救了太一，可以說是連貫了前三部數碼寶貝作品的人。
他與科學飛龍獸的網路進化，其實就是和啟人他們他們是一樣的，都是通過和科學飛龍獸合體進化為究極體的裁決獸，進化後的裁決獸戴著紅色長圍巾，展現出滿滿的正義感，行為動作都充滿了秋山遼那種豪爽的氣質。
北川健太和海天使獸
北川健太，是主角啟人的同班同學，經常一起在公園玩數碼寶貝卡片戰鬥的玩伴之一，在數碼寶貝3中一直是配角打醬油的存在，後跟隨啟人一行人來到數碼寶貝世界。他的搭檔數碼寶貝是海天使獸。
海天使獸，一隻看起來像幼年期的究極體數碼寶貝，在收到古樂獸的願望趕來的數碼寶貝，因為降落的時候墜到地面第一眼看到健太，就成為了健太的搭檔數碼寶貝，也是劇中所有馴獸師中唯一一隻不用進化就是究極體的數碼寶貝，面對帝厲魔入侵人類世界的時候，健太和海天使獸也一起站出來戰鬥。
小愛&阿真和小妖獸
小愛和阿真是人類世界中的一對雙胞胎小孩，年紀尚小的他們懵懂無知，還曾一度將小妖獸作為玩具爭搶而導致小妖獸出走，儘管如此，他們的純真無邪和對小妖獸的鼓勵還是成為小妖獸在人類世界最為重要的一部分。
小妖獸，一隻流落在人類世界的成長期數碼寶貝，在整部作品中出場不少，它本性善良但是因為受到過太多的欺壓而一直渴望著自己能夠變強。在數碼寶貝世界出賣了自己的靈魂接收了朱雀獸的力量進化為究極體的墮天地獄獸，殺害了樹莉的獅子獸。但是在最後與帝厲魔的決鬥中，從小愛和阿真那裡獲得黑色羽翼和陽離子炮，進化為爆裂形態。劇中退化為小妖獸的他正式成為了小愛阿真的數碼寶貝，也為殺害獅子獸向樹莉道歉並獲得了原諒。