按照灰原哀的腦補，一旦黑衣組織發現工藤新一還活著，應該會立刻出動調查工藤新一相關的一切，他們很快就會發現工藤新一變成了江戶川柯南，然後工藤新一和江戶川柯南身邊的人都會被滅口。所以，工藤新一出現在清水舞臺的新聞被瘋傳後，江戶川柯南身邊應該接連遇到黑衣組織相關的事件才對，可是，實際上江戶川柯南身邊全是赤井秀一家相關的事件。
赤井秀一的母親赤井瑪麗身體縮小成了初中生，急需恢復原貌的解藥，赤井秀一的妹妹世良真純發現江戶川柯南的時候，就想到他其實是工藤新一，是因為和瑪麗吃了同樣的藥身體才會縮小。
在清水舞臺，世良真純見過工藤新一就有些急了，她堅信江戶川柯南手裡有解藥才能變回工藤新一。世良真純在江戶川柯南那裡問不出什麼，就轉去糾纏灰原哀，多虧了赤井秀一出面解圍，世良真純才離開。
江戶川柯南好不容易送走了世良真純，不知道她下次又從哪裡突然跑出來問解藥的事，《名偵探柯南》漫畫版第1039-1042話，江戶川柯南和服部平次共同偵破的一起案件又與羽田浩司有關。
羽田浩司在十七年前遇害身亡，是赤井秀一的弟弟羽田秀吉的義兄，赤井秀一和羽田秀吉至今都在追查羽田浩司死亡的真相。
江戶川柯南和服部平次經手的案件中，受害人的母親就是當年羽田家的女傭。
該來的黑衣組織就派來一個波本，還不是真黑衣組織成員，只是公安派進黑衣組織的臥底，赤井家相關的人卻層出不窮，江戶川柯南對赤井家的事都應接不暇了，迎戰黑衣組織的事完全沒個進展。
這可能還是託了波本的福，工藤新一出現在清水舞臺的新聞沒過幾天，朗姆就讓波本去調查工藤新一，結果波本進了工藤新一家，遇到赤井秀一和工藤夫婦，四個人密謀了一番，江戶川柯南身邊就沒什麼黑衣組織的事了。
赤井家的事其實都與黑衣組織有關，赤井秀一的父親赤井務武就是在調查黑衣組織之後才失蹤的，赤井瑪麗也是吃黑衣組織的藥才縮小的，羽田浩司死時留下的信息就是黑衣組織BOSS的名字。
看來沒等黑衣組織找到江戶川柯南，江戶川柯南就先從赤井家開始摸到黑衣組織的要害了。