在神奇寶貝中，存在著一種特殊的進化，mega進化(超級進化)。它可以短暫的釋放神奇寶貝隱藏的力量，從而獲得強大的能力。即使是原本普通的精靈，也可以暫時匹敵普通一級神獸。
目前有46隻神奇寶貝能夠進行mega進化，其中存在著能夠進行mega進化的一級神獸，即使是神奇寶貝世界中最強大的創世神，在能mega進化的神獸面前也只能出於下風。
1.超夢
超夢能進行兩種mega進化，分別是物理特化的超級超夢X(額外增加格鬥屬性，與特攻特化的超級超夢Y，超級超夢和超級裂空兩隻是種族值最高的神奇寶貝。
超級超夢X有著全神奇寶貝最高的攻擊種族值(但攻擊力不是最高的，最高的是mega大嘴娃)可惜的是，空有高攻擊力，超級超夢X唯一大威力的格鬥系物理招式卻是不怎麼好用的真氣拳。
超級超夢Y則有全神奇寶貝最高的特殊攻擊種族值，而且還能使用精神擊破這種用特殊攻擊給對方造成物理傷害的大威力技能。
2.原始回歸固拉多
固拉多是是創造土地，擴大陸地面積的神奇寶貝，憑藉高溫來使水分蒸發。特點是不會飛。
原始回歸的固拉多是固拉多的超級進化，特性終結之地會帶來天氣大日照，除非原始固拉多離場，否則無法被更改為其他天氣(超級裂空座的德爾塔氣流或者原始回歸蓋歐卡的原始之海除外)
3.原始回歸蓋歐卡
蓋歐卡是通過瓢潑大雨以及海嘯來擴大海洋面積的神奇寶貝，與固拉多是死對頭。與固拉多不同，它會飛。
原始回歸蓋歐卡是蓋歐卡的超級進化，特性原始之海會帶來大雨，不會被除德爾塔氣流或者終結之地之外的特性改變。
4.超級裂空座
裂空座是居住臭氧層中的神奇寶貝，創世神阿爾宙斯與奈克洛茲瑪都無可奈何的隕石，對於它來說就是零食。(好吧，其實只是因為發現得早，隕石沒獲得勢能)
裂空座的超級進化和其他神奇寶貝不同，它體內有著名為天皇器官的特殊器官。通過吞噬隕石在天皇器官中儲存能量，在通過技能畫龍點睛與鑰石產生共鳴，將能量釋放出來，從而進行超級進化。
裂空座的特性德爾塔氣流可以讓所有對飛行系弱點消失，從而使裂空座為所欲為。
以上的4隻神奇寶貝在mega之後屬性全部都超越了創世神阿爾宙斯，不過阿爾宙斯還只是最基礎的狀態，說不定哪天mega之後，全屬性999也說不定。