在高中及以下的課本中，歐洲中世紀長久地保持著「黑暗時代」的形象，就算有稍許澄清，也少不了對「黑暗教會」的控訴。其中最令人髮指並讓我們幼小的心靈最為刻骨銘心的則是為科學殉道的布魯諾。在作文素材中這一經典事例頗有市場，在大眾心中，布魯諾早已成為捍衛真理、殉道科學的符號人物。然而隨著我們對中世紀的認知不斷加深，布魯諾的真實形象逐漸明晰起來。布魯諾之死，真的是教會為維護權威而打擊科學的迫害嗎？換而言之，他真的是捍衛科學的殉道者嗎？揭開這段歷史的真相後，我們才會發現，布魯諾之死背後並非是我們看到的科學與宗教的交鋒，而是宗教與宗教的較量。
一、教科書中的「黑暗時代」：歐洲中世紀
從14世紀開始，化復興時期的文化精英們充滿敵意地用「黑暗時代」來稱謂中世紀，此後18世紀這一固化印象又被啟蒙運動發揚光大。雖然現在中世紀的形象已經改觀，學者儘量以客觀的眼光看待它，但「黑暗時代」這個標籤顯然已經成為它的深刻烙印，並長久地作為一個不需要解說的心領神會詞彙。
具有戲劇性意味的是,「黑暗時代」為早期基督徒所首創,意指耶穌降生之前的人類時代，相似於「天不生仲尼,萬古如黑夜」的意味。但這些基督徒萬萬沒有想到，千餘年之後，這個詞又被人文主義用來形容基督教取得統治地位的中世紀。
每一位頗具影響力的名人所發出的擲地有聲的抨擊，都在中世紀本身說不上光明的底色上，再加上濃墨重彩的一筆。同時，又有很多深入人心的典型惡行，正好能夠證明這些論斷。比如口口相傳而來的喬爾丹諾·布魯諾一直以來都被劃在了科學的陣營裡,他的事例常常被拿來抨擊一下宗教的愚昧以及為此做出的慘絕人寰有害科學的惡行。布魯諾堅持了哥白尼日心說,是被宗教裁判所燒死的,這難道還不能說明布魯諾、代表科學的哥白尼日心說和代表宗教的宗教裁判所之間的關係嗎?依照傳統的觀點看,「落後」的宗教勢力壓制了科學的真理，而布魯諾作為科學的先行者，成了這場鬥爭的犧牲品。基於這樣的推理過程，很容易升華到一個推論——科學是進步的,燒死布魯諾這個捍衛科學真理的英雄的罪魁禍首是阻礙科學的，這個兇手是宗教裁判所,而宗教裁判所背後的真正勢力宗教阻礙了科學的發展。
以上的邏輯根植於大眾的認識中，黑暗教會鉗制科學發展的結論仿佛毋庸置疑。但在還原歷史背景後，這些孤立的事實並非按我們的主觀臆斷串聯起來，可以看到，我們往往對歷史事實的矛盾衝突印象深刻，然而這並非真實的全貌，斷章取義式的例證更具說服力，但經不起推敲，甚至夾雜著誇張化、妖魔化的成分在內。
二 、近代科學產生的玄奧推手——赫爾墨斯傳統
近代科學的產生是一個非常複雜的社會文化現象,以往被忽略一些社會文化因素（如法術、鍊金術、佔星術）在近代科學產生過程中也起到過不容忽視的影響。而往往存在為了推崇科學而曲解其他文化現象的情況。
赫爾墨斯傳統是古希臘哲學與古埃及、東方希伯萊、波斯等宗教文化因素融合的一種神秘主義法術傳統。其目的是要在神秘力量的指引下得到一種由神賜予的對宇宙永恆性問題的答案。赫爾墨斯主義受到了文藝復興時期的人們的廣泛關注，很多人都以復興這一傳統為己任，對其加以信奉與膜拜，赫爾墨斯法術傳統的世界觀最先由費奇諾、皮科、阿格裡帕等人解釋,接著到了布魯諾那裡,又以哥白尼日心說為載體得以進一步體現。
三、布魯諾與赫爾墨斯傳統——科學家的另類形象：法術師
赫爾墨斯傳統這樣一個概念對我們來說神乎其神，（實際上它確實很玄），最重要的這樣的要素看起來和科學家布魯諾的形象風馬牛不相及，但事實上史學研究中發現了布魯諾與赫爾墨斯傳統千絲萬縷的羈絆。
首先，最重要的證據是布魯諾學到的「記憶術」。布魯諾出版的記憶學著作《理念之蔭》和《喀爾刻之歌》，遠遠偏離了助記目的，更具神棍性質。布魯諾以動物的形象寄託著期待法王率領人們衝破現行基督教帶來的狹隘專制的宗教環境,迎來光明自由的宗教寬容的氛圍。如在布魯諾引用的助記圖像中，出現了土星上長著雄鹿頭顱的男子，手臂上落著正在吞噬毒蛇的貓頭鷹。——單純要記住這些助記圖像難度都非常之大，其本意大概不是服務於幫助記憶的。他出版的《三十個印章的解釋》和《印章的標誌》，進一步將記憶術看作是法術師的主要工具。布魯諾對古埃及宗教的崇拜,通過記憶術這種內在個人化的赫爾墨斯式神秘主義的宗教體驗得以實現。
其次，哥白尼日心說為他提供了突破口。哥白尼日心說延續了古埃及的太陽崇拜傳統，布魯諾注意到了哥白尼學說與赫爾墨斯傳統之間的緊密聯繫。對布魯諾而言，日心說有著更深層的哲學和法術宗教上的意味。布魯諾堅持日心說，是要將哥白尼的科學工作復歸到赫爾墨斯法術傳統中去。他將日心說解釋為一種神性的象形文字，是古埃及法術宗教復興的標誌。布魯諾堅信：通過天上世界的改造可以改變地下世界。太陽的神聖之光居於宇宙中心，光耀萬物、驅散黑暗、迎來光明，與之相應的，地下世界中古埃及法術宗教將取代現行黑暗愚昧的宗教，實現復興。
布魯諾又進一步發展出了「無限宇宙中無數個世界」（平行世界）的學說認為，宇宙無論在空間和時間上都是無限的。地球不是宇宙的中心，太陽也不是宇宙的中心，整個宇宙根本就沒有中心和界限。宇宙中有無數的太陽，而圍繞它們運行的是無數行星。布魯諾的宇宙無限理論進一步擴展到哲學層面就是「太一」，他又通過「太一」的概念，進一步闡發了「法術師可以依靠萬物間神秘的感應力來認識整個自然」的觀點。
四、布魯諾之死——為基督教所不容的身份是宗教「神棍」而非科學家
布魯諾絕對屬於基督教的異端。他把聖靈視作宇宙靈魂, 正是這一根本的神學原因使他的古埃及赫爾墨斯法術宗教成了一種實實在在不同於基督教的宗教。在對十字架的看法上,他一向認為是古埃及法術宗教的神聖標誌,它被基督教徒從古埃及人手中偷走了，而基督教的盜用削弱了、甚至改變了十字架本應具有的法術力量。他大膽違反基督教對法術的種種禁忌,甚至還千方百計地尋找各種法術。他反對教皇、僧侶、反對敬拜偶像,率性而為,對他們極盡冷嘲熱諷。他去過異端的國家,與異端有過親密接觸等等,而這些都是宗教裁判所百般忌諱的,就憑上述的種種罪狀就足以定他神學異端的罪行,處死他也不足為奇。
研究科學思想史的柯瓦雷在《從封閉世界倒無限宇宙》中也曾指出
「布魯諾的世界觀是活力論的、法術的…從任何意義上說,布魯諾的思想都不是現代意義上的」、「布魯諾的世界充滿著活力和魔力,他的行星,像柏拉圖或帕特瑞茨的行星一樣,是個有活力的存在物」。
當然，也不是說教會燒得好燒得對，而是在這一事件中我們固化的「正義感」並不佔那麼大比重。總體看來，布魯諾與「黑暗教會」犯衝，矛盾點主要在於其「神棍」的一面而非「科學家」的一面,歷史中的布魯諾更傾向於符合當時歷史與境下的法術師形象,他的思想、命運都圍繞著赫爾墨斯法術傳統而展開。布魯諾是一位具有強烈宗教改革傾向的激進的赫爾墨斯法術傳統的追隨者,是古埃及法術宗教的信仰者，是「太陽神」之子。
五、結語：布魯諾之死是兩種宗教間的交鋒結果
文藝復興時期的科學與宗教問題並不像傳統的理解那樣簡單,在他們之間還摻雜著更為古老的法術傳統,這三者又與其他社會文化因素交織在一起、相互影響滲透,共同構成了社會文化歷史。在這樣複雜的境地下,任何一種對當時發生的歷史事件的簡單化、片面化的理解都是有失偏頗的。文史不分家的大環境下，很多文學作品對歷史事件的春秋筆法，也使本身已經過「臉譜化」的形象更加走向極端。
布魯諾形象的傳統解讀在公眾所能接觸到的各種形式的大眾傳播領域裡,仍然佔據著主流話語的地位。這種對布魯諾的傳統的解讀很容易會讓公眾們誤解科學與宗教之間僅僅存在著尖銳的對立衝突，即很容易讓人們形成思維定勢,認為科學是進步的、追求真理的,而宗教則是愚昧迷信、反動的。
科學與宗教的關係問題是科學史和宗教史長期關注的一個焦點問題。在不同時期、不同的歷史條件下形成了不同的觀點和學說，很常見的即為「衝突說」，這也是布魯諾事件的一般性邏輯。持這種觀點的人認為科學與宗教之間是對立關係、衝突關係，它們在本質上不具有相容性，而科學發展的歷史就是科學不斷對宗教發起挑戰並戰勝宗教的歷史。
「衝突說」所預言的科學取勝並未真的出現，而且也不能解釋為什麼有的時候宗教和科學能夠和諧共存等問題。因而「共存說」更合理一些，這一派認為科學與宗教是兩種文化現象，是人類把握世界的兩種不同的基本方式，它們都有各自的「世界圖景」，二者並行不悖。不管是在科學的小有成就面前沾沾自喜，還是在宗教無垠的精神世界裡虛懷若谷，都是涇渭分明的兩種選擇，沒有必要讓它們一較高下。科學揭示的是一種非人格的人與自然的關係，而宗教體現的則是一種具有人格的人與神的關係。至於歷史上發生的科學與宗教之間的衝突，不少都只能定性為「一種宗教信仰」與「一種科學觀念」之間的交鋒。
當然，宗教有時也會有阻礙科學發展的一面，尤其是並非代表宗教而是摻雜了多種因素的教會應受到譴責。但在這一事件中，布魯諾的宗教立場更為顯著，當宗教與宗教抗衡，才更有底氣一些。以科學的名義去攻擊宗教的小氣狹隘，就缺乏說服力了。
因此，我們要跳出將科學與宗教對立起來的狹隘觀，並基於全面的事實加以評判。一個超然、客觀、全面的立場並不容易做到，但歷史學家們必須時刻謹記，自身的使命是描述者、解釋者，而非引導者、煽動者，更做不了正義的法官。