公元10世紀初期，佛教在西藏再度復興起來。復興的佛教以密教為宗，並在與苯教長期鬥爭與融合中，吸收了不少苯教的色彩。
在這段時期中，由於佛教的修行方式與傳承系統各自不同，形成了許多教派。在長江流域的藏傳佛教地區，這些教派都有存在。
寧瑪派是西藏各教派中歷史最久遠的。由於該派僧人都戴紅帽，所以又稱為「紅教」。寧瑪有兩個意思，一是古，二是舊。該派認為他們的教法是公元8世紀，也就是在藏傳佛教的前弘期，由蓮花生傳下來的。
與在後弘期由印度再次傳入佛教典籍而形成的其他教派相比，寧瑪派強調他們傳承的是更古老的舊派的密教思想。不過也因為古老，寧瑪派的學說吸收了較多苯教內容。
他們的佛經一部分是源自前弘期傳承下來的，還有一部分是「伏藏」,就是挖掘出來的埋藏地下的古經。他們認為在前弘期，蓮花生等人將很多經藏埋藏於地下，躲過了滅佛而保存下來了。
但寧瑪派在前弘期是鬆散的家族式的傳承，沒有固定的組織和寺院，公元11世紀因為素爾家族的父子相承的三代人的努力，才正式成為一個教派。
素爾家族的這三個人也被稱為三素爾。第一個是素爾波且(公元1002-1062年),其名字意為「大素爾」,他為寧瑪派建立了烏巴壟寺。
第二個是素爾窮喜饒扎巴(公元10141074年),又稱甲臥巴，也稱拉傑欽波(意為大醫師)。他本是一個行乞僧人的兒子，後被素爾波且收為養子，繼承了烏巴壟寺寺主的職務。
第三個是濯浦巴.釋迦僧格(公元1074-1134年),有時也稱為拉傑欽波濯浦巴，是喜饒扎巴的兒子，建立了濯浦寺。三素爾整理寧瑪派的經典，修建寺院，建立宗教組織，使寧瑪派正式成為一個藏傳佛教派別。
此外，絨卻吉桑波、隆欽饒降巴等人也對寧瑪派有重大貢獻，翻譯、修訂了寧瑪派的密法經典。到17世紀五世達賴時期，格魯派(黃教)對寧瑪派給予了很大扶持，使寧瑪派得到很大發展。
寧瑪派的寺院數量很多，僅次於黃教格魯派。在長江流域也有寧瑪派寺院。例如位於西藏自治區昌都地區芒康縣宗西鄉境內的吉斯寺，是芒康縣五十二座寺廟中最大的一座寺院。
此院位於西藏自治區昌都地區芒康縣宗西鄉境內的尼果寺，寺中有九層(每層有4米)多高的蓮花生大師的佛像和他的靈塔。