水晶之所以可被用來調整人體失衡的器官和骨骼，乃由於它們和人體各部位有著密切的共鳴關係。而這種共振或共鳴，或許是因為星相學上的關連，也可能是來自水晶本身的 質性和作用所致。總之，透過這種連結，運用相對應與人體各部位的水晶，或直接與身體接觸，將有助於身體的療愈和調整。
水晶與身體的關連
早在好幾千年前，人類即已知曉水晶與人體之間的微妙關連。已有五千年歷史的傳統漢方醫學就記載著以磁鐵礦治療耳疾的處方。以現代水晶治療理論而言，磁鐵礦與人體骨骼具有共振作用，而依據古老中醫的說法，骨骼和耳朵同屬腎臟經派所管轄，據說可以用磁鐵礦來予以刺激活化。
此外，由於黑曜石能鎮定精神、幫助睡眠，而且可以減緩血流速度，達到止血的效果，因此顯得水晶治療法和傳統中醫亦不約而同利用黑曜石來止血和治療失眠。
人類利用晶石來製作內服藥方和外用軟膏，已有數千年歷史。古埃及人文獻中即記載了關於孔雀石、矽孔雀石、黑曜石、玉髓的各種偏方。例如，將研磨成粉的孔雀石和矽孔雀石塗在傷處，具有殺菌和預防感染之效。而這些古老的處方，目前都已得到先打科學的印證。
依循古老傳統，希臘物理學家蓋倫發現黑曜石可以治療頭痛，而羅馬學者普林尼也利用黑曜石來治療血液病症。在中世紀時代，晶石在內科藥典中扮演著極重要的角色，當時許多深受敬重的醫者均大量運用寶石藥方來為病人治病，德國修女希德嘉就是個很好的例子。
許多關於水晶治療的理論，如今已被現代醫學所採納。不過，水晶治療家依然非常重視治療時所選用水晶是否正確，不論是將它放在派輪部位進行治療，或是製成精華藥液服用，抑或浸洗受傷感染的部位。畢竟，把外用的水晶藥方拿來作為內服藥，是可能致命的。
下面是水晶與身體器官的對應關係
眼睛：海藍寶、玉髓、紫龍江、藍碧璽、螢石晶、瑪瑙、貓眼石等；
牙齒：海藍寶、發晶、螢石晶；
腦部：綠碧璽、琥珀、藍碧璽、藍紋瑪瑙；
耳朵：黑曜石、琥珀、粉晶等；
肩部：水晶均可
肌肉組織：磁鐵礦、黃晶等；
肺部：粉紅碧璽、橄欖石、粉晶、琥珀、青金石、綠松石、紅紋石、紅瑪瑙、藍碧璽等；
胃部：綠螢石、火瑪瑙、綠柱石；
腸子：橄欖石、綠螢石；
盲腸：橄欖石；
手指：捷克隕石、海藍寶、月光石；
骨骼系統：藍銅礦、螢石、紫螢石、紅瑪瑙；
喉部：海藍寶、青金石、藍碧璽、琥珀等；
肝臟：海藍寶、紅玉髓、紫龍晶、黃晶等；
胰臟：紅碧璽、看紋瑪瑙等；
脊椎：石榴石、碧璽、綠柱石等；
血液循環系統：紫水晶、玉髓、黑曜石等；
脾臟：琥珀、海藍寶、玉髓、紅色黑曜石等；
手臂：孔雀石、黃玉等；
神經系統/經絡組織：琥珀、青金石、綠碧璽、瑪瑙；
內分泌系統：琥珀、紫水晶、黃碧璽、粉紅碧璽、火瑪瑙；
免疫系統：紫水晶、黑碧璽、青金石、綠松石等；
消化系統：碧璽等；
甲狀腺：海藍寶、藍碧璽、黃水晶；
心臟：瑪瑙、粉晶、紫龍晶、石榴石；
膽囊：紅玉髓、託帕石、黃水晶、虎眼石、玉髓；
腎臟：海藍寶、黑曜石、粉晶、黃水晶、茶晶、琥珀；
女性生殖系統：紅玉髓、月光石、石榴石、琥珀、碧璽、託帕石等；