工藤新一原本是一位頗具名聲的高中生偵探，在目擊黑衣組織的地下交易後，準備追蹤時卻被黑衣人琴酒襲昏，並被灌下代號為「APTX4869」的不明藥物。後來雖然倖免於死，但身體就此縮小為小學時期的模樣。變小後的工藤新一被毛利蘭詢問姓名，情急之下受到《福爾摩斯探案集》的作者「阿瑟·柯南·道爾」和日本偵探小說作家「江戶川亂步」名字的啟發，為自己取名為「江戶川柯南」,
在好友阿笠博士的建議下，寄住在青梅竹馬毛利蘭的父親－蹩腳偵探毛利小五郎家中，繼續秘密從事追查黑暗組織的工作，並私下探尋獲得解藥的管道，希望能夠恢復原來新一的樣貌。
與此同時，柯南憑著自己的推理天份，配合阿笠博士為他發明的道具，幫助毛利小五郎成為出名的大偵探。
故事內容當中穿插許多愛情、友情、犯罪、背叛、復仇等情節。
柯南一個這麼高的智商和這麼強的管理能力的人，一旦他進入黑衣組織內部，一定會超越過幕後大boss，幕後大boss自然會顧及到自己的地位，所以也不會去拉攏柯南，將柯南視為自己的人，其實就是給自己埋下了一顆隱形的炸彈，他們自然不會傻到這樣去做。
boss成立目的是顛覆正義的概念
1.boss內心中不認可現在的正義
通過現在琴酒他們一行人肆無忌憚進行違法交易的行為，就可以看出來他們眼中的正義與我們眼中的正義是不同的，並且他們認為自己所做的事情是這個世界上最合理的事情，因為boss內心當中就不認可我們現在所謂的正義。因為柯南本來就是正義的化身.
boss因為概念不同也不會去拉攏柯南。更想做的事是讓柯南消失在這個世界上，從此以後就會少一個障礙。
2.黑衣組織想掌握世界的統治權
boss想要掌握世界的統治權。而且他們是想要自己的力量去得到統治的權力。並且在這個過程當中也想跟柯南的超高智商進行一個較量，看一下到底是誰會成為最終的贏家，而柯南想做的事情就是歸於這個世界的和平，談的處於勢不兩立的狀態，是一個敵對的狀態。
那位少年用仿佛看穿了一切似的沉著又清澈的眼神，靜靜地，卻又沉重地開始訴說案件的真相。沒錯，就好像那位名軍師——諸葛孔明一樣。
3.柯南的能力勢必會擁有自己的團隊，架空他的權利
現在作為一名小學生，在短短的時間內就能擁有自己的小團隊，而且JC當中的人也特別的尊重他，相比他比毛利小五郎在JC當中的地位更高。這樣的一個人如果進入黑衣組織當中，勢必也會在短時間內就擁有自己的團隊。
這樣的一個人絕對不甘心在組織當中只做一個副手，他一定也是想做最大的領導者，這樣的勢必會架空幕後大老闆的權利，如果是這樣，幕後大boss就會將自己變為傀儡。
被正義感所驅使，不考慮任何後果的追求事實的真相，為不讓任何人受到傷害，自己背負一切。你這種像少年一樣的天真性格，我有著刻骨之深的興趣。但你知道嗎，你這種正義的浩然之氣讓她（指毛利蘭）和我，還有你自己，帶來了這種孤獨與危險，工藤新一。
面對如此強大的柯南，boss都覺得後背發涼，自己躲在暗處，不敢現身，一點沒有大將風度，做事獐頭鼠目。你們認為柯南可以打敗BOSS嗎