在《名偵探柯南》的動畫中，案件的質量在不斷下滑，但是劇情的亮點還是不少的，我們可以看到青山現在幾乎在每個案子後面都有著主線故事，這些主線故事推動著故事的快速進展，1011集的主線故事就遠遠比案件本身好看許多。
一、柯南發現安室透在調查自己
在「黑兔亭」這個案件開始之前，動畫有著一段倒敘，安室透夜晚潛入了工藤新一的家裡，在那裡他碰到了早已等候的赤井秀一，兩個人掏出了槍展開了對峙，這場驚心動魄的對峙的緣由在後面的故事才交代了。
組織的二把手朗姆發了一個信息讓安室透調查工藤新一，安室透在接收到信息之後動畫給了柯南一個特寫，很明顯，此時柯南發現了安室透想要調查自己，所以說這個案件開始時的對峙是因為柯南及時把這個消息告知了赤井秀一，秀一就在家裡以逸待勞等待著安室透的來到。
二、紅方走向合作
黑衣組織目前看來的實力並沒有很強，除了琴酒這個大佬之外其他人不是臥底就是划水，紅方為什麼沒有能夠取勝很大一部分的原因就是紅方各自為戰，而在這個情節中我們還可以看到秀一這次沒有化妝成衝矢昴了，這樣做等於暴露了自己的一大秘密，同時在動畫的最後工藤優作夫婦登場，他們主動和安室透接觸，並且以真面目示人，可以說非常有誠意了，這也意味著相互之間可以走向了合作了，工藤優作這本動漫中目前推理水平巔峰的人也要開始參與和黑衣組織的對決了。
工藤優作的加入使得紅方實力大增，紅方逐漸走向合作使得動漫的對抗愈發激烈，在朗姆真面目揭曉之後很可能就會是紅方和黑髮的一場決戰了。