御三家寶可夢是指各個地區的寶可夢博士贈予新人訓練家的三隻寶可夢，大部分地區都是水屬性、火水屬性和草屬性各一隻。
在第六世代引入【超級進化】之後，也為前幾作的部分御三家寶可夢添加了超級進化設定，能夠超級進化的只有第三世代和第一世代的御三家。
妙蛙花
妙蛙種子16級進化成妙蛙草，妙蛙草32級進化成妙蛙花，分類為種子寶可夢，它的特性是茂盛，隱藏特性是葉綠素。
妙蛙花超級進化後和之前三個形態一樣是草+毒屬性，特性變為厚脂肪，超級進化的妙蛙花會增強雙攻和雙防。
噴火龍
小火龍16級進化成火恐龍，火恐龍36級進化成噴火龍，它的分類是火焰寶可夢，特性為猛火，隱藏特性是太陽之力。
噴火龍和超夢是唯二有兩種超級進化形態的寶可夢，噴火龍X（上圖右）是火+龍屬性，和特性變為硬爪，它擁有更高的攻擊和防禦。
噴火龍Y和普通噴火龍一樣是火+飛行屬性，特性是日照，它擁有更高的特攻和特防。
水箭龜
傑尼龜16級進化成卡咪龜，卡咪龜36級進化成水箭龜，水箭龜分類為甲殼寶可夢，和前面兩個形態的分類不一樣，特性是激流，隱藏特性是雨盤。
水箭龜是第一世代的御三家中唯一所有形態都只有一個屬性的，超級進化後也是只有水屬性，特性變為超級發射器，擁有更高的雙攻和雙防。
蜥蜴王
木守宮16級進化成森林蜥蜴，後者36級進化成蜥蜴王，蜥蜴王分類是密林寶可夢，特性是茂盛，隱藏特性是輕裝。
蜥蜴王超級進化後屬性變成了草+龍屬性，前三個形態都是草屬性，特性為避雷針，超級蜥蜴王的攻擊、特攻和速度提升較大，防禦少量提升。
火焰雞
火稚雞進化成力壯雞再進化成火焰雞，進化等級和蜥蜴王一樣，火焰雞分類為猛火寶可夢，特性是猛火，隱藏特性是加速，除了火稚雞是火屬性，其他形態都是火+格鬥屬性。
超級進化後依然是火+格鬥屬性，特性是加速，擁有更高的攻擊、特攻和速度，防禦和特防少量提升。
巨沼怪
水躍魚16級進化成沼躍魚，沼躍魚36級進化成巨沼怪，它的分類是沼魚寶可夢，特性是激流，隱藏特性是溼氣，除了水躍魚是水屬性其他形態都是水+地面屬性。
超級進化的巨沼怪也是水+地面屬性，特性變成了悠遊自如，巨沼怪超級進化除了HP其他五項數值都有提升，攻擊提升最大。
除了以上六個，第六世代的水屬性御三家甲賀忍蛙也有一種特殊進化，擁有特性【牽絆變身】的甲賀忍蛙能夠變成小智版甲賀忍蛙，提升和超級進化差不多。
小智有第一世代三個御三家和蜥蜴王，可是他一顆超級進化石都沒有_(:з」∠)_也沒有鑰石。