一：野座間製藥公司製造出可怕的病毒amazon，使得城市中出現吃人的怪物Amazons鷹山仁正是研究人員之一，認為自己有很大的罪行，將Amazon細胞植入自己的基因，依靠腰帶變身為假面騎士Amazon Omega，依靠自己的能力消滅所有的Amazons，最後在殺死自己。途中遇見了野座間製藥公司董事長的兒子水澤悠，從小便被植入amazon細胞進行試驗，仁給了悠腰帶，悠成為假面騎士Amazon Omega，幫助鷹山仁和獵捕小隊清理Amazons.
二：在進行Amazons的大範圍剿滅後，Amazon幾乎被驅除，但由於仁在昏迷情況下與妻子七羽進行生殖，使得Amazon細胞與人類細胞進行三次融合產生溶源性病毒細胞，極具傳染性，而病原體就是他的妻子起源和兒子千翼，為此仁不得不踏上追殺妻子與兒子的道路。
千翼被媽媽養大，但最後卻由於病毒爆發將媽媽重傷，最後被實驗室的人撿走，由於千翼有腰帶可以變身為假面騎士Amazon Neo，所以他被留在搜查隊協助獵殺Amazons，但最終由於種種原因病毒徹底爆發，便被父親鷹山仁及水澤悠追殺，三人展開廝殺.
鷹山仁 谷口賢志飾
水澤悠 藤田富飾
千翼 田口翔大飾
在這個劇中反映了社會現實的森森惡意，其實每個人都絕不可能做到真正的為了別人，仁是贖罪，悠是找證明自己存在的理由，驅逐班是想的第一是自己，然後才是所謂的友誼，然而千翼才是一個單純的人或亞馬遜，掙扎，求存，是所有生物的本能。