魔女琪琪作為一名十三歲少女，在一個天朗氣清的日子踏上自己的歷練徵途。作為魔女，每個人都要在十三歲那年離開家，獨自尋找一個屬於自己的城市。琪琪的願望，是找到一個有海的城市。
這個願望很好實現，在經歷了幾天的飛行之後，琪琪就來到了自己的城市。這個城市很大，一眼望不到盡頭。這個城市也很能滿足自己的幻想，周圍環繞著海洋。一切都是自己預想中的樣子，但是初來乍到的琪琪卻沒有感覺到很快樂。因為在這裡，她找不到歸屬感。除了剛剛進入城市時候的那個鼓樓上的爺爺，這個城市的人似乎對魔女並沒有什麼概念。更有甚者，似乎還對她充滿了不善的意味。以為她初入人世不懂的大城市的規則，剛來就被人以亂飛破壞交通秩序為由教訓了一頓。如果不是她跑得快，搞不好她還要拘留或者罰錢。這些也就罷了，關鍵是她根本找不到可以落腳的地方。如果不是因緣巧合之下幫了麵包店的老闆娘一個忙 恐怕她的歷練還沒有開始就要結束了。
作為魔女她又沒有別的技能，唯一能做的大概就是用自己的飛行去送宅急便了。可是創業之初總是有些苦難的，入不敷出的她差點養不起黑貓吉吉。好不容易事業有了起步，她在這個城市也有了熟悉的人脈關係，那個過生日的老奶奶的孫女卻又讓琪琪的內心產生了動搖。她送宅急便是為了更好的幫助互相需要的人進行聯繫，往大了說，她做這些是因為想看到收到包裹與寄包裹的人欣喜的笑容。可是那個過生日的孫女卻不是這樣的。老奶奶為了給孫女準備烤魚忙了一個下午，而孫女在見到烤魚的時候並沒有感到幸福或者感恩，相反，她是一臉的不耐煩的厭惡。這不是琪琪想看到的場景 換句話說不是老奶奶的付出應該得到的態度。
帶著這樣的心情琪琪生了病，連蜻蜓的邀約也來不及去。更要命的是，她先是聽不懂黑貓吉吉的說話，到最後竟然乾脆丟失了魔法。失去了飛行魔法的魔女還能稱之為魔女嗎？她是為了證明自己才離開家，如今夢想沒了魔法也沒了，她就連想回家都成了奢望。
琪琪開始重新練習魔法，可是即便她知道所有練習魔法的訣竅，她卻依然飛不起來。吉吉去跟隔壁的小白貓戀愛了，苦惱的琪琪只能一個人鬱悶。她為什麼會丟失了魔法？或許琪琪本人不知道，但是坐在屏幕前的我們是清除的。因為她丟失了自己的初心，對自己產生了懷疑。一個對自己本身都抱有懷疑的魔女 又怎麼能去要求自己的魔法一如既往的穩固呢？幸好，琪琪還是一個善良的女孩，還是一個把朋友性命看得比自己重要的人，所以在蜻蜓遇險之後，她才能義無反顧地飛上天。在一次次失敗的邊緣不屈的試探，最終找回初心救回朋友，也找回了自己的魔法。