為什麼打這個結局
其實我個人對兄弟會第一印象是很好的，打超變打土匪，但是任務越做下去越發現兄弟會這幫人太暴力，比如Proctor Teagon要主角去徵糧的時候暗示：如果居民拒絕捐糧就用「一切手段」逼迫他們;Kell堅持要求殺掉Virgil，只因為他成了變種人，即便Virgil幫兄弟會找到了進入學院的辦法;只因為鐵路幫助合成人，哪怕同樣敵對學院，也要屠殺鐵路，俘虜都不要直接殺光;最不能忍的還不是殺丹斯，而是所有人除了Haylen外沒人同情他，和他們對話後發現他們對於丹斯之死都是置之死地而後快的感覺。用Preston的話說，就是「這幫傢伙在說話前就直接開槍了。」言下之意，兄弟會對於所有問題都是訴諸暴力，而不是Diplomacy這樣的和平手段。雖然嘴上口口聲聲「為了CommonWealth」，其實兄弟會只是把科技據為己有而幾乎不和平民分享任何科技(輻射3裡昂長老那屆除外)，甚至看不起平民(比如Teagon暗示你用暴力手段徵糧、兄弟會士兵對話中說到的「如果你不是兄弟會的一份子，那你什麼都不是」等等)教條主義、工具理性導致兄弟會很難改變這種做法。
所以對於一些朋友無腦屠到底的過關方式我表示遺憾。
和兄弟會不同，雖然平民很害怕合成人，但怕的是學院控制下的合成人，對鐵路卻並不敵視。Preston對鐵路的評價是「聽說他們幫合成人逃脫學院的控制，還真不賴」。不管是學院還是兄弟會，說要把鐵道屠了，那我對這個勢力的好感度就瞬間——啪!落地了。
但是不管怎樣，屠學院肯定是不能容忍的。對於兒子，沒有什麼父母都不能原諒的錯，而且學院裡還是有不少科學家反對把合成人當機器來使喚的;拋開公共利益不問，學院的生活質量甚至某些方面超過了戰前的水準，哪怕只是為自己將來的生活考慮，也不可能把學院炸了，何況學院馬上就是自己的天下了。如果按照下面特定的步驟做，甚至可以把學院裡公開反對你的幾個人解除權力，並且獲得剩下幾個主要領導的支持。
這個結局怎麼打出來：
開局正常入民兵、兄弟會同時也做掉tradecraft任務加入鐵路成為鐵路特工，一系列主線支線劇情後信號攔截器給兄弟會做，到這裡基本上大家都知道。接下來記得按照約定，和學院有關的情報都先和鐵路共享，包括破解磁帶掃過學院終端後，先給鐵路，再給兄弟會。
繼續推進兄弟會和學院的主線劇情，同時暗地裡給鐵路提供情報。幫兄弟會找到核彈之後被告知丹斯是合成人，要求主角處決他，保住丹斯後回飛艇被要求屠殺鐵路，而且主角不能拒絕這個任務。回去鐵路總部後不動手PAM也會預知你的目的，會拒絕和主角談話，這時調用控制臺resetquest bos302b可以取消屠滅鐵路的任務，PAM就可以正常交接任務了。如果要阻止兄弟會滅絕人性的屠殺，主角就得和兒子站一邊，傳送到MassFusion大樓，把鈹震蕩器給兒子;接著推進學院主線，主角第一次主持學院部門主任會議後，輸入startquest instm02,Ayo博士就會讓你調查學院內鬼，如果一直跟進鐵路線任務，主角當然知道這個人多半就是機械部主任的兒子Liam對吧?跟著線索走就會確認。
這時選擇幫Liam倒打一耙，去Ayo家把他的個人電腦的防火牆關了，然後Liam就會黑進去改數據，弄得好像是Ayo為了擴大個人權力故意放走合成人，然後Ayo就被放逐出學院了，至此公開反對你當學院老大的兩個大佬，勞倫斯和Ayo就被廢掉了。開完會合成人Z1會告訴你兄弟會正準備清剿鐵路總部，同時兒子也要求你幹掉鐵路。這時趕緊傳送回鐵路總部，警告desdemona學院和兄弟會正要來消滅鐵路，剛說完兄弟會就會衝進來，一路幹掉兄弟會入侵者，撤到大教堂，desdemona覺得兄弟會第二波攻勢將會無法抵擋，就讓你、迪恩和Tinker Tom去襲擊劍橋警察局，劫持一架飛鳥潛入並炸毀飛艇。炸掉飛艇並成功逃脫後desdemona很驚訝居然成功了，而且主角三個人都活著，她就會讓主角告知學院的合成人準備起義，這時候找藉口推遲這個任務，然後在控制臺輸入resetquest mq302rr取消掉這個任務，並輸入setstage inst306 30這樣就不必屠滅鐵路了。然後回學院，尚恩已經是彌留之際了，告訴他兄弟會和鐵路都不再是威脅，他就信了，然後結局動畫之後，主角成為學院領導人。輸入completequest mq302rr 這時再回鐵路總部，desdemona就會說我們有足夠的人手重建家園，而不會再要求主角剿滅學院了。
如果你屠滅了鐵路，偵探NICK和記者Piper等一些朋友一看到你就會破口大罵。用上述方法通關，他們就不會罵了。不過依然把學院當作一個威脅來看待。