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閱讀方法
首先要養成連接概念與經驗的閱讀習慣。讀書必定要首先掌握作者的中心論點（當然有許多沒有形成中心概念的著作，甚或主要是經驗信息堆積類的著作，有的價值不大，但有的是十分珍貴的參考書。我這裡關心的不是參考書的編撰，而是學術專著的寫作），而為了精確地掌握一本書，也是為了鍛鍊自己概括能力與養成連接經驗與概念的思維習慣，我特別強調讀書筆記要總結作者對自己中心論點的主要經驗支撐證據，並同時照顧到中心論點次一級的闡發性概念及其經驗根據。最後要回答這樣一個問題：作者把你說服了沒有？為什麼？（更有進者，如果由你來寫這本書，你會做怎樣的修改？）這樣的讀書習慣也是為自己做學術研究，寫學術專著的一種鍛鍊。能夠清楚掌握好的專著的設計和結構，才有可能自己撰寫優秀的學術著作。
這樣的讀書習慣另外有一個很實用的考慮，就是為了積累自己將來研究和教學的可用材料。根據我自己的經驗，我們看書之後，在個把星期到幾個月之中，對一本書的記憶是比較清晰完整的，之後便逐漸模糊，幾年之後便幾乎不可能在腦袋裡作詳細的找回檢索。因此，我們要在記憶清晰的時候，精確地總結這本書以備將來之用。而這樣的總結，不是被動的摘抄，而是積極的消化，迫使自己在記憶最完整的時候，按照上述的方法精確地掌握這本書並對之進行系統思考。那樣，將來可以隨時找回檢索使用。我自己要到30歲之後才清楚了解到自己的記憶（或僅僅把書排列在書架上）的不可依靠，開始積累筆記。有不少在研究院時候讀過的書，後來都得回去重看。
理論學習
前人有眾多的理論著作，對我們來說是有用的資源。我自己提倡的途徑是要掌握主要不同流派的理論，作為入門途徑。閱讀時要求與之對話，而不是簡單的死學。而對話、決定取捨的最好方法，乃是看它對組織、解釋自己掌握的經驗材料有用沒用。
學習理論的目的不是尋求或掌握全能性的真理，而是提出問題，較高的一個境界是在理論和實際脫節點上，或不同流派理論的交鋒點上，提出問題，試圖超越現存視野。另一用途是通過與現存理論的對話來澄清、推進自己的分析概念。這樣，理論更多的是工具或對手，而不是答案。
另一個有用辦法是：區別經典理論與庸俗理論；前者較少，後者俯拾皆是。前者一般視野比較寬闊，提出的概念更清晰並強有力，後者則比較模糊繁雜，除非和自己的研究課題有直接聯繫，一般用途不大。這種庸俗模式的大量存在本身便是西方形式主義傾向的一個例證：今日美國一般的社會學、政治學系，對學生們要求的是首先建立所謂「理論」或模式，然後才做經驗研究，這種認識方法的結果之一是模式堆積如山，絕大多數十分庸俗。而與這樣的模式「對話」，雖然可能會起點公關作用，但對推進和提高自己的分析概念不會有太大幫助。最後一種可行的理論學習方法是：先在某一種流派之中，深入浸淫一段時間，作為入門方法，鍛鍊自己概括和連接概念的能力，然後進而學習其他流派。國內許多年長一點的學生，已經接觸過馬克思主義理論，可惜的是其教學方法，大多是當教條死背，而不是活學活用地用來提出問題。但也有少數的學生，還是能夠從其中得到概括能力的鍛鍊，這是寶貴的資源，可以當作學習其他流派理論的基本功。
寫讀書報告
學術著作都應帶有一個中心論點，而閱讀那樣的著作，首先是要掌握其中心論點，用自己的話（一段，甚或是一句話）表達出來。然後，用三、四段總結其主要的次級論點，同時總結其經驗證據。總結的時候，關鍵在於不要摘抄，要用自己的話，因為那樣才會消化，使它變成自己的東西。一個可行的閱讀次序是先看首尾，掌握其中心論點之後才逐章閱讀，每章看完之後用自己的話總結。最後要回答這樣一個問題：作者把你說服了沒有，為什麼？（甚或更進一步：如果由你來寫這本書，你會做怎樣的修改？）至於比較純理論性的著作，我們要問：它對了解中國的實際或你自己的研究課題有什麼用？這樣的看書寫筆記方法乃是一種思維上的鍛鍊，也是養成自己的思考、寫作習慣的辦法。關鍵在養成看後就寫系統筆記的習慣，不可依賴自己的記憶，因為幾個月（最多一兩年）之後肯定會變得模糊不清。筆記最好既不要太簡短也不要太詳細，應在一、兩千字的範圍之內。這樣長年積累，隨時可供將來的研究和教學之用。
研究寫作
我這裡要強調的是，設計論文首先應要求自己能在經驗層面作出前人所未做的貢獻，因為作為一個青年學者，思想上多未完全成熟，若能老老實實做經驗研究，最起碼可以在哪個層面上做出新的貢獻。但這不是說要只作經驗信息的簡單堆積，因為那樣無從區別重要和不重要的信息。優秀的學術貢獻需要帶有明確的問題，經驗證據的目的是用來解決重要的問題，而問題的建立要靠經驗與理論的連通使用，不可只靠單一方面。最理想的狀況是通過新鮮的經驗證據來提煉新鮮的概念，用以解決重要的理論問題。而所謂理論問題，上面已經提到，既可以是不同流派理論的交鋒點，也可以是理論與實際的脫節點。另外，最好是自己特別關心的問題，因為那樣才會有驅動力，使自己作出長時期的持續投入。
這裡應該說明，尋找自己最想做而又是最能做的題目常常是一個曲折的過程。我當年便因導師的影響而選擇了思想史的題目，並試圖為導師而挑戰當時佔美國首席位置的Joseph R. Levenson。後來才發現，自己無論在感情上還是能力上，都更傾向於關注普通人民，而又比較喜歡解答有關人們實際生活的問題，更合適做經濟史、社會史和法律史。但清楚認識這一點的時候已經近乎不惑之年了。基於以上的經驗，我自己一貫避免指定學生做某個題目，因為我認為這幾乎等於是在替他們找對象。做學問是個長時期的磨練，十分必要找到自己真正願意一生與之作伴的主題，但國內由導師包辦的做法仍然比較普遍，亟需改革。
在經驗證據上提煉新鮮概念
上面已經提到，一個好的方法是從經驗證據與現存理論的脫節點出發，與現存理論，尤其是經典性的著作，對話來澄清、推進自己的概念。最好是跨越不同流派的理論，因為同一流派中的論證，多隻關乎次級問題，而不同流派的交鋒點，常常是最為基本和關鍵的問題。有的同學可能會覺得掌握單一流派的理論已經不容易，要求同時與不同流派對話，可能是過分苛求。但實際上，只掌握單一流派，常常會陷於不自覺地完全接受其預設前提，久而久之，甚至會以為是天經地義，無可置疑的「真理」，因此陷入由意識形態主宰的研究。而且，通過不同流派之間的爭議，可以更清晰深入地同時掌握不同概念，並把自己的認識和問題提高到最基本的層面上。這方面中國的研究生其實具有比美國學生優越的條件。作為處於兩種文化衝擊下的知識分子，中國的研究生更能體會到理論與實際的脫節以及不同理論之間的交鋒。今天中國的研究生，幾乎不可避免地都是「雙重文化人」（見黃宗智《近現代中國和中國研究中的文化雙重性》），和美國一般研究生很不一樣。若能既不迷信普世理論，又不迷信自己的感性認識，這本身就是一個可資學術使用的重要資源。最後是通過嚴謹的經驗研究與高層次的理論問題意識的探討，來回反覆連接，由此才可能建立既是中國的也是現代性的學術，並為全人類建立一個不同於西方現代主義傳統的學術傳統。