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火影中強大的忍者數不勝數，由這些強者組成的組織更是可以對抗一個國家，這些組織的使命或者為保護村子，或者為強者實現目的的工具。今天介紹的是一個大家非常熟悉，同時也可能沒有了解全面的組織：「暗部」。暗部由影直屬，一切行動由影發布任務。組織成員均為村子裡篩選出來的精英忍者，類似於特種部隊。對內主要進行暗中的要員保護，預防敵人入侵。對外負責偵查情報，暗殺等。因其任務性質一般都極其惡劣，成員行動時都帶著隱藏身份的面具，成員相互之間不許了解對方真實身份，行動中均稱呼代號。
一 木葉村·暗部
火之國暗部，又名「暗殺戰術特殊部隊」。由二代火影「千手扉間」所建立，由火影直接指揮。這是當時五大國首個成立的組織，被其他各國的忍村爭相效仿。官方公式書《陣之書》中有完整說明，木葉暗部共有70人左右，等級分別為總隊長，副隊長各一名。三代火影的長子（木葉丸的父親），旗木朔茂（木葉白牙），等都擔任過暗部隊長。每隊下轄4個分隊，每個分隊各17人。有分隊長一名，下轄4個班。每班4人。志村團藏後來成立的「根」，其實就是木葉暗部的一個分隊，成員17人。由團藏帶領。木葉暗部通常黑色緊身衣，外面穿一件白色背帶衫，有時也會穿黑色風衣（分隊長風衣為黃色），帶動物面具，有明顯的辨識度。木葉暗部中有名的忍者較多，比如旗木卡卡西，宇智波鼬，宇智波止水，森乃伊比喜，月光疾風，佐井等。木葉強者比如「三忍」，「波風水門」等均有暗部服役記錄。根部忍者有甲（大和），藥師野乃宇，藥師兜，山中風，油女取根等。根部成員均被團藏種下「舌禍根絕之印」。用來控制部下，防止透露機密。
二 霧忍村·暗部
霧忍村因其地理位置孤懸海外，雖然與其他諸國完全隔絕，前幾屆忍界大戰介入極少。霧忍村又有諸多強大的血繼限界家族，按道理應該有一個強大的暗部。但是五代水影前村子因政治原因實施殘酷統治，迫害血繼限界忍者家族，稱「血霧之村」。村子叛亂不斷，叫得上名號的忍者要不因為不滿村子政策叛村流浪，要不就糾集部下刺殺水影進行政變（比如忍刀七人眾，七人眾基本有暗部服役經歷）。再加上被宇智波帶土對霧忍暗部的屠殺，霧忍暗部精英盡失。在「曉」收集尾獸「六尾」時又被佩恩的通靈獸殺死一部分。可謂是命運多舛。已知的暗部首領代號為「劍」，大家熟悉的成員有桃地再不斬，西瓜山河豚鬼，幹柿鬼鮫等七人眾成員，其他的有青，六尾羽高的師傅等人。霧隱村暗部面具是花紋面具，其他裝束無太大差別。
三 砂隱村·暗部
砂隱村因為地處沙漠中心，經濟和人口受環境限制較大，沒有發展空間。從而導致軍事實力較弱，勉強排在五大忍村末尾。其「木葉崩潰計劃」就是在這種環境下誕生的。村子已經瀕臨崩潰。由此可見在軍事方面的投入極其有限，在加上大力發展傀儡部隊，砂忍的暗部基本名存實亡。大概率有馬基帶領的戰鬥部和千代婆婆帶領的傀儡部隊代替其作用。已知暗部成員只有夜叉丸（我愛羅的舅舅），其任務還是預防我愛羅暴走。砂忍暗部面具為鬼面具，特徵鮮明。
四 巖隱村·暗部 雲隱村·暗部
巖隱村和雲隱村暗部存在感不強，幾乎只是擺設。原著沒有說明誰是暗部成員，其中巖隱村的特別組織「爆破隊」，首領是「狩」。應該算是巖隱村的暗部，迪達拉曾經也是這個組織的一員，至於雲隱村暗部成員原著沒有詳細敘述，其暗部由第二代雷影·艾（前四代雷影都叫「艾」）所成立，主要戰績為曾經綁架過兩代火影夫人，分別是渦旋玖辛奈和日向雛田。均未成功。
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