進化論嚴格意義上來說是演化論的一種，達爾文提出「生物進化」的時候，有人比他還早。此人是拉馬克，學理科的朋友應該都知道他，生物教材上有他的事跡。拉馬克所提出的理論，以用進廢退假說為核心。當時就引起了人們的爭論，動物長時間不使用某個身體部位，它就會退化嗎？
聽起來還真有幾分道理，拉馬克還大膽預言，說一個動物長時間不使用某個身體部位，這個部位在其後代的身上也會漸漸丟失，或者說不長了。這不僅挑戰了神創論，還引起了以達爾文為首的生物學家的質疑，用進廢退假說有幾分可信度？德國有位學者叫威爾曼，他決定用實驗來求證，他做的這個實驗有點殘忍。
簡單來說就是切掉小白鼠的尾巴，然後再讓它們交配。二代小白鼠依然有尾巴，那就繼續切除。一直這樣重複下去，到了第十六代小白鼠，尾巴依然存在。於是威爾曼否定了用進廢退假說，轉而支持達爾文的進化論。
和用進廢退假說一樣，進化論也遭受了猛烈批判，宗教方面給了達爾文巨大的壓力，好在還有赫胥黎這個「鐵桿粉絲」支持他，還幫他和質疑者們辯論。隨著時間的推移，越來越多的科學家選擇支持進化論。
在深入剖析進化論時，他們發現了進化論的致命缺陷：生物體內若存在一種器官，不需要漸進的過程就能出現，那就證明進化論是錯誤的。進化論的核心觀點就是生物進化，每個細胞、組織和器官，都是慢慢進化出來的，不需要進化就能出現，等於是推翻了進化論，事實上達爾文在晚年時也意識到了這個問題。
不過他還有僥倖心理，認為這種情況並不存在。而反對進化論的人，想方設法地尋找能證實進化論存在缺陷的理論。別說，還真給他們找到了。我們知道一臺造價昂貴的機器都是由一些精密的零件構成的，而當裡面的一個核心零件壞掉，整個機器都會停止工作。
機器壞掉了，只因為一個精密零件。而在生物學家的眼裡，人體同樣是一臺機器，擁有「不可簡化的複雜性」。不論是機器還是生物體，都是一個龐大又複雜的系統。機器還有簡化的空間，去除部分零件它還能工作，生物體不一樣，缺少一個「零件」都可能導致整個系統崩潰，所以它有不可簡化的複雜性。
反對者們抓住這一點，對進化論開始了轟炸，他們用的例子是細菌鞭毛。不是所有細菌都有鞭毛的，有鞭毛的細菌就靠著它移動，鞭毛相當於細菌的腿。看上去鞭毛也沒有什麼特殊的地方，它卻恰好符合了「不可簡化的複雜性」的特徵。鞭毛所擁有的全部功能，都是由各種蛋白質協調完成的。
換而言之，鞭毛系統的全部「零件」，理論上應該都是在同一時期出現的。細菌真的能做到嗎？它是做不到的，細菌畢竟只是種較為簡單的生命體，同時進化對它來說難如登天。
進化論的支持者認為，細菌在擁有鞭毛之前，其體內就有了一些蛋白質，進化出鞭毛不過是「順理成章」的事情。雙方展開了激烈的辯論，這個問題持續到今天都沒有解決，也不能證明進化論是錯誤的。說白了，細菌在生物界中並不算什麼，比它複雜的生物多了去了。人類能製造出先進的科技，卻沒辦法製造出一粒米。在生命面前，人類的認知遠遠不夠。