《光環3》：四方會戰，絕地反擊
士官長回到了地球，準備聯手對抗即將來犯的星盟艦隊。此時大部分的精英族已經脫離了星盟，並且開始對抗這個一直以宗教的名義欺騙他們的真相先知。鬼面獸則正式取代了精英，成為了星盟正面戰場上的主力。至此，星盟、精英、人類、蟲族，這四方正式開始了大會戰，決戰的味道越來越濃了。
星盟雖然已經知道地球就是人類的大本營，但這次進攻的目的並不是為了消滅人類，而是為了地球上隱藏著的一個先行者遺蹟。利用這個遺蹟可以打開一個傳送門，而只有穿過傳送門，才能到達可以不用索引器就能遠程控制所有光環的「方舟」。方舟遠離銀河系，光環陣列的啟動將不會對那裡的生命產生影響。
挖掘出來的先行者遺蹟
UNSC和敵人在地球展開了艱苦卓絕的戰鬥，但是卻沒能阻止他們挖掘出遺蹟，並且開啟傳送門。星盟的大部分艦隊都通過傳送門離開了，而此時一艘被洪魔感染的飛船突然出現，並且墜落在了市區裡。士官長和神風烈士只能先解決這艘意外出現的飛船，以免地球受到洪魔的肆虐。
在消滅蟲族之後，士官長在飛船的控制室裡發現了一個科塔娜留下的加密信息。343罪惡火花幫忙修好了留言裝置，發現科塔娜是想讓他們穿過傳送門，到達方舟，阻止光環的啟動。胡德統帥認為地球是人類最後的防線，不能讓大部隊都前往那個未知的地方，這樣太過冒險。最終，只有士官長、米蘭達、詹森等少數人類部隊還有一些精英飛船前去執行這項危險的任務。
穿過傳送門之後，眾人發現了一個花瓣狀的天體，而每一片花瓣都是光環的一小段，那就是方舟的樣子。此刻，已經被蟲族感染的博愛之城也被屍腦獸控制，躍遷到了方舟上，大量的洪魔也進入了這個控制所有光環的聖地。最終的決戰一觸即發。
花瓣狀的方舟
真相先知到了方舟的中控室後發現，啟動光環需要的居然是一個人類的手印——其實這也正是當初三個先知決定對人類發動戰爭的真實原因，因為他們發現自己一直追尋的先行者，居然把人類當成了繼承人，很多先行者的遺蹟人類都可以直接使用，這對於他們的宗教信仰是一個極大的挑戰，也動搖了他們統治的根基，這才決定把人類渲染成瀆神者，決定消滅他們。中控室只有人類才能夠使用，這也是先行者把人類當成是繼承人的證據之一。
這些神秘的先行者在《光環》洪魔三部曲中大多只是被口頭提及，他們的正式登場已經是《光環4》了
但是真相先知不會就此罷休。他俘虜了詹森中士，強迫他打開光環陣列。為了救他，米蘭達•凱斯駕駛一架鵜鶘運兵船直接撞進了中控室。詹森要求米蘭達殺了先知和他自己，阻止光環的啟動。但是太過遲疑的米蘭達被先知搶先一步，慘遭殺害。
作為凱斯艦長和哈爾茜博士的女兒，米蘭達沒能活著從方舟回來，令人扼腕
此刻，正趕往中控室的士官長和神風烈士遭遇到了大量的洪魔。這些洪魔向二人傳達了屍腦獸的意志：消滅真相先知，阻止光環啟動是他們的共同目標，蟲族希望與他們暫時結盟。在洪魔的幫助下，士官長和神風烈士成功突入了中控室，並且後者手刃了那個欺騙自己族人還陷害了自己的先知，報了一箭之仇。
真相先知一死，失去了威脅的洪魔立刻對二人反目。詹森中士乘坐鵜鶘運兵船先行離開了，而士官長和神風烈士則在343罪惡火花的指引下，得知方舟正在重建那個在《光環1》中被毀的環帶，如果能啟動它炸毀方舟和屍腦獸，那麼其他的光環陣列就不會被啟動，蟲族也能夠被消滅。
但是正如其他光環一樣，想要啟動它就必須有一個索引器。士官長記起科塔娜手裡還有最早那個光環索引器的複製，於是決定返回博愛之城，把科塔娜救回來，完成他在《光環2》末尾立下的誓言。
科塔娜終於等來了實現諾言的士官長
在救下科塔娜，取得索引器，並用反物質引擎引爆了博愛之城以後，士官長、神風烈士、詹森和343罪惡火花一起趕往那個新的光環。但是在啟動它之前，罪惡火花突然反水，聲稱這個重建的環帶仍未完成，不能被引爆。執意要啟動它的詹森中士被罪惡火花殺死，士官長和神風烈士也遭到了它的攻擊。在關鍵時刻，士官長忍受著劇痛將罪惡火花擊敗，並成功啟動了光環。
詹森中士陪伴了玩家兩代遊戲，可惜在《光環3》的結尾也不幸犧牲
他和神風烈士及時趕上了一艘UNSC戰艦航向黎明號，打算離開這裡。最終，隨著環帶的啟動，方舟、蟲族，包括蟲族的首領屍腦獸都被消滅了。失去了控制中心的光環進入了關閉的狀態，而因為洪魔特殊的習性，失去了屍腦獸的它們也會逐漸滅亡。宇宙終於從光環和洪魔的陰影裡得到了拯救。
人類在地球上等待著他們的英雄歸來，但回來的卻只有航向黎明號的前半截，走下船艙的也只有神風烈士一人。士官長所在的後半截戰艦沒能成功穿越傳送門，而是留在了茫茫的太空中。
胡德統帥向神風烈士伸出了友誼之手，這兩個原本是死敵的種族終於達成了某種意義上的和解。在胡德統帥身邊的陣亡戰士紀念碑上，有著米蘭達、詹森還有一些死去的UNSC戰士的照片。而在紀念碑的一角，則簡單寫著「斯巴達117」這幾個字，默默訴說著士官長傳奇的一生。
人類和精英歷史性的握手
但，就如同《光環3》開場時科塔娜的獨白那樣，士官長除了身體強壯，智慧過人之外，還有一個別人都沒有的特質——那就是運氣。
鏡頭重新回到了太空，只見剩下的半截航向黎明號還在宇宙中漂流，士官長也並沒有死。只是，他距離人類文明太遠，不知道什麼時候才能和自己的族人相見。
士官長決定進入休眠艙，睡上一個長覺。《光環》的故事從休眠艙中開始，亦從休眠艙中結束，未免有種命運的意味。
在陷入沉睡之前，他輕輕地對一直守候在自己身邊的科塔娜說：
「需要我，就喚醒我。」
而我們都知道，《光環》的故事還遠沒有結束。有朝一日，我們的宇宙需要士官長的再次醒來。
士官長和科塔娜何時才能再見？
（未完待續）
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