地球遭受了6次隕石撞擊，在最後一次隕石撞擊後，人類滅亡了。
人類為了避免滅亡的命運創造了兩臺機器，一臺被後人叫做「浮冰」，一臺叫做「金剛」，浮冰用來發出隕石撞擊的預警，金剛用來給死亡的人超度。
在這個世界中，人類已經知道了人在死亡後靈魂的去處，只要有人心裡有思念，誠心祈禱的話，死人的靈魂會穿越宇宙間的狹縫前往另一個宇宙，那個宇宙是永遠的寧靜。
但是浮冰背叛了，沒有對人類發出預警，於是人類在造出金剛後為了避免金剛背叛而給他下了許多限制。
然後全球的人類全部死亡。
人類死亡後，因為沒有思念他們的人，所以全部無法往生，靈魂都擠在六個月亮上，排隊等著金剛的超度。
為了管理這些靈魂，他們制定了等級制度，那些等級低的靈魂只能慢慢受著煎熬。
在超度了不知道多少時間以後，金剛的系統出了問題，無法再繼續超度了，剩下的靈魂就留在月亮上，成了月人，留金剛自己一臺機器在地球上開始了獨自生活。
在人類滅亡後，分為了三部分：魂、肉、骨。
魂是那些月人，為了前往極樂世界在試圖重啟金剛，肉落在海中，成為了一系列的水生軟體動物，而骨在海底腐朽後慢慢結晶，最終走到了岸上，這就是寶石人。
金剛在發現第一個寶石人後開始繼續尋找雕刻教育這些寶石人，而月人試圖給金剛施加刺激與壓力來迫使他重啟則來掠奪寶石人，月人與寶石人的戰爭打響了。
主角磷葉石，硬度與韌性都極低，在300歲時被金剛委任了編撰博物志的工作，但是他一直想要作為戰鬥人員去和月人戰鬥。
隨著月人的一次來襲，磷葉石被月人扔下來的一隻巨大蝸牛吃掉，並被用來修補被砸壞的甲殼，在寶石人辰砂的提醒下被其他寶石人救出來，同時獲得了可以和蝸牛對話的能力。
隨後磷葉石被蝸牛王蠱惑進入海底探求博物志資料，但是遭到蝸牛王的出賣將他獻給了月人以換回弟弟蝸牛王子，在危機關頭王子醒來團滅了月人，磷葉石也沉入海底。
王子將失去雙腿的磷葉石送回到辰砂身邊，還送給他們自己的殼，金紅石苦於無法尋回磷葉石的雙腿，只好將貝殼與裡面的瑪瑙作為雙腿的材料給磷葉石換上。
磷葉石的腿換成瑪瑙後獲得了移動速度大幅上升的能力，從此他結束了博物志的編撰，加入了戰鬥組，與紫水晶雙子一同行動，但是首戰便大敗而歸，紫水晶雙子被月人的新式武器絞碎，幸虧被及時趕到的圓粒金剛石救下。
轉眼就來到了冬天，寶石人們都要冬眠了，但是磷葉石在換了腿後一直精力充足，所以他沒有冬眠，而是跟著南極石一起出冬天的任務。
在擊碎浮冰任務中，磷葉石被浮冰蠱惑，不小心掉入海水中，在被南極石救上來後，雙臂已經丟失了，南極石在潛入水下尋找磷葉石的雙臂時也被浮冰砸斷了手。
金剛讓南極石與磷葉石去他們出生的地方尋找合適的材料用來接雙臂，但是他們三人都中了月人的陷阱，南極石與磷葉石遇到兩波月人，雖然磷葉石獲得了金鉑合金的手臂，但是依舊無法阻擋南極石被擊碎帶走，而金剛被大量的月人纏住一時無法脫身，沒有及時趕到。
雙手雙腿被替換過後磷葉石不但記憶缺失嚴重，並且性情大變，開始作為主要戰鬥力參與與月人的戰鬥。
在一次月狗小白的襲擊中，磷葉石發現了金剛與月人的緊密聯繫，多次對峙無果後決定調查金剛。
調查了很久後，磷葉石將目光轉到月人身上，他開始想要和月人交流，但是與月人交流困難重重。
在後來的一次行動中，磷葉石被月人從頸部擊斷，整個頭被月人帶走，金紅石、金剛、黑水晶無奈之下給磷葉石接上了青金石的頭。
接上青金石的頭後磷葉石受到了非常大的影響，包括思考方式。在夢中磷葉石與青金石會了一次面，青金石提醒他去尋找「肉」的種族，磷葉石靠著與蝸牛族交流的本事得知了古人類與魂肉骨的歷史，也讓他決定了要直接前往月球。後來在一次月人來襲中，依靠黑水晶的掩護他成功通過月人到達月球。
見到月人的王子後，磷葉石才明白了月人一直想要做的事，所以他決定為了終結這場久遠的戰爭幫助月人。
月人想要重啟金剛，讓金剛再次祈禱把他們送到極樂世界，磷葉石知道這計劃一旦成功那麼寶石人就不用再遭受被月人擄走的命運了。
月人為了刺激金剛，將擄走的寶石人全部都磨成粉撒在六個月亮上，在磷葉石到來後，他們制定了下一步計劃。
磷葉石因為換上了思維敏捷的青金石的頭，他潛回學校，試圖蠱惑其他寶石人跟隨他一起到月球，為了監視，月人王子將磷葉石的一隻眼睛替換成了義眼。
最後鑽石、黃鑽、亞歷山大變石、黑水晶、紫水晶84、藍錐礦、透綠柱石答應與他一起前往月球，順手還帶上了沉睡中的蓮花剛玉。
寶石人此時分為了兩派。
金剛明白磷葉石想做什麼，但是苦於人類設下的限制讓他不能告訴其他寶石人，在一次交談後，金剛透露了自己的身世，他是六方晶鑽石，是人類製造的機器。
在月球上，幾名背叛的寶石人也都知道了人類與魂肉骨的歷史，慢慢地開始適應月人的生活，同時月人社會也因為寶石人的到來開始運轉。
接著背叛的寶石人們策劃了第一次夜襲，但是過程不順利，黃鑽、蓮花剛玉和磷葉石三人去夜襲，卻被突然殺出的辰砂打了個措手不及，最後月人援軍與黑水晶到達，在藍柱石誘惑磷葉石時黑水晶果斷擊碎了磷葉石的頭部，完成了回收。
復原後磷葉石還是想要讓金剛開始祈禱，於是他提出自己獨自去見金剛，但是在到達地面後被趕來的寶石人擊碎，為了避免磷葉石蠱惑其他人，寶石人把磷葉石的碎塊分開保存到不同的地方。
在200多年後，金剛趁著其他人都準備冬眠時想與磷葉石仔細談談，但是在拼到一半時磷葉石變成的怪物突然復活，想要強行讓金剛祈禱，但是被準備冬眠的其他寶石人發覺，在眾多寶石追殺下逃出學校，又被金紅石發現，此時蓮花剛玉突然出現，將自己胸口的人造寶石為誘餌，讓透綠柱石與塞米偷偷搶回磷葉石。
已經發瘋變成怪物的磷葉石帶上所有的兵力大舉進攻地面，月人與寶石人的最後一戰正式打響。
但是這一切都在月人王子的計劃之中，月人的終極計劃是全體前往極樂世界，但是他沒告訴寶石人的事是，一旦現在故障的金剛被啟動後，由人類所分成的魂肉骨會全部滅絕，而金剛不願意啟動的原因也是如此。
在最後一場戰鬥中，鑽石與圓粒金剛石兄弟鬩牆，同歸於盡，亞歷山大變石發狂擊殺了幾乎所有地面上的寶石人，最後所有的寶石人都被擊碎，磷葉石在除掉擋路的翡翠與辰砂後，要求金剛進行祈禱，但遭到金剛的拒絕。
怒不可支的磷葉石擊碎了金剛，在最後的時刻，金剛讓磷葉石戴上自己的眼球。
磷葉石帶上眼球後了解了從古到今的所有歷史，他在殺死金剛後就已經成為了金剛的後繼者。
這也是月人的第二個計劃，讓寶石人成為人類。
磷葉石剛開始就是被他們所選中的，包括讓蝸牛族去吃他，斬斷他的雙腿送他瑪瑙，最後讓他背叛金剛，全部都在月人的計劃中。
此時月人的寶石人轉換裝置也研發成功，以前被磨碎的夥伴們也在工廠裡即將被復原，所有人都開始等待磷葉石的啟動。
所有的寶石人都通過轉換裝置成為了月人，在變成月人的金剛觀察下，磷葉石還需要一萬年的時間來啟動，等於說一萬年後磷葉石就會替換金剛的位置，將月人全部送入極樂世界。
當然也包括他以前的同伴們，現在也都變成了月人。
磷葉石將作為最後一個人類繼續生活下去。