傳說在四千六百多年前的上古時期，黃帝和蚩尤兩個部落大戰於涿鹿，幸得九天玄女娘娘夢中授予神書，黃帝據此打敗了蚩尤，取得了勝利。
之後，黃帝把這本"奇門遁甲"視為至寶，為了長久保存，便讓丞相風后把內容刻在了甲骨上。
當時奇門遁甲可是有四千三百二十局的體量啊，但是風后是位上知天文，下通地理的陰陽行家，在"太極生兩儀，兩儀生四象的啟發"下，他用四個時辰來象徵一年中的四季，將黃帝的一時一局改為四時一局，（其實就是合併同類項）也就把四千三百二十局刪減成了一千零八十局，其中陽遁五百四十局，陰遁五百四十集。這就是奇門遁甲的第一次改革。
到了商朝末年，姜子牙——姜太公在崑崙山學得奇門遁甲術，下山輔佐周武王。姜太公運用星門變化、踏罡步鬥、神門、幻化時空，改死為生等遁甲術推翻了商朝，建立了周朝。在使用過程中，深感繁瑣，和一年的七十二候聯繫起來，將一千零八十局刪減為七十二局。
（知識點註解：五天為一侯，每一侯均有一種物候現象，一年365天就是72侯，與24節氣相對應。）
這就是奇門遁甲經歷的第二次變革。
由於奇門遁甲的神奇和神秘，這門帝王之學基本上不外傳，大多掌握在帝王將相手中，常人很難知曉。
到了秦朝末年，張良偶得奇書，（黃石公授書）日夜研讀，發現奇門遁甲的局數雖多，卻跳不出洛書九宮之數，對奇門遁甲進行改進，將七十二局改為了十八局，制定特定的模型，提高了奇門遁甲的使用性和靈活性。在這十八局中，分為陽九局和陰九局，布局也更加精準。這就是奇門遁甲的第三次變革，也是迄今為止最後一次改革。
憑藉著奇門遁甲術，張良輔佐劉邦推翻秦朝、平定諸侯、打敗項羽，統一了天下。
正如《煙波釣叟賦》中記載的：
一千八十當時制，太公刪成七十二，
逮於漢代張子房，一十八局為精藝。
奇門遁甲自降生以來一共經歷了3次重大變革，才刪減成了現如今更加方便實用的奇門遁甲十八局。
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