數碼寶貝與神奇寶貝進化有本質上的不同。
簡單來說數碼寶貝的進化為網格型，換而言之就是以某個為遠點，每個階段都有多重選擇，並以此類推進化到各個領域的最高級別。
而神奇寶貝為線型，幾乎大多數神奇寶貝的進化路線都被完全固定（雖然有亞種和伊布等特殊情況，但總體依舊如此。）
先說說數碼寶貝
以遊戲中的設定，數碼暴龍世界數碼重組的育成部分為例
數碼獸的育成，必須通過餵食、照顧起居等等數碼獸就會不斷的成長。另外需要注意的是數碼獸是有壽命的，遊戲中經過24小時就會長大一歲，長大後會發生外表也跟著變化的「進化」。進化後的類型由育成過程決定，育成的方法有「訓練」和「教育」等等。
換而言之，數碼寶貝的進化除開動畫裡因特殊道具的輔助原因，基本是是一種很運氣的事情，與數碼寶貝上個階段的遭遇與屬性有直接關係。
然後神奇寶貝
相對於數碼寶貝而言，神奇寶貝的進化就好懂很多。
通常分為條件足夠與經驗值到達閾值即可進化。
雖然在遊戲中也時常會出現需要交換或者使用特定道具才能進化的情況，不過總體還是以經驗值為主。
如今也出現了mega進化這種少說神奇寶貝才有的特殊進化模式，不過其本質就如同加個BUFF一樣的短時間變身技能，其線性進化的本質並沒有發生改變。
總結一下，
數碼寶貝的進化就是網狀、多元、未知與不可控程度高
神奇寶貝的進化就是線性、基數大、進化路線基本確定