先補充一下基本設定，《EVA》中最初發現的兩個使徒被稱為「亞當」和「莉莉絲」，它們誕生於「生命之樹」，是宇宙生命的最高形態。之後發現的所有使徒都是「亞當之子」，唯有人類是「莉莉絲之子」。
使徒們擁有「生命之果」S2機關，可以提供無盡的能量，並保持它們巨大的身軀。而人類沒有S2機關，他們在誕生之初選擇了「智慧之果」，只能以大量的個體形態生存於世上。
EVA機體是亞當的複製品，唯有初號機是莉莉絲的複製品。但他們都是不完全體，既沒有靈魂也沒有S2機關。初號機在啟動實驗中，吸收了碇唯的靈魂，並且在暴走的情況下，受碇唯靈魂的支配。所以在斷電後，初號機反而會變得更強。
在與力天使的戰鬥中，初號機在進入暴走狀態時，吸收了力天使的一部分軀體。在吞噬過程中，獲得了使徒的S2機關。「S2機關」是通向純能量宇宙狄拉克之海的大門，可以源源不斷的提供能量。
同時擁有人類的「智慧之果」和使徒的「生命之果」的初號機，覺醒為完全體，已經成為了接近神的存在。碾壓力天使自然也是輕鬆愉快。
新劇場版與老TV版有些不同之處，初號機在受傷後直接覺醒，省去了吞食的環節。總之大家可以把初號機看做「人造神」，掙脫了人類給它安裝的束縛器之後，就沒有什麼能阻止他們了。