工藤新一無緣無故的消失,思念著新一的小蘭懷疑起新一是否吃了阿笠博士研製的藥變成了柯南,因為柯南的行為舉止太像新一了,這也讓柯南等人察覺到小蘭的懷疑,因此柯南和小哀等人為了解除小蘭的懷疑,讓柯南服下藥變回新一,同時小哀假扮成柯南一起出現,由此打消小蘭的懷疑。
在TV的203集至204集中,由於毛利小五郎家的浴室壞掉了,而澡堂剛好公休,柯南就提議去阿笠博士家洗澡,而毛利小五郎就說小蘭和柯南一起洗,小蘭立刻就激動起來,反駁小五郎,自己為什麼非要跟柯南一起洗澡不可,由此可以看出小蘭已經懷疑了柯南是其實就是新一。
柯南也感覺到小蘭看自己的眼神有點不同,感覺不是年輕女生看小學生一樣,柯南與阿笠博士擔心小蘭是否開始懷疑柯南是新一了。
而後少年偵察隊跟著阿笠博士去露營,在森林中發現鍾石乳洞,在熊孩子的帶領下,柯南被迫跟蹤進去一起冒險,卻鍾石乳洞裡碰上了一群搬運屍體的歹徒。
柯南等人不幸的被歹徒發現,然後柯南被歹徒打中一槍,在主角
光環下,柯南血流不止並且在半天的逃跑的時間仍然沒事,最終在警察到來時候,柯南成為了人質,最後趁著歹徒分心,利用麻醉針麻醉歹徒,安全的獲救了。手錶麻醉針就是牛。
在需要給柯南輸血的時候,小蘭碰巧知道柯南的血型後,直接站了出來說自己與柯南的血型相同接著給柯南輸了血,小蘭其實清楚柯南的血型,這又間接地說明了小蘭可能已經知道柯南就是新一。
經過搶救後,柯南最終沒事了,服部平次的也來看望柯南,也知道小蘭可能知道柯南就是新一,小蘭不說出來是因為想柯南自己的坦白,服部平次又說可能是柯南和阿笠博士多心了,而柯南覺得這樣下去沒辦法,也想著和小蘭坦白身份。
而在TV的205集中,灰原哀在夜裡偷偷地溜進柯南住院的房間裡,拿著假的手槍打出七朵玫瑰花(花語:偷偷愛著你),然後給了柯南三個選擇。
在學校的話劇上,正當黑衣騎士要與小蘭kiss的時候,案件出現了,黑衣騎士將小蘭護在身後,而服部平次打扮成新一的樣子想為柯南解決掉小蘭懷疑的問題,可惜被大家一眼認出來了。
在TV的206集中,在大家認為是這案件不是他殺的時候,化身為黑衣騎士的新一出現了。原來在灰原哀去柯南那晚,灰原哀給了柯南解藥,讓柯南變回新一,而灰原哀自己裝扮成柯南的樣子,為柯南打消小蘭的懷疑。
而新一和柯南的同時出現,打消了小蘭的懷疑,但由於解藥只不過是試驗期,在解決掉案件後,新一出現了明顯的不適。
TV的207集中,柯南變回新一與小蘭過回了短暫正常的高中生活,晚上新一拿著自己爸爸的金卡帶著小蘭去了父母求婚的場所,而小蘭也與新一說一直懷疑柯南就是新一。
新一想向小蘭求婚,但由於害羞與膽怯,加上案件的發生,最終都沒說出來,而
通過服務員的話,小蘭也知道新一是想和她求婚。
在TV的208集中,新一的出現又是一個遺憾的結局。處理完案件的新一的解藥藥效也到了,灰原哀算準時間到來,新一也變回了柯南,小蘭沒有等到新一的回來,而是等等柯南帶來的解釋。心疼新蘭。
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