哈哈，這個問題有意思，六道佩恩的輪迴眼是哪來的？實際上佩恩六道能夠使用輪迴眼的能力來自於長門瞳力映射的結果。六個佩恩沒有輪迴眼，下面具體說明一下。
佩恩六道能夠使用輪迴眼的能力來自於長門，這幾位忍者死亡前並沒有輪迴眼。
在火影的劇情中宇智波斑開啟輪迴眼以後決定死前把自己的輪迴眼移植給長門，以便執行自己未來的計劃。隨後長門經過一段時間的摸索以後逐漸掌握了輪迴眼的特殊能力，瞳力映射正是輪迴眼特殊能力的一種，可以把長門輪迴眼的部分能力分別投射到六道佩恩的不同個體上面。
而佩恩六道這幾位忍者生前是沒有輪迴眼的，死後能夠使用輪迴眼的能力原因來自於長門的能力共享。（說的通俗一點長門的輪迴眼就像是Wifi，而六道佩恩身體上有接受wifi信號的黑棒，就可以使用一部分輪迴眼的能力)至於長門為何能夠精通改造屍體和對於黑棒的運用應該屬於劇情設計需要，岸本並沒有詳細介紹過。
在長門被山椒魚半藏襲擊以後性格大變，由於腿被半藏炸傷行動不便，長門決定利用黑棒製造六個傀儡代替長門的本體行動。六道佩恩的不同角色在接受長門改造之前是沒有輪迴眼的，應該是長門利用黑棒讓六個不同的傀儡接受輪迴眼特殊的查克拉讓其能夠使用輪迴眼的部分能力。
火影中輪迴眼的真正擁有者一共有6位，長門和宇智波帶土都曾經移植過斑的輪迴眼。
在火影忍者中真正獨立擁有輪迴眼的角色只有6位，第一個出現的就是降臨地球準備收取神樹果實的大筒木輝夜，其次是大筒木輝夜的兒子六道仙人，接下來就是融合柱間細胞開啟輪迴眼的宇智波斑。還有第四次忍界大戰後期接受六道仙人力量饋贈開啟輪迴眼的佐助。長門和帶土都曾經移植過斑的輪迴眼。
因此嚴格意義來說不算輪迴眼的真正擁有者。在加上博人傳中出現的大筒木桃式和大筒木浦式，火影中出現的輪迴眼目前一個有六對，但是六道佩恩個體沒有輪迴眼，是長門利用瞳力映射讓六具屍體暫時能夠使用輪迴眼的部分能力。
火影中真正獨立開啟輪迴眼的角色並不多，六道仙人，宇智波斑，宇智波佐助，大筒木輝夜，大筒木桃式和浦式就是出現果的輪迴眼擁有者。
最後總結一下，實際上佩恩六道並沒有輪迴眼，能夠使用輪迴眼的能力原因是長門利用輪迴眼的映射能力，六道佩恩個體死亡前並沒有輪迴眼分析不到位地方請見諒，各位有其他想法歡迎留言討論。