根據上海軌道交通的規劃，市域鐵路也將作為軌道交通的一種形式，因此奉賢區也將有一條新的連接市中心的軌道交通，這就是市域鐵路奉賢線。
對於上海市奉賢區來說，直連市中心、而且能夠換乘多條軌道交通的奉賢線，自然對於發展來說也是非常重要的。市域鐵路奉賢線大體的方向確定，但是存在東線和西線兩種方案選擇。上海市域鐵路奉賢線將連通三林南站：但存在東線和西線兩個方案
下面就是上海市域鐵路地圖（非官方）上面的奉賢線。
從上面的圖中可見，上海市域鐵路奉賢線是一條南北向的通道，從圖中可見，上海市域鐵路奉賢線可能有東西兩個走向：
東走向：一直向南，接入奉賢城區的東部西走向：先向南，再向西轉彎，最後還是向南，接入奉賢城區的金海湖地區上海市域鐵路奉賢線在奉賢城區的走向，大約就是下面的樣子。
圖中的兩條黑線就是上海市域鐵路奉賢線可能的走向，東線方案其實就是比較靠近金匯港，西線的方案則是直接連通奉賢城區的核心——金海湖地區。
按照上海軌道交通系統的總體規劃，市域鐵路奉賢線的西線其實與其他的線路有重疊，這就是上海軌道交通15號線的南延伸方向。
上海軌道交通規劃是一盤棋，作為市域鐵路的奉賢線、作為市區地鐵15號線需要統一規劃，因此市域鐵路奉賢線顯然走東線更加合理：
東線迴避了與上海軌道交通15號線的重疊東線屬於直線，更符合市域鐵路快速的特點
上海市域鐵路奉賢線最大的特點就是接入了三林南站，下面就是機場聯絡線的三林南站附近地圖。
三林南站雖然目前還是在紙上，但未來它可能是三條上海軌道交通的換乘站：機場聯絡線、奉賢線、19號線。
奉賢線從三林南站向南之後，經過黃浦江東岸的地方比較空曠，這部分走向的爭議不大。
在上海軌道交通規劃的總體布局當中，奉賢線是一條重要的南北向幹線，作為市域鐵路，它也將是大站快車的方式，從奉賢城區的角度，市域鐵路奉賢線正是通向上海市中心、並且接入軌道交通換乘站的重要線路。