皇寺所奉祀的瑪哈噶喇金佛怙主
瑪哈噶喇，也叫作寶帳怙主或大黑天，是藏傳佛教殊勝的護法神祇，為三世諸佛的密意化身，也是修持菩提道次第的上士道之怙主。在藏傳佛教中，瑪哈噶喇頗受供養崇祀，因各自緣起，瑪哈噶喇的化現之相也非常多元，最常見的顯現之像有二臂像、四臂像、六臂像。
皇寺再塑瑪哈噶喇金佛怙主造像，重32.25公斤，整體尺寸0.69m*0.41m*0.35m，位列大世界基尼斯之最。瑪哈噶喇金身呈蹲坐的姿態，踏於蓮華日輪之上。瑪哈噶喇金佛像一面三目，呈現忿怒的姿態，鬃發上豎呈火焰的形狀，頭頂戴有骷髏寶冠。神變紅棒橫擔於雙臂，右手持鉞刃，左手持骷髏碗，寓示著堅定無比的智慧，可斷除一切煩惱魔障。腰下徵裙配掛髑髏飾物使金佛更顯神聖威儀。
歷史上的瑪哈噶喇金佛怙主，曾為遊牧漁獵民族軍威浩蕩的護法戰神。在蒙元時期初造，既享有專屬的奉祀儀軌，護佑出徵將士所向皆可。瑪哈噶喇金佛在和諧時代則作為大眾祈求福報善緣和平安吉祥的美好依怙，並且廚神、冢神與福德神的德能。農曆每月的廿九日，瀋陽皇寺都舉行瑪哈噶喇金佛怙主，及一切護法崇祀法會。農曆每年的四月十三至十五日，瀋陽皇寺都將因循祖制舉辦瑪哈噶喇金佛怙主奉祀儀軌，全寺寺僧念誦《瑪哈噶喇請頌》，為法界眾生祈願祝禱。
瑪哈噶喇怙主金身，是壇城格局的主尊祇位
皇寺瑪哈噶喇金佛怙主原身，為宋寶祐四年（1256年）蒙古忽必烈汗以千兩黃金鑄於涼州，次年捐獻於國師八思巴喇嘛，後移至薩迦寺供奉，明末清初之際由察哈爾部林丹汗所崇祀，是當時蒙元帝國地位崇高的護法戰神。後金天聰八年（1634年），墨爾根喇嘛攜瑪哈噶喇金佛及金字大藏經前往瀋陽投效天聰汗皇太極，彼時的金佛由靈獸白駱駝所馱載，白駱駝行至盛京西效時溘然長逝，墨爾根喇嘛認定此處為金佛的生根之所，天聰汗遂敕建佛堂奉祀之，此佛堂又稱綠瓦廟，是皇寺及護法樓的前身。
天聰九年（1635年）歲尾，瑪哈噶喇佛堂建成。佛堂坐西面東，一棟三間，青磚布瓦，梁架彩繪，瑪哈噶喇金佛供祀於佛龕之內。《滿文老檔》記載，次年新春伊始，已稱帝改元的清太宗皇太極親率和碩親王、多羅郡王、漢軍旗諸王、外藩蒙古勳貴以及朝鮮王子來至佛堂禮拜金佛，進獻寶物，向金佛行九跪九叩大禮，迴鑾之時勉勵寺僧要精心供佛，晨昏誦經。
崇德元年（1636年）七月，佛堂擴建為皇寺，全稱蓮花淨土實勝寺，同時增建護法樓奉祀金佛。此前金佛一直供於大殿，每到夜幕甫降之時，金佛必騰至大殿的頂簷上，面向東方，望日而出。掌印喇嘛將這一神奇的景象，上奏了清太宗，太宗遂建護法樓專門用來崇祀金佛。以皇寺廟作為沈城壇城結構的核心區域，以瑪哈噶喇作為壇城布局的主尊。
皇寺廟是清代首座皇家寺院，也是奉祀瑪哈噶喇金佛怙主的蓮華淨土
在崇德八年(1643年)至順治二年(1645年)，清太宗、清世祖又相繼建造了四塔四寺——暨東塔永光寺，西塔延壽寺，南塔廣慈寺，北塔法輪寺，分別坐落在盛京城東、西、南、北四方，與位居中心區域的皇寺一同構成了殊勝威儀的壇城格局，故坊間民諺贊曰：「始有皇寺廟，後有瀋陽城」。東西南北四座塔寺，作為壇城的四門，分別象徵慧燈朗照、普安眾庶、虔祝勝壽、正法流通的佛法理念。皇太極去世之後，其生前心愛的御花園，改建為長寧寺。長寧寺與四塔寺均作為皇寺中心的別院。
皇寺敕建之初，藏地高僧盛讚瀋陽古城為蓮花之城。《清朝續文獻通考》記載，崇德七年（1642年），高僧表稱瀋陽城享有曼殊室利菩薩的功德加持。曼殊室利，即文殊師利菩薩的別稱，文殊菩薩智慧廣大，有七佛之師的美譽，以此稱讚沈城，是對沈城壇城布局的美妙印證。
皇寺廟內專門崇祀瑪哈噶喇金佛怙主的護法樓
清朝入關以來，皇寺作為陪都首剎，一直由戶部下撥資財薪俸。清聖祖康熙、世宗雍正、高宗乾隆、仁宗嘉慶、宣宗道光曾數次鑾駕東巡，前往護法樓內禮佛拈香，並留御製詩文予以讚嘆。瑪哈噶喇金佛怙主，乃佛教三根本中的事業根本，不僅在成佛之道上所生起的障礙依賴護法平息消除，也具有世間的順緣、承辦個人心願，乃至於往生接引上，有具有不可思議的功德助益。願眾生皆得護法加持，遣除成佛道路上的一切違緣！