國內的博物館，有的叫館，有的叫院，名稱上不是太一致，但實際上它們是一回事。
從級別上來說，博物院和博物館其實也是一樣的，並不存在高低。比如故宮博物院是中央部委級；山西博物院、南京博物院、河北博物院是省級；西安博物院是地市級；良渚博物院是縣級，它們都叫做博物院。
為什麼有的叫博物院，有的叫博物館，這還要說到對它的英文名詞「museum」的翻譯。
博物館本身是西方近代社會的產物，最早的博物館是阿什莫林博物館，它在1683年創立於英國牛津。
晚清時期，中國與西方的溝通加強，不少人在去過西方後，接觸到了博物館並記錄下來。
但是當時並沒有標準的翻譯，各人的記錄中對博物館的稱呼並不一樣，有記作「古玩庫」的，有記作「萬種園」的，還有記作「積寶院」或「集奇館」的，不一而足。
最早見於記錄的中文「博物院」這個詞彙，來自於清末思想家王韜，在他的《漫遊隨錄》裡，把羅浮宮博物館記為博物院。
19世紀末期，博物館在中國陸續建立，當時的稱呼，有稱為博物院的，比如徐家匯博物院、香港博物院、上海博物院、美國博物院、煙臺博物院、華北博物院、北疆博物院。
也有稱作博物館的，比如徐家匯博物院、香港博物院、上海博物院、美國博物院、煙臺博物院、華北博物院、北疆博物院等等。
博物館和博物院兩個詞彙，在這時並不統一，可以通用。Musuem到底怎麼翻譯，這個問題引起了討論。
學者們也有不同看法。博物館學家楊鍾健先生認為，兩個稱呼沒有區別；蔡元培認為，博物院從名稱上永久性更強。
在1930年，頒布了《古物保存法》，裡面使用了「國內各博物院」的說法，但到了1936年，專業組織「中國博物館協會」創建，又取了博物館這個稱呼。
直到建國以後，國家文物事業管理局成立，在以後的工作中，基本採用了博物館作為通稱，在1982年，頒布了《文物保護法》，裡面也使用了博物館的稱呼，博物館就此事實上確定下來。
即使這樣，博物館和博物院現在也都是通行的，有些博物館老館新建後改名為博物院，這只是名稱上的變化，並不代表其他改變。
拿故宮博物院來說，是民國時期建館時就確定的稱呼，一直沿用到現在，南京博物院也是如此，這都是傳下來的舊稱。
所以，博物館和博物院只是對Museum的翻譯和使用習慣不同，以及在不同時間段舊稱的延續。就現在來說，博物館是通行的標準稱呼，博物院可以看作博物館的一個別稱。