孔子家鄉山東曲阜，有孔林，孔廟和孔府等古蹟，名 聞世界，眾所周知。
然而，孔子的四十一世孫於唐代定居莆田，並於宋代創建孔氏家廟和涵江書院，卻少人知曉。
按莆田涵江孔氏譜系：孔子三十七世孫孔齊卿，唐建中間（780-783年）官兗州司馬，襲封文宣公。其別子孔文整，歷官南頓溧水縣尉，居泗州漣水縣臨淮鄉進賢裡。傳 至四十一世孔仲良，以明經歷任全椒縣尉、青陽縣丞，大 和間（827-835年）以儒林郎來任莆田縣令。居官廉明有惠政，不幸在任病逝（墓在九華山麓），其家屬貧不能歸。 因寓居縣西5裡，地猶名孔裡（今城廂區泗華村孔裡），後定居涵頭之紫璜山（今涵江區），亦名孔裡。宋紹興廿五年 （1155年）秋冬間，朱熹之友括蒼人吳任（孔氏之婿）以仲良與其父的告身（唐政府任命狀）7件請朱熹鑑定，朱考校元豐版《孔氏襲封家譜》皆合，勘審不謬。因以告興化知軍傅自得，立孔子四十九世孫孔宜戶籍，免其徭役。
淳熙七年（1180年）孔宜子幼夏，預鄉舉。淳祐五年 （1245年）知興化軍楊棟、涵頭鎮官鄭雄飛建書院和孔廟， 置田產供孔氏子孫讀書。景定五年（1264年）知軍徐直諒請額，理宗御書「涵江書院」賜之。書院山長一職聘朱熹 表侄祝洙（其父祝穆即纂《方輿勝覽》者），元大徳間聘上饒人徐如楫，至大間由五十三世孔敬山、子叢孫、孫克萬相繼充任.明代學制，不列書院，遂罷山長。
後書院屢修屢圮，六十二世孔淳勉呈報福建總督張斌， 成化元年（1465年）興化府知府嶽正，奉省文親到實地査 勘，見基址卑狹，遂毀三真君廟，重新修建孔廟，有大成 殿、大成門、根星門、泮池、璧水橋。泮池上建49級石瞪 道，泮池前建正學門木坊。大成殿之西建思聖堂，前為明 德堂，後為孔氏世居宅院，通道處匾曰「闕裡一脈」（群眾今仍呼為孔裡）。其北通頂鋪大街路口處建石坊，刻理宗御書「涵江書院」。
萬曆十四年（1586年）六十五世孫孔時中（庠生）疏 請朝廷發還前此拍賣天下書院田產的涵江書院祭田。奉部批：「每代擇孔氏子孫賢者一人，列名學校，主守祭祖。」
清初，海疆軍事頻仍，孔廟又毀，康熙元年（1662 年）六十八世孫孔昌期倡修，嘉慶十九年（1814年）重新修建正學門。20世紀50年代後，孔廟、書院建築群均被拆 改，現只存正學門木坊（以及49級石磴道），今為市級文物保護單位。
孔氏世居的孔裡，還存有幾座明清舊式民宅建築，孔 氏子孫還是按照曲阜孔府規定沿用的世代昭穆字行，現在 有：「繁、祥、令、德、維、垂、祐」等7代500多人口。
12世紀末，涵江孔氏有一支散處仙遊縣楓亭，淪為民 戶，供役于楓亭驛。朱熹知漳州過楓亭宿驛中，怪其姓氏， 詢知其系出於涵江，因告知地方官，就其所居建孔子廟，令其供祀，免其差役。廟在今楓亭鎮下街，明末尚存。
另有一支孔子四十五世孫孔任與子克權，於建炎初 （約1127年）避亂來閩，家於龍溪。明正德四年（1509 年），官給其裔孫孔篤堯衣巾，主觀瀾書院祭祀。嘉靖時禁設書院，裔孫孔天從赴京陳請改為家廟。