真核細胞中單拷貝順序和重複順序常常是中間隔排列的。不僅如此，在一個基因內部往往被一個或幾個額外的順序分割成若干片段，這種插入到基因內部的順序稱為插入順序或內含子（intron）。內含子是不編碼的順序，而編碼的鹼基順序則稱為外顯子（exon）。插入順序是真核細胞DNA最主要的特徵。
真核生物由於存在著較多的重複順序、特殊的插入順序以及控制區和其它多餘順序，使得DNA總長度往往大於編碼的結構基因，因此，實際基因數往往小於DNA分子。
2．原核生物的基因組織原核生物DNA分子較小，基因組織也較簡單，一般具有以下特點：
（1）DNA分子絕大部分用於編碼蛋白質，不編碼部分（又稱間隔區）通常包含控制基因表達的順序。例如，噬菌體фX174中只有5%是非編碼區。
（2）功能相關的基因常常串聯在一起，並轉錄在同一個mRNA分子中，稱為多順序反子。這種現象在真核生物中是很少見的。
（3）基因重疊：例如фX174的E基因全部包括在D基因內，B基因則包括在查基因內。這種現象主要發現在病理DNA分子中，可能是由於DNA分子太小又要裝入相當量的基因的緣故。