名偵探柯南中大致劃分下，主要就是偵探方、黑衣組織、警方（雖然破案的都是柯南）三個主要勢力，而其中最神秘的的就是黑衣組織了
裡面每個成員都是以代號為名：波本、蘇格蘭、朗姆等等，雖然就目前來看，成員不是臥底就是炮灰，幹實事的貌似就是琴酒一人
而琴酒直接受命於「那位先生」，也就是黑衣組織的大boss，對於他的身份，粉絲們一直有猜測
即使青山公布過「那位先生」的真實身份，粉絲依然有著許多關於黑衣組織boss的陰謀論，然後阿笠博士就一直被誤解了
1、那位先生的真實身份
早在17年青山就公布了「那位先生」的作畫影像，也就是烏丸蓮耶—黃昏之館的主人，因為為人謹慎，與他有直接聯繫的也就琴酒和貝爾摩得
雖然柯南的大boss都揭曉了，但柯南完結還遠著呢，不過青山說過應該會讓新蘭HE的
2、關於那位先生的「陰謀論」
boss身份雖已揭曉，青山也不止一次的說過，「阿笠博士真的不是boss」，但粉絲似乎真的不願意相信，反而產生了很多關於此的陰謀論
「因為大家都猜到阿笠博士是boss，所以青山後來把boss就給改了」
「動畫又沒做，又只公布了名字，最後把他改成阿笠博士就可以了」
「boss可能一直在改，阿笠博士還是有可能成為boss的」
但柯南漫畫中boss早已確定，阿笠博士真的也只是一個協助者，提供下裝備，推進下劇情而已，不要再誤解阿笠博士是boss了
除此之外，可能還有一些其他被誤解的地方：
3、關於APTX-4869
新一等人因為4869都變小了，現在剛好讀小學，但並沒有縮小十歲的說法，灰原用小白鼠實驗的時候
也只是說到幼兒化，至於會變小到多少，得看青山的設定，你看「領域外的妹妹」，就是讀中學
最後，雖然過去了二十多年，柯南也是上不了二年級的，在柯南的世界裡，才過了半年而已