1939年7月，顏德馨從上海中國醫學院畢業。
蘇州河水沉默著，緩緩流過，外白渡橋成了陰陽界的分界線：
橋南是租界區，歌照唱舞照跳，外灘、南京路、跑馬廳、大光明電影院、國際飯店、金門飯店、華僑飯店和大世界人流如舊，馬路上還跑著英國進口的雙層公共汽車。
橋北是淪陷區，軍警、暗殺、爆炸，流民哀號，乞丐遍地，生死就在一瞬間。
顏德馨發現，不僅上海成了孤島，個人也成了孤島。
未畢業的時候，還有學校這道圍牆為他們遮蔽了一些外部世界的殘酷。走出校門，他才真切感到中醫這個行業岌岌可危，中醫學子的就業形勢十分惡劣。簡而言之，畢業即失業。
此時的上海醫界競爭已經非常激烈，公立醫院、私立醫院、中西醫個人診所、藥店坐堂醫生、慈善機構開設的醫療服務單位等，這些醫院之間，彼此爭搶病源，竭盡全力提升自己在社會的影響力。
而西醫顯然取得了越來越主流的地位：上海已經成為歸國醫科學生匯集之地，張竹君、顏福慶、石美玉、刁信德、牛惠生、伍連德、牛惠霖、陳方之、餘雲岫等西醫名聲已經直逼曾經的中醫名宿。
此外，政府還設有雷士德醫學研究院、公董局衛生試驗所，開展具有世界水平的醫學研究。
外國人自不必說，上海政府機構的官僚、富商、洋派人物也日益崇尚西醫，看西醫、服西藥儼然是時尚與成功的標誌。
只有很少的中醫能從西醫手中搶回一些病人，靠的是他們純熟的醫術和成功的經營。此時，上海全市醫院有一百多所，其中中醫院只有5所：廣益中醫院、四明醫院、謙益傷科醫院等……從1936年起，上海的西醫數量首次超過中醫，全上海西醫達到4000人，而中醫只有3000人，這個數字還在逐年下降中。
同樣是醫學校畢業，從上海醫學院畢業生可以直接進國立大學附屬華山醫院，同濟大學醫學院畢業生直供同濟市立醫院，聖約翰大學醫學院的學生畢業可以到仁濟醫院、瑞金醫院等教會醫院任職，或者到社會上其他西醫院就業。
因為，他們有著教育部認證的統一畢業證書。
顏德馨同班40位同學統計下來，最後做中醫的只有幾個人，南通有兩人，金山有兩人，都是自立診所。其他同學都無奈逃離了中醫行業，聽說還有兩位同學，一位去小菜場賣菜，一位去唱評彈，以謀得一日三餐。
這種劇烈的反差震得顏德馨無限心酸：難道中醫真的腐朽了?真的沒用了?真的要被掃進了歷史的垃圾堆了?
他無數次問自己，又無數次否定自己。我要身體力行去做名成功的中醫!他血液中那種驕傲、倔強、不服輸的分子決定要跟殘酷的現實小小地較量一下。
他做了一點社會調查，雖然，社會上層都以看西醫為榮，但是普通市民百姓看病還是會找中醫，一方面是中醫覆蓋面廣，二來也是價格便宜。
此時上海匯集了一批口碑卓著的中醫：孟河丁氏(甘仁、仲英、濟萬)內外科，上海張氏(驤雲、驤孫、蔚孫)溫病科，常州沈氏(仲芳)小兒科，無錫章氏(志方、仁益)外科；還有江灣蔡氏(小香、香蓀、小蓀)、南通朱氏(南山、小南、鶴皋)和香粉弄的寧波老宋家三大婦科；傷科有石(筱山、幼山)、閔(貫玉、清鴻)、殷(震賢)、楚(秀峰)、王(子平)等五大家；針灸有楊（永璇)、陸（瘦燕）、黃（羨明)等三大派；眼科有孫（鏡陽)、姚（和清)、陸(南山)三大家；喉科有朱子云；正骨科有吳愛人等；推拿科有姚鶴亭、威子耀、葉大密等諸大家。
此外，還有陸懋修、王土雄、陳蓮舫、巢崇山、費繩甫、餘伯陶、唐宗海、丁福保、惲鐵樵、謝利恆、王仲奇、祝味菊、徐相任、夏墨農、單養和、郭柏良、沈信甫、劉民叔等一大批上海名醫。
口碑是最好的廣告，這些名醫基本上囊括了絕大部分的病人。其他醫生，哪怕是父親，到了人生地不熟的上海，行醫也非常難。
顏德馨決定自立門戶，獨立行醫。8月，他和同學張仲實在山海關路找到了一家看起來不錯的門面，延陵裡3號，一間拐角臨街的鋪面房，鬧中取靜，很適合做診所。
兩人旋即找衛生部門登記，取名「國醫診所」——因為他們暫無名氣，但是至少要讓人家知道，這是一家純中醫的診所，是國醫。
此前，他們已經對滬上中醫界的知名診所做過調查。夏應堂門診六角六(即小洋六角、銅圓六枚)，殷受田門診四角四，陳存仁門診六角，滬上最貴的診所是丁甘仁老師的門診：一元二角，後來丁師過世，其子丁仲英也按此例取。
以善治傷寒而大名鼎鼎的張驤雲先生最特別，他堅持「中醫就是教命，而非營業」的思想，雖然名重一時，但是門診取費一直堅持二角二，有些人沒錢，只付幾個銅板，他也照常給他們看病，張家診所人流量最大，一天要看到兩三百號。
他們商量了一下，認為二角的定價甚為合適，符合他們這種剛出校門的年輕醫生。8月底，行醫執照批下來，兩人把它端端正正掛在牆上，灑掃庭除桌椅板凳擦得乾乾淨淨，大門打開， 「國醫診所」正式開業了!
顏德馨已經不算是新醫生，他從十幾歲就跟著父親出診，加上大學三四年級的臨證實習，他對自己的醫技是有一些自信的。到診所來的大部分病患，都是由飲食、寒熱引起，顏德馨小心翼翼地搭脈，觀舌苔，仔細詢問病人的日常起居，分析病因病機，對證下藥。
但是這個「證」的判斷就考驗一個醫生的功力。
麻黃湯、桂枝湯、葛根湯、小柴胡加石膏湯、大青龍湯、白虎加人參湯、大承氣湯、桃核承氣湯、柴胡桂枝湯、梔子柏皮湯、五苓散……都可以治發熱證，表面看來，病人可能都有發熱，但是發熱的細節卻各個不同，這個「證」與另外一個「證」之間有著微妙而決定性的差別：有汗無汗、有喘無喘、是實是虛、是表是裡。一旦看錯，結果可能南轅北轍。
難怪古往今來有那麼多的醫家窮其一生都在研究《傷寒》和《金匱》，也難怪為什麼老百姓那麼相信年紀稍大一些的老中醫，因為成千上萬的病人鍛鍊過他們的眼力了。
此外，疾病千變萬化，基本上不可能有一劑一成不變包治百病的成方。
一次，一個大咯血患者經多家醫院治療無效，其親友偶然聽到顏德馨醫名，於是延請顏德馨為其診治。初診時，患者咯血仍然盈盆盈碗，並伴有呻吟煩躁，脈數，舌苔黃等，熱象顯著。
顏德馨於是就投清熱解毒、涼血散瘀的犀角地黃湯加味治療，但是病人熱度並未顯著消退，後又兩次改方，但均不見好轉。
犀角價格昂貴，病家所費頗多，卻沒效果，這讓顏德馨心中非常惶惑，思索再三仍不得其解。突然想到醫學院老師盛心如先生治療出血性疾病有奇效，於是登門求教。盛先生了解了病人情況，看了處方，對顏德馨說：「可於方中加生軍三錢，當愈。」
顏德馨遵囑投藥，病家果然血止神安，效如桴鼓。
還有一次，顏德馨在門診治療一個久熱不退的患者，他以發汗、攻腑、化濁、育陰等法治療都拿不下來，於是又去登門請教盛心如先生。
盛先生告訴他用小柴胡湯加甜茶葉、馬鞭草治療，兩劑見效，患者即熱退身清。這種退熱法後來即被顏德馨廣泛應用於多例不明原因的發熱，皆有效驗。
盛先生毫不保留的大醫之風，讓顏德馨深深感佩。他也終於知道，醫道之深妙，還不是自己一下子能夠全部領悟的。
此後，他和張仲實商定分開臨診，留出時間繼續到徐小圃、祝味菊、章次公、秦伯未、盛心如、單養和等各科名醫診所，跟隨抄方。
這個時候去抄方已經不是單純、機械地抄方，而是帶著臨證的實際問題去的，看他們如何應付病家，如何診療處方，細心揣摩，博採眾大家之長。
顏德馨開始知曉「胃以通為補」「宣肺氣以舒肝氣」「補精必安神」等中醫診療思想，也學會了使用石楠葉治療頭痛，天竺子、臘梅花、鳳凰衣治療小兒百日咳，白茅花蒸豆腐治療大咯血以及使用附子振衰救絕等中醫的一些特別的治療方法。
此時的顏德馨在診治疾病之時，除了應用經方和驗方，已經開始貫注了自己的思考。他熱切盼望病人的到來，希望多積累一些經驗，讓自己儘快成長起來。
郭柏良校長非常喜歡顏德馨，他是廣東幫的醫家之主，當時醫業競爭很厲害，彼此之間非常忌諱搶病人，他卻常常介紹病人去找他們小小的「國醫論所」。
儘管如此，診所醫務並沒有起色，有時候一天來的不過幾人。而且惡性循環，診所越是冷清，病人就越少。這樣下去，別說維持生計，就是房租估計也交不起了。
那時到「大光明」去看個電影要六角錢，吃碗麵條要兩角錢，理髮店理一次髮要六角，所以他們一般去小店，兩角錢就可以剃個頭。生活需要掰著指頭計算銀錢，非常不容易。
這種窘況之下，醫學院的老師們又介紹他和張仲實去做善堂醫生。善堂往往由社會知名人士捐建，設在城市下層勞動人民聚居處，由他們出資聘任一些坐堂醫，為貧苦人民施診給藥。上海最早最大的善堂就是丁甘仁先生開設的仁濟善堂。很多初出道的中醫醫生，大都先做善堂醫生，取得民眾信任，然後自立門戶。
顏德馨去的地方叫普緣堂，在蘭心大劇院(現在的花園飯店)旁邊，每天去半天，一個月下來，可以領20塊錢左右的工資，他一做就是10年。
儘管生存不易，顏德馨還是積極努力奮發向上地生活著。臨診之餘，他甚至還和張仲實合辦了《新春》月刊，內容專門反映孤島人民的疾苦，暴露社會畸形，希望「新春」早臨，是一份標準的愛國刊物。