早期的手自一體和自動擋車型的區別非常大，當時的手自一體其實就是一個手動變速箱加上一個自動換擋機構，可以理解成一個機器人在幫你操縱手動擋的車。而現在車主們熟知的手自一體其實本質上已經變成了自動變速箱加上手動換擋模式，可以理解成機器人幫你模擬手動擋的駕駛體驗，和過去的手自一體有本質上的差別。
早期手自一體和自動擋的區別
最早的汽車上只搭載手動變速箱，所有的換擋操作都需要駕駛員配合離合器手動完成。這種操作具有一定的複雜性，因而為了簡化操作提升駕駛的舒適性就誕生了自動變速箱。自動變速箱的結構與手動變速箱完全不一樣，一般是利用行星齒輪或壓盤鋼帶等機構去實現齒輪比的變化，配合電控液壓等技術已達到換擋的目的。因此相比於手動變速箱，自動變速箱的設計和造價成本都要更高，這也是同一款車型自動擋比手動擋貴幾萬塊的主要原因。
在此基礎上出現了一種產物可以用更低的成本實現自動換擋，這也就是最早期的手自一體變速箱。本質上它還是手動變速箱的主體，但是加上了自動換擋的機構，可以根據駕駛員踩油門的動作推斷出換擋的實際並代操作。這種手自一體的機構簡單到可以對手動變速箱進行簡單改造就可以實現，早期甚至有某些汽修廠開拓了為手動擋車升級自動擋的服務。但是這種手自一體變速箱的缺點也十分明顯，那就是換擋速度很慢，頓挫感強，換擋邏輯差，所以用起來並不舒適，因而沒有成為主流的趨勢和產品。
現在的手自一體和自動擋的區別
由於自動變速箱的普及，不管是AT，雙離合，CVT成本都越來越低，我們如今看到的所有車型幾乎都會把自動變速箱當作標配。但人就是一個很有意思的生物，手動擋和自動擋的戰爭仿佛是一個圍城，開手動擋的時候期盼自動擋，用上了自動擋後又十分懷念手動擋的駕駛樂趣。車企為了迎合這一屆的消費者，紛紛給自動變速箱加上了手動換擋的邏輯，也就變成了如今我們看到的手自一體變速箱。市面上熱銷的自主品牌車型也紛紛把手自一體的選項奉獻給消費者，十分熱銷的長安CS75，博越，比亞迪唐，領克01，榮威RX5等等，都把手自一體當作了主流配置。但是車主也都明白這種手自一體的設計和手動擋的差距依然很大，主要體現在手自一體的手動模式依然又電腦控制，換句話說就是當駕駛員發出換擋指令時候，變速箱電腦依然像管家一樣對你發出的指令進行嚴謹的分析，然後才會決定是否遵守你是指令。當你的換擋需求超出它認為的合理範圍，它就會延遲甚至取消此次換擋操作。
更有意思的是某些德系品牌會表面上迎合你的換擋操作，但實際上並沒有真正執行。比如寶馬三系，當你在高速連續降兩檔之後，車身儀表上顯示的擋位確實連續降了兩檔，但實際上變速箱會在幾秒鐘之後才真正執行，目的就是給駕駛員換擋成功的假象以滿足心理需求，這就是所謂的「騙檔」。
總而言之，如今的手自一體和自動擋本質上沒有很大的差別，但是使用起來能夠一定程度上滿足車主的駕駛樂趣，因而成為了主流配置。但是如果真的想要更真實的手動操作，還是去買一輛手動擋的車更加實在。