對於中國這樣的世俗化的國家來說，人們很難理解一個宗教為什麼會分成眾多教派，比如同樣都是穆斯林，有人是遜尼派，有人卻是什葉派，更無法理解兩個教派的衝突與仇恨居然能持續上千年都無法和解。
眾做周知，伊斯蘭教由穆罕默德在公元7世紀前期創辦。默罕默德去世時，因為沒有明確地指定「哈裡發」，圍繞著「誰是合法繼承人」問題，伊斯蘭教逐漸分化出了遜尼派和什葉派。
在奴隸制盛行的七世紀，默罕默德超前地提出了「人人平等」的觀念，迅速吸引了一大幫追隨者。以遊牧為生的阿拉伯人本來就是天生的戰士，在先進的宗教文化加持下，一下子爆發出了驚人的力量，向北打到中亞，向南佔領北非，向西佔領西班牙，龐大的阿拉伯帝國就此誕生。
阿拉伯帝國好比一家上市公司，在創業初期，默罕默德的追隨者全部來自身邊的親朋好友，他的堂弟阿里就是在這時加入團隊。隨著能臣武將的不斷加入，默罕默德的傳教事業開始步入正軌，再後又吸收了部落首領等地方實權派加入組織，終於成功上市。
默罕默德去世後，大部分人認為哈裡發（真主使者的繼承人）應該由選舉產生，但是如果是選舉，權力永遠被大部族貴族所把持，所以有一小部分人和默罕默德家族都認為哈裡發應該是世襲制，由默罕默德的堂弟兼女婿的阿里來繼承。
作為最早的信徒、曾冒死為默罕默德作替身，阿里在資歷和血統上都具備哈裡發的條件，但最終還是被排除在了繼承人名單之外，艾布·伯克爾、歐麥爾、奧斯曼先後被推選為哈裡發。支持這三人的穆斯林因主張把「聖訓」作為立法和立論的基礎，被稱為「遵守聖訓的人」，即遜尼（聖訓的音譯）派。
哈裡發傳至奧斯曼時出現了問題，他出身於舊貴族倭馬亞家族，帝國的階級矛盾在他統治期間變得難以調和。公元656年，奧斯曼在麥地那被起義軍所殺，阿里才得以當選為第四任哈裡發。
然而以敘利亞總督穆阿維葉為代表的舊貴族勢力並不承認阿里的統治，雙方於是爆發了激烈的戰爭。阿里原本具有絕對的優勢，但不幸被內部分裂出來的哈瓦吉利教派所刺殺，於是穆阿維葉自立為哈裡發，建立了著名的倭馬亞王朝。
阿里死後，他與默罕默德之女法蒂瑪所生的長子哈桑並沒有參與到政治鬥爭中來，但是在穆阿維葉死後，阿里的支持們又推舉阿里的另一個兒子海珊為最高領袖。公元680年，海珊在去伊拉克尋求支持的途中被倭馬亞王朝殺害，並將其頭顱割下。
海珊的死極大地刺激了阿里的支持者們，在此之前，他們僅是一個支持阿里後裔繼承哈裡發的政治派別，但海珊的遇難讓他們逐漸轉向神學流派，發展出具有自己特色的教義體系、宗教儀式和文化派別，並利用哈裡發國的矛盾和分裂不斷壯大自己。
作為阿拉伯帝國的少數，什葉派之所以能對抗遜尼派上千年，很大一部分原因在於伊朗的支持。伊朗的主體民族波斯人在歷史上曾創造出了足以比肩中國的燦爛文化，而在伊斯蘭教出現以前，阿拉伯人則是落後、野蠻、貧窮的遊牧民族。
憑藉強大的武力，野蠻民族徵服先進民族的例子在世界歷史上並不鮮見，公元651年，波斯薩珊王朝被阿拉伯人所滅。按照慣例，阿拉伯人以武力手段強迫波斯人放棄他們的拜火教，全部皈依伊斯蘭教。
波斯人顯然沒有拒絕的權力，但他們卻遵照「敵人的敵人就是朋友」的策略，選擇了與遜尼派為敵的什葉派。在波斯文明的幫助下，什葉派在海灣、中亞、南亞、外高加索，甚至北非一帶迅速發展。後來在無數外力的介入下，中東的伊斯蘭教最終發展形成了以沙特為中心的遜尼派和與伊朗為中心的什葉派互相對抗、互相敵視的局面。
兩個教派長達上千年的恩怨情仇可謂「剪不斷、理還亂」，然而他們的矛盾起於教派、民族等觀念性原因，但又不僅限於此，權力等物質性因素才是最根本的原因，也就是伊斯蘭教世界的領導權。