在《名偵探柯南》的故事中，毛利小五郎和柯南（新一）之間的關係非常有趣，柯南一方面經常被小五郎給暴揍，另外一方面也是暗中被小五郎所賞識的，對於小柯南毛利小五郎是這麼一個態度，但是對於工藤新一就不一樣了，毛利小五郎不喜歡新一，而且也不希望小蘭嫁給新一，這是為什麼呢？我們來分析一下。
一、工藤新一搶走了自己的生意
在動漫中一開始的時候，毛利小五郎就表達過對於工藤新一的反感，當時他反感工藤新一的原因也是很簡單那就是工藤新一搶走了自己的生意，畢竟毛利小五郎和新一都是偵探，所以說同行競爭激烈，他看不慣工藤新一就很正常了。
二、愛女心切
毛利小五郎為什麼不喜歡工藤新一，最大的原因可能還是因為捨不得小蘭，毛利小五郎在失去了自己的妻子妃英理之後，他這十年來一直都和小蘭相依為命，在一些案件可以看得出來他把小蘭放在了一個非常高的位置，只要小蘭出現一些紕漏，毛利都會萬分的緊張，妥妥一個女兒控。
在這種狀態下工藤新一這個自小就和毛利蘭青梅竹馬的人自然就會是毛利小五郎的眼中釘肉中刺了，工藤新一雖然就論條件來說家裡又多金，自己還很聰明年紀不大名氣不小，這本來妥妥一個完美女婿就是因為毛利小五郎對於女兒的喜愛，工藤新一自然就變成了那個想要把女兒從自己身邊奪走的人。
很有可能小時候毛利小五郎看到毛利蘭和新一玩的開心就心生嫉妒了。
小五郎和新一即是「情敵」又是職業上的競爭對手，這個關係肯定是好不起來了。