人類世界遭到突如其來的未知病毒侵襲，只有13歲以下的孩子沒有被感染，活了下來。然而孩子們面對的是殘酷的命運，被地底的吸血鬼統治，成為為吸血鬼提供血液的家畜。
原百夜孤兒院的孩子，百夜優一郎和百夜米迦爾不甘受縛，策劃逃離吸血鬼統治的地底世界，不幸的是，這群孩子的計劃早就在吸血鬼費裡德巴特利的意料之中，除優一郎逃出地底世界，其他的夥伴皆被費裡德殘殺。優一郎被帝鬼軍一瀨紅蓮中校所救，為剷除邪惡的吸血鬼，優一郎加入了帝鬼軍。那麼問題來了，帝鬼軍中有很多都是成年人，帝鬼軍是怎樣躲過病毒侵襲的呢？漫畫中，小百合說，帝國軍運用了「鬼咒」技能對抗病毒，才活下了一部分人。可答案真的就這樣簡單嗎？
優一郎加入帝鬼軍後，拼命訓練，經過試煉，得到了鬼咒武器——阿朱羅丸，成為「月鬼組」成員。新宿攻防戰，優一郎竟然見到了身在吸血鬼一方的米迦爾，原來米迦爾在四年前瀕死時被吸血鬼第三始祖克魯魯用自己的血所救，成為了吸血鬼。米迦爾立志要將小優從人類中救走，並認定人類是醜陋的，危險的。他究竟從吸血鬼的陣營中知道了什麼？名古屋決戰，一瀨紅蓮被俘，優一郎失控爆發也沒能救走他。紅蓮被真晝怨靈侵蝕，成為了鬼，克魯魯問他，是否是真晝的使者。可以看出，克魯魯與柊真晝究竟有什麼協議？柊真晝開發的鬼咒裝備是否是她們交易的內容？
名古屋戰後，柊暮人野心爆發，把君月的妹妹未來改造成天使六號的終極武器，無論人類還是吸血鬼都是殺戮的對象。自此事情漸漸明朗，百夜孤兒院原是一個實驗場地，裡面所有的孤兒都是實驗體。實驗的名字就叫做「終結的熾天使」，人類發明了這個實驗，目前正在實驗中。而吸血鬼卻要阻止這個實驗，認為這個實驗會毀滅世界。一瀨紅蓮、柊真晝、費裡德、柊暮人、克魯魯都參與其中。優一郎也一直被紅蓮所利用，救下從地底逃出的優一郎也是他計劃中的一環。
人類高層與對立的吸血鬼高層都熱衷於這個人體實驗，究竟有什麼目地？身為實驗體的優一郎和米迦爾等人夾在其中又該何去何從？