一瞬間，人類全員被石化，經過漫長的寂靜歲月後，城市被吞噬，建築被腐朽，人類存活的跡象幾乎被自然抹去。不似空洞的穿越，沒有無釐頭的外掛，《石紀元》為我們展現了一個新的動漫角度，甦醒過來的天才科學少年「石神千空」，在已經倒退到200萬年前的原始生態世界中抵抗外敵、解開迷霧、恢復文明，他拿起的是名為「科學」的武器。
01科學與野蠻的碰撞
不可否認，有科學的地方就會有破壞，有制度的地方也會有腐敗。獅子王司和石神千空之間的較量，便是野蠻和科學、原始和制度之間的較量。獅子王司反對千空恢復人類文明，實際上是厭惡科學發展所帶來的社會腐朽。伴隨科學發展，人類文明進步後難免會產生社會等級的分化，獅子王司想建立的是沒有科學發展、沒有既得利益、人類相互幫助和共同生存的原始社會。
但人類註定會往更簡便的方向發展，科學是人類的選擇，曾經是，現在是，將來仍然是。單憑武力是無法阻止人類對文明進步的嚮往的，獅子王司雖然想通過武力來建立沒有既得利益的司帝國，但其在武力壓制的過程又何嘗不是產生了既得利益，人們為了保護自己而依附於他，又為了更大的利益而將他棄之而去。反觀科學發展所帶來的文明，雖然也存在既得利益，但卻有社會法則的約束。想要建立更理想的社會，故步自封不是理性的選擇，在科學進步中謀求新的道路才更為正確。
02面對疾病，科學才是救贖
曾經的人類，為了治癒疾病，通過數千代人的摸索，建立了較為完備的現代醫治體系。因需求而誕生，科學就像是人類祈禱而實現的願望。而失去人類科學文明的倒退世界裡，很多在現代是較為普遍並且不難醫治的病症，但在落後的文明裡，卻只能等待死亡。倘若沒有科學的發展，一些細小的疾病就會剝奪人的生命，在太空中倖存的人們中，可妮就是因為沒有抗生素，得肺炎而亡。
而《石紀元》中，同樣是得了肺炎，只能在落後文明中等待死亡的琉璃，因為千空出現了轉機。千空是科學天才，利用一系列原始材料提取、製得了抗生素，拯救了琉璃，對比同樣因肺炎而亡的可妮，科學就像人類的救贖，正是因為科學的存在，才挽回了一個個可愛的生命。
03科學是人類智慧的延續
利用科學，人們的生產更為便利。科學本身就是幫助人類生活地更為便易。擁有了科學，人們方便地獲取食物和各類資源，《石紀元》中，雖然石神村的村民一開始是排斥未知的科學的（他們認為那只是妖術），但在千空帶來的科學幫助下，村民們才順利完成了過冬準備，避免了村民們因為食物不足或火源不夠而餓死凍死，村民們也在一定程度上開始理解和認可科學。
在石神村中，由巫女代代傳承的「百物語」，其實也是石神千空的父親——百夜，是為了幫助後代們在原始條件下生存所編寫的，科學雖因為人類的石化而被凍結，但科學一直存在人類的腦中，克羅姆就是天生的科學家，連千空都對其讚嘆有加，人類的生命還在繼續，人類對科學的探討和嚮往就註定不會結束。
04科學能為人類帶來快樂
在《石紀元》中，面對著對科學充滿敵意，把科學視為妖術的石神村村民，千空第一次拉近與他們的距離，不是通過武力威脅，而是通過「科學的」拉麵。一碗簡單的拉麵，一定程度上消除了石神村村民們對科學的敵意，因為科學是讓人類走向幸福的道具。拉麵、可樂、棉花糖，這些簡單而美味的食物，不僅誕生於人類對美好的嚮往，亦是誕生於科學的創造。
音樂的力量潛移默化又十分強大，莉莉安作為世界頂級的歌手，創造出絮都動人的歌曲，但在舊世界，美好卻無法長存，甚是遺憾。一張簡單的唱片，便可將這份美好保存下來，等待幾百年後，解開石化的千空製作出唱片機，石神村的村民們感受到的，不僅是莉莉安美妙的歌聲，更是科學跨越千年來帶來的震撼。
05科學為人類帶來便利
《石紀元》中，西瓜常年帶著西瓜頭套，金狼總是發揮不出自己的最強水平，因為他們都有一定程度的近視。但在科技落後的時代裡，他們意識不到這是什麼，只好隱瞞和硬撐。等千空將科技帶來以後，為他們配備了眼鏡，從此他們終於看清楚了這個世界。
面對獅子王司的強大攻擊，千空也是製造出了日本刀、通訊電話和槍械等一系列壓倒性的武器，「四兩撥千斤」，人類的強大更多的是善假於物，通過製作和使用道具來提升自己的戰鬥力，製造便利的生產工具來發展生產等。獅子王司的失敗，也標誌著野蠻終將被科學替代，科學是人類時代發展的必然選擇。
就以上看來，就算全人類被石化，人類社會急劇退化，但人類對科學的嚮往和追求並不會因此而停止。人類渴望創新，渴望發展，相信在千空的帶領下，人類終有一日會解開石化迷霧，恢復昔日文明，甚至會更進一步。也相信《石紀元》會在接下來的劇情中為我們展開更精彩的內容。